Concours ED 227 (2019)

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Liste des sujets
Structure (UMR) :Sujet :
UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae Genetic Adaptation and Phenotypic plasticity in haploid-diploid red algae: invasive potential and habitat shift in Gracilariaceae
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance LES ÉGYPTIENS ONT-ILS UN PATRIMOINE ? PERCEPTION, APPROPRIATION ET GESTION DE LA MÉMOIRE PRÉ-ISLAMIQUE DANS L'ÉGYPTE DE L'APRÈS-2011
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Evolution du caractère thermophile au sein de la lignée des Alvinellidae
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Dinoflagellate chemical sensing and intra- & inter-species communication during parasitic attacks (DINOSENS)
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Caractérisation des relations génotype/phénotype chez l'huître plate Ostrea edulis et la palourde Mercenaria mercenaria dans un contexte de sélection génétique (GEOSTMER)
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Phytoplancton et couleur de l'eau : Analyse multi-échelles de l'avantage adaptatif conféré par l'acclimatation chromatique chez les cyanobactéries marines.
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Adaptations biomécaniques de la structure interne et externe de l'os à un poids corporel massif: exemple des rhinocérotoïdes
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Alimentation et budget énergétique : coût métabolique de la digestion chez un primate omnivore et inférences sur l'évolution métabolique des primates
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Etude comparée de la stimulation de la neurogenèse adulte au cours du vieillissement chez la souris et un primate non-humain (Microcebus murinus) : approches nutritionnelles et comportementales.
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Effets de l'anthropisation sur la dispersion des graines par la faune frugivore terrestre et de la canopée, et évaluation de l'état de santé de la forêt guyanaise
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Les effets de la température sur les performances locomotrices, la physiologie musculaire et les propriétés biochimiques des muscles chez un amphibien envahissant (X. laevis).
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Eco-épidémiologie du système Habitats-Oiseaux-Tiques-Borrelia et impact sur le risque lié à la maladie de Lyme en France
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Environnements glaciaires des sociétés du Paléolithique moyen et supérieur en Méditerranée sud-occidentale depuis 200 000 ans.
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique L'art préhistorique à l'interface de l'archéologie et de la taphonomie : supports et représentations de la grotte de la Mouthe (Dordogne) dans leurs contextes géo-culturels
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Usures dentaires, morphologie fonctionnelle, paléoécologie et adaptation des hominines
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Invariants et innovations des comportements de subsistance chez les Néanderthaliens et les Homo sapiens dans le bassin carpatique : taphonomie des vestiges fauniques et interface os/lithique
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Production et usage des sphéroïdes au Paléolithique inférieur en Europe et Afrique : approche comparative et intégrative d'objets énigmatiques et emblématiques
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes Modifications épigénétiques et organisation tridimensionnelle des séquences répétées dans le noyau cellulaire
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes Evolution de régulations génétiques complexes dans un modèle de microorganisme eucaryote par édition combinatoire du génome et sélection dans des environnements contrôlés.
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Recherche des mécanismes de réponse des communautés végétales aux changements globaux ' Apports des approches par traits
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Adapter le Réseau d'Aires protégées aux changements globaux pour mieux Conserver : Cas des communautés d'Oiseaux d'eau hivernants des zones humides (ARACO)
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Le rôle de la migration dans la spéciation : le cas d'un oiseau paléarctique, le Gobemouche gris
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Mimétisme et extinction de pollinisateurs
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Analyse éco-évolutive des communautés bactériennes symbiotiques des organismes constructeurs des monts sous-marins profonds dans le parc marin de Nouvelle-Calédonie.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Alignements contraints et architecture moléculaire : formalisation méthodologique d'alignements multiples et de recodage des caractères en phylogénétique. Application au modèle des insectes Hémiptères
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Confronter les théories sur l'origine de la biodiversité dans un hotspot : biogéographie et dynamique de diversification en Nouvelle-Calédonie
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Evolution des queues chez les Papilionidae (Lepidoptera): approche macro évolutive et expérimentale
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Etude génomique de l'évolution réticulée chez les Bovini (Cetartiodactyla, Bovidae)
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Les corallines face au changement global, quel futur ? Analyse de leurs dynamiques de diversification
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Taxonomie, bioinspiration, et systèmes d'information
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Using insular macroevolutionary data to investigate the role of ecological opportunity in driving evolutionary radiations
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Interactions mycorhiziennes des orchidées : approche fonctionnelle et évolutive
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Vers un autre modèle d'initiation de la réplication bactérienne : le cas atypique des Cyanobactéries
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Quand une lignée de serpents a carte blanche, La radiation évolutive des Pseudoxyrhophiinae à Madagascar.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Bases génomiques de la spéciation écologique chez la drosophile : à l'interface entre la neurogénétique et la biologie de l'évolution
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Quels sont les déterminants de la co-évolution entre gènes d'un même génome ?
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Evolution morphologique des rongeurs du Pléistocène du Rift Est africain : implications paléoécologiques
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Évolution et biodiversité chez les papillons mimétiques néotropicaux face aux changements globaux
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Processus de diversification des musaraignes afrotropicales : apports des données moléculaires et morphologiques
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Comment se diversifient les taxons malgaches ? Phylogénomique du genre emblématique Dombeya (Malvaceae)
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité De la microévolution à la macroévolution : convergences et divergences de traits partagés entre espèces sympatriques.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Exploration, suivi et comparaison de la micro-biodiversite' benthique en Antarctique et Subantarctique par me'ta-barcoding de re'cifs artificiels.
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Adaptation du microbiote intestinal aux changements de mode de vie des populations humaines.
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Diversité et histoire évolutive des harpes d'Afrique centrale.
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Vivre et mourir dans la foret: (Bio)démographie des pygmées Baka du Sud-Est du Cameroun
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Histoire des métissages génétiques liés à la traite esclavagiste et la colonisation européenne depuis le 15e siècle
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Ecologie de l'alimentation, capacités manipulatoires, et socialité des bonobos (Pan paniscus) en habitat fragmenté
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Conséquences de la super-éruption du Toba sur le paléoécosystème marin et la biocalcification
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Interaction des messages phylogénétique et morphofonctionnel lors de la transition du milieu terrestre au milieu aquatique chez les cétartiodactyles
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Première adaptation des amniotes au vol et phylogénie des avicéphales : l'apport de Coelurosauravus du Permien de Madagascar
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Les thylacocéphales (Arthropoda, Thylacocephala) : origine, diversification et évolution d'une lignée arthropodienne disparue
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Paléobiologie des Mosasauridae (Reptilia, Squamata) du Maastrichtien de la Téthys occidentale à la lumière de l'anatomie comparée, la morphométrie analytique, l'histologie et la géochimie isotopique.
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Biodiversité, dispersion et histoire évolutive des Syngnathidae (Teleostei) insulaires de la région Indo-Pacifique.
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Reconstitution de l'évolution récente du changement climatique et des activités anthropiques locales le long du Canal du Mozambique
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Animaliser le cycle du carbone dans les mangroves
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Fonctions sensorielles précoces et stratégies de développement : étude chez trois familles de Mollusques
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Histoire de la biodiversité ligneuse et son exploitation par l'homme de la fin du Pléistocène à l'Holocène récent dans la Corne de l'Afrique (14000-4000 BP) : approche anthracologique.
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Systèmes d'élevage de caprinés en Corse : quel ancrage dans le Moyen Âge, quel héritage des premiers agropasteurs néolithiques corses ?
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements De l'estive au village de montagne : une approche archéozoologique de l'exploitation des montagnes du Caucase par les communautés agro-pastorales (VIème-IIème millénaire BC)
UMR 7221 Physiologie moléculaire et adaptation Régulation génétique des comportements : implication de Dlx5/6 dans les processus adaptatifs.
UMR 7221 Physiologie moléculaire et adaptation Evolution du contrôle des transitions du cycle de vie chez le triton palmé, Lissotriton helveticus.
UMR 7221 Physiologie moléculaire et adaptation Recherche des fonctions des peptides de la famille de l'urotensine II.
UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins Bacterial interference on Microalga-Virus interactions
UMR 7241 Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie Signatures moléculaires des processus de diversification
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Transfert trophique de la cyanotoxine microcystine-LR : bioaccessibilité et biodisponibilité chez les consommateurs
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Cyanobactéries Benthiques de Mangrove : diversité, interactions, substances bioactives
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Trajectoires évolutives du parasitisme filarien: étude des filaires chez les oiseaux
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Imagerie métabolomique par spectrométrie de masse. Application à l'analyse métabolomique de différents tissus différenciées de polypes primaires de coraux de l'espèce Pocillopora acuta.
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Caractériser la nature chimique et le rôle des métabolites de Streptomyces associé à l'endomicrobiote algal par une approche combinée de chimie et de génomique
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Adaptations de l'enveloppe cellulaire des archées halophiles permettant leur survie à l'échelle des temps géologiques
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim So Shocking ! Etude minéralogique, géochimique et expérimentale des collisions astéroïdales lors de l'histoire précoce du système solaire interne
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Effet des métaux traces sur l'écologie et l'évolution des interactions hôtes-parasites : exemple de l'interaction goéland-tique.
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement l'Adaptation au changement climatique: Modélisation des traits d'histoire de vie des poissons annuels et leurs embryons
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Etude du trade-off entre la survie dans l'environnement et le pouvoir pathogène chez les bactéries du genre Pectobacterium
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Effets de l'urbanisation sur la communication acoustique, le stress physiologique et le succe's reproducteur des me'sanges bleues et charbonnie'res. Implications pour la biodiversite' avienne en ville
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Prédation intraguilde entre prédateurs et parasitoïdes : conséquences sur l'efficacité du contrôle des ravageurs
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Fondation indépendante ou fission : étude éco-évolutive des stratégies de dispersion des fourmis en environnements variables
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Evolution de la capacité des plantes à contrôler la nitrification, une approche de modélisation
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Écologie évolutive de la construction de niche
UPR 2301 Institut de Chimie des Substances Naturelles ICS, CNRS, Gif-sur-Yvette Exploration des endophytes d'Euphorbiaceae pour la recherche et la production de diterpènes
UPR 2301 Institut de Chimie des Substances Naturelles ICS, CNRS, Gif-sur-Yvette Etude écochimique et biologique d'holobiontes invertébrés marins et de leurs symbiontes microbiens issus d'un écosystème unique, les écosystèmes coraliens mésophotiques.
USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation La conservation des collections en fluides au MNHN : des lutages historiques aux lutages modernes.
USR 3579 Laboratoire de bioDiversité et biotechnologies microbiennes Les interactions entre les bactéries algicides du genre Kordia et les diatomées : leur importance écologique, spécificité et régulation
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UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae

Destombe

Genetic Adaptation and Phenotypic plasticity in haploid-diploid red algae: invasive potential and habitat shift in Gracilariaceae

Uniteé Mixte Internationale (France-Chili) UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae CNRS, Sorbonne Université, Universiteé Australe du Chili, Université Catholique du Chili

The candidate should have solid theoretical foundations in both evolution and population genetics (or even population genomics, if possible). Experience in oceanography or algae ecology will be a great advantage. The student must be prepared to display a strong ability to work and learn independently and as part of the UMI and FONDECYT-GRACILARIA teams. Part of the work will occur in France, Chile and in NZ, so the candidate will be expected to work in multilingual teams (French and English although speaking Spanish is not a requirement). Candidates with extensive experience in the field or lab experimentation with living marine organisms in common garden will be favored.

Marine ecosystems are today subject to many disturbances due to human activities and climate change. Non-native species (or species that changes of habitat) profoundly alter local communities and ecosystem function (Maggi et al., 2015). The successful establishment of non-native population can be facilitated by microevolution (Colautti and Lau, 2015) through several mechanisms that may occur either before invasion (or habitat change) by local adaptation in the geographical area of origin, either after adaptation introduction after arrival in a new habitat (Lee, 2015), or sometimes through a genetic mixture of several different sources (Lavergne and Molofsky, 2007). Alternatively, it is also possible that no adaptation has occurred, for example when phenotypic plasticity allows successful implantation in non-native habitats (Geng et al., 2007). The red algae of the family of Gracilariaceae are good models to study these questions. The ability of these red algae species to switch from ...
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UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance

GRAFF

LES ÉGYPTIENS ONT-ILS UN PATRIMOINE ? PERCEPTION, APPROPRIATION ET GESTION DE LA MÉMOIRE PRÉ-ISLAMIQUE DANS L'ÉGYPTE DE L'APRÈS-2011

- Au sein de l'Umr 208 Paloc, intégration dans l'axe 3, « Mise en scène des patrimoines », - intégration de l'étudiante dans l'équipe archéologique franco-égyptienne dirigée par le directeur de thèse (WASRAP : Wadi Abu Subeira Rock Art Project. website : https://wasrap.wixsite.com/wasrap)

- Formation initiale en archéologie, en muséologie et en médiation culturelle. - Expérience de terrain en archéologie et en médiation culturelle - Expérience du milieu de la recherche archéologique - Pratique courante de l'anglais + au moins des bases en arabe. - Sens du contact et goût pour les relations sociales.

PROBLEMATIQUE La problématique de ce sujet de recherche doctoral vise à imaginer, questionner et confronter au terrain égyptien un projet de patrimonialisation non-occidentale de cet héritage passé en proie à une véritable crise identitaire. Le tourisme culturel et archéologique, qui constituait jusqu'à la révolution de 2011 la première source de revenus du pays, était le fait quasi-exclusif des visiteurs, principalement occidentaux. Cependant, depuis, le pays s'est isolé, ce qui a induit une chute des revenus du tourisme : la situation a changé du tout au tout avec un effondrement durable des fréquentations européennes et américaines et l'apparition de nouveaux touristes sur les sites: les Egyptiens eux-mêmes d'abord, avec à leur suite les ressortissants des autres pays arabes de la région et, récemment, un tourisme asiatique et russe. C'est vers ces populations que se tournent aujourd'hui les stratégies du Ministère du Tourisme. Pour l'instant, ce changement n'a pas encore entraî...
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UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin

MARY

Evolution du caractère thermophile au sein de la lignée des Alvinellidae

Dynamique de la diversité marine (Dydiv)Equipe composée de 4 chercheurs CNRS (2 DR et 2 CR), 6 enseignants chercheurs (1 Pr et 5 MCU) et de 5 Ingénieurs et techniciens (1 IR, 1 IE, 1 AI et 2T), dont 3 spécialisés en biologie moléculaire, expression et purification de protéines.

Bonnes connaissances en phylogénie, évolution, bioinformatique.

Les bases moléculaires de la thermophilie ont été extensivement étudiées chez les procaryotes. En revanche, les données disponibles chez les eucaryotes sont beaucoup plus fragmentaires. Nous nous proposons d'étudier le caractère thermophile au sein d'une lignée phylogénétique bien caractérisée, celle des Alvinellidae. Cette famille d'annélides polychètes est strictement endémique des sources hydrothermales profondes de l'océan Pacifique. Douze espèces ont été décrites à ce jour. Elles se distribuent le long des parois des cheminées hydrothermales en fonction de leur preferendum thermique et donc de leur tolérance spécifique vis-à-vis du fluide hydrothermal. Certaines espèces colonisent ainsi des zones éloignées des sources d'émission du fluide (Paralvinella grasslei par exemple) et sont qualifiées de « froides », d'autres colonisent des zones aux plus proche de la source d'émission du fluide (Alvinella pompejana par exemple) et qualifiées elles de « chaudes ». Une étude récente, basée ...
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UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin

Guillou

Dinoflagellate chemical sensing and intra- & inter-species communication during parasitic attacks (DINOSENS)

The PhD student will integrate the ECOMAP team, at the biological station of Roscoff. The main activity of the ECOMAP team members (about 40 members) focuses on studying the diversity, ecology, and evolution of marine plankton organisms, including viruses, prokaryotes and eukaryotes across various taxonomic and ecosystemic scales. Despite their impact on a planetary scale, we still know relatively little about the composition of many of these microbial communities and even less about how they interact, function at the ecosystem level and adapt to ecological niches. Relevant open questions addressed by the ECOMAP team concern the identification of drivers explaining the distribution and interactions of these communities and how they will adapt and evolve in a rapidly changing world.

Aug 2021-Dec 2021, during 5 months, at Roscoff. Task: Finalization/replication of cultural experiments Jan 2022-March 2022, during 3 months, at Jena. Task: Last analyses of metabolome, data analyses and writing of article/thesis Apr 2022- Sep 2022, during 6 months at Roscoff. Task: Submit paper and finalization of the thesis Microbiology, knowledges in oceanography, parasitology will be appreciated.

Starting hypotheses, questions raised, bottlenecks: Phytoplanktonic organisms are important primary producers that play an essential role in food webs and energy fluxes in marine ecosystems; however, certain toxic phytoplankton species can form harmful algal blooms. Their pathogens are important controlling factors for the toxic blooms development (Chambouvet et al. 2008, Alves-de Souza et al. 2016). There are several evidences that chemical sensing can help microalgae to escape their pathogens or pathogens to find their prey. For instance, predators can be attracted by point sources of dissolved chemical cues released from phytoplankton (Montagnes et al., 2008). In parallel, molecular cues from predators were observed to promote important morphological changes in phytoplanktonic prey, such as spine formation (Lurling & Beekman 1999), or shifts for shorter or larger colonies (Hessen & Van Donk 1993), proved to be efficient in the grazing prevention. Accumulating evidence suggests that ...
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UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin

LALLIER

Caractérisation des relations génotype/phénotype chez l'huître plate Ostrea edulis et la palourde Mercenaria mercenaria dans un contexte de sélection génétique (GEOSTMER)

Eq. Dynamique de la Diversité Marine Lab. Adaptation et Diversité en Milieu Marin Sorbonne Université - Station Biologique de Roscoff + Co-tutelle: Marine Animal Diseases Lab, Stony Brook Univ., NY, USA

Formation Master en Ecophysiologie, ou Physiologie, ou Bioinformatique. Le/a doctorant/e devra participer aux échantillonages des huîtres et à la mise en oeuvre d'expérimentations en laboratoire. Des connaissances minimales sur la physiologie des mollusques sont souhaitées. Le/a doctorant/e devra surtout avoir des compétences en analyse de données de type RADSeq et en manipulation de données génomiques haut-débit. Une maitrise des outils PCR quantitative et des protocoles standard en biologie moléculaire est également recommandée.

Au cours des trois dernières décennies, les problèmes de mortalité liés à la présence de parasites chez de nombreuses espèces d'intérêt aquacole ont considérablement augmenté. En parallèle un effort important a été consacré à la recherche des processus moléculaires impliqués dans la réponse des organismes aux parasites mais également à l'évaluation des effets de l'environnement et du fond génétique dans les phénomènes de résistance aux parasites (revue dans Gómez-Chiarri et al., 2015). Les facteurs environnementaux (température, salinité, pH,...) impliqués dans les phénomènes de mortalité due aux parasites agissent notamment en modulant la virulence de ces parasites et/ou en modifiant la réponse des hôtes. Leur intégration dans les études est particulièrement importante afin de mieux appréhender la relation complexe entre hôte, parasite et environnement. En revanche, la composante génétique reste encore peu intégrée. Dans un objectif de sélection génétique d'espèces d'intérêt aquacole ...
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UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin

Partensky

Phytoplancton et couleur de l'eau : Analyse multi-échelles de l'avantage adaptatif conféré par l'acclimatation chromatique chez les cyanobactéries marines.

Ecologie du Plancton Marin (ECOMAP). Station Biologique. 29680 Roscoff

Le ou la candidate devra mettre en place les expériences de co-cultures de types pigmentaires de Synechococcus et les mesures physiologiques et moléculaires associées afin de mieux comprendre l'avantage évolutif conféré par la capacité d'acclimatation chromatique dans le cadre du projet EFFICACY. Il (ou elle) devra avoir des compétences en microbiologie (pour la culture des cyanobactéries), ainsi qu'en biologie moléculaire (extraction d'ARN, PCR en temps réel, mutagénèse). Des connaissances en bioinformatique (utilisation des langages R, bash et/ou python) seraient également appréciées. Les connaissances techniques (cytométrie de flux, fluorimétrie, etc.) pourront être acquises sur place.

En induisant une expansion des zones pauvres en nutriments, le changement global a un impact sur la couleur de l'océan, un paramètre notamment utilisé pour estimer la composition et la biomasse du phytoplancton à partir de données satellitaires. Afin d'évaluer les conséquences d'une modification des propriétés optiques des masses d'eau océaniques sur la distribution, la dynamique et la composition du phytoplancton, le travail de thèse proposé se concentrera la cyanobactérie marine Synechococcus, qui à elle seule contribue à près de 16% de la production océanique marine. L'équipe d'accueil (ECOMAP) a récemment analysé la diversité pigmentaire de ce genre au niveau global, en exploitant les données métagénomiques de la campagne Tara Oceans (Grébert et al. 2018, PNAS 115: E2010-19). Cette étude a montré que les cellules de Synechococcus capables d'acclimatation chromatique, c-à-d de modifier leur pigmentation pour capturer soit les photons bleus soit les verts selon la couleur dominante d...
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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV

Houssaye

Adaptations biomécaniques de la structure interne et externe de l'os à un poids corporel massif: exemple des rhinocérotoïdes

Equipe FUNEVOL

Le candidat devra avoir une formation en biologie évolutive et avoir une connaissance de base en morphologie fonctionnelle, microanatomie osseuse et paléontologie. Il devra montrer une curiosité pour une approche pluridisciplinaire et être à l'aise avec les logiciels d'analyse quantitative de données. De plus, un très bon niveau en anglais est primordial dans le cadre de cette thèse co-dirigée par des partenaires étrangers.

La forme et la structure interne (i.e. quantité et distribution du tissu osseux) des os sont adaptées pour supporter les forces s'exerçant généralement sur l'organisme. Il existe donc un lien fort entre la structure de l'os et les contraintes fonctionnelles subies par l'élément squelettique. Dans l'histoire évolutive des vertébrés, des animaux massifs sont apparus indépendamment dans de nombreux groupes. La masse corporelle augmentant d'un facteur huit lorsque la taille augmente d'un facteur deux1, le squelette des animaux lourds s'est adapté pour permettre le soutien du corps et la locomotion1,2. Leurs membres, notamment, présentent de nombreuses convergences2,5, ce qui reflète l'impact majeur des contraintes biomécaniques associées, sur les os longs notamment (e.g. humérus, tibia). Cependant, ces adaptations n'ont jamais été analysées dans une perspective biomécanique. Un groupe taxonomique sujet à de nombreuses variations de poids est celui des rhinocérotoïdes, aujourd'hui lim...
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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV

AUJARD

Alimentation et budget énergétique : coût métabolique de la digestion chez un primate omnivore et inférences sur l'évolution métabolique des primates

Equipe BIOADAPT (« Biologie Intégrative de l'Adaptation »), UMR 7179 MECADEV (Département AVIV). Equipe « Interactions primates et environnement », UMR 7206 Éco-anthropologie (Département H&E).

L'étudiant(e) devra avoir une formation solide en physiologie et biologie de l'adaptation, ainsi que de bonnes connaissances en biologie moléculaire. Une maîtrise des outils bio-informatiques de même qu'une expérience du terrain naturel serait un plus. Elle/il devra maitriser les outils moléculaires, la planification expérimentale, la régulation du métabolisme et le raisonnement évolutionniste. L'étudiant(e) devra rassembler la bibliographie et réaliser le projet en collaboration avec les chercheurs impliqués. Il s'assurera du bon déroulement des expériences, manipulera les animaux, et participera aux tâches associées de l'animalerie de Brunoy. Il traitera les résultats (statistiquement), les interprétera et rédigera les textes en vue de la publication des résultats dans les revues internationales.

L'augmentation de la taille du cerveau au cours de l'évolution humaine est remarquable. Elle reposerait en partie sur l'accroissement substantiel du budget énergétique chez les Homininés, lié à une alimentation plus riche (plus dense en énergie, éventuellement à base de produits cuits [1]), ou sur un transfert d'énergie économisée sur certains organes/fonctions biologiques (théorie du compromis énergétique ; [2]). Notre méta-analyse récente [3] montre qu'une réduction majeure du bol alimentaire s'est opérée (66% de moins qu'un primate de taille similaire) sans diminution de l'apport calorique journalier. L'adaptation à un régime omnivore limité en quantité aurait permis de réduire considérablement le coût de la digestion, l'énergie libérée pouvant être allouée au développement de la masse cérébrale. Cependant, le gain énergétique n'est pour l'instant extrapolé qu'à partir de modèles phylogénétiques éloignés des primates, et cette théorie doit être confirmée par une approche expérimenta...
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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV

Pifferi

Etude comparée de la stimulation de la neurogenèse adulte au cours du vieillissement chez la souris et un primate non-humain (Microcebus murinus) : approches nutritionnelles et comportementales.

Le projet sera dirigé par les Drs. Fabien Pifferi (HDR, UMR 7179) et Sylvie Remaud (UMR 7221). Fabien Pifferi est spécialiste des relations entre nutrition et fonctions cérébrales, qu'il étudie chez un modèle primate original, le Microcèbe. Sylvie Remaud est experte dans l'étude des fonctions neurogéniques, et en particulier de leur gouvernance par les hormones thyroïdiennes. Ils s'appuient tous deux sur l'expertise de leurs équipes respectives : l'équipe "Biologie Intégrative de l'Adaptation", qui héberge et gère la plateforme microcèbes de Brunoy (91) et l'équipe "Intéraction corps cerveau lors des processus adaptatifs". Nos deux laboratoires se trouvent donc dans une situation complémentaire idéale pour mener à bien le projet proposé.

Le candidat recherché devra avoir une formation de biologie générale et être spécialiste de l'un ou des domaines suivants : biologie du vieillissement, physiologie animale, neuroscience. Une expérience de travail sur des modèles animaux (études in vivo) sera appréciée. Océane Zolario, étudiante en Master 2 Biologie du Vieillissement et de la longévité à l'UPMC réalise actuellement son stage au sein de nos deux laboratoires sur ce sujet et répond parfaitement à ce profil. Même si sa candidature se confirme, le sujet sera toutefois ouvert à des candidats extérieurs lors d'un processus de recrutement équitable.

Tout au long de la vie, de nouvelles cellules neuronales et gliales sont générées dans le cerveau des mammifères à partir de cellules souches neurales (CSN) localisées au sein de régions neurogéniques, comme la zone sous-ventriculaire (SVZ). Chez les rongeurs, il a été clairement démontré que la production de nouveaux neurones à partir des CSN de la SVZ régule la discrimination des odeurs et la mémoire olfactive. Cette fonction olfactive permet à l'individu de s'adapter à son environnement (recherche de nourriture, prédation, reproduction, soins maternels) et est donc une fonction essentielle à la survie de l'espèce. Ce processus de neurogenèse semble toujours possible chez l'individu âgé mais décline drastiquement, ce qui pourrait participer au déclin sensoriel et cognitif lié à l'âge. Par des approches différentes, nous étudions les mécanismes cellulaires et moléculaires qui gouvernent le choix du destin neurone/glie des CSN chez le jeune adulte et le sujet vieillissant et ce, chez...
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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV

FORGET

Effets de l'anthropisation sur la dispersion des graines par la faune frugivore terrestre et de la canopée, et évaluation de l'état de santé de la forêt guyanaise

Ecosystèmes tropicaux: réponses aux perturbations naturelles et anthropiques

La .le candidat.e devra être titulaire d'un master en écologie avec une solide formation théorique et expérimentale en écologie tropicale. Elle.il devra avoir de bonnes aptitudes à la marche dans les conditions extrêmes du terrain tropical humide, et être apte à la grimpe d'arbre (et ne pas avoir le vertige) lors de la pose de matériel photographique dans la canopée (formation prévue) et la dépose. Elle.il devra avoir une bonne connaissance des méthodes d'observations in natura et d'inventaire de la faune sauvage, et une aptitude à traiter des bases de données conséquentes d'images et les données sous R (software Camtrap). La.le candidat.e devra interagir avec les partenaires et les personnels des divers organisation de conservation et de gestion de la nature en Guyane.

La Guyane dispose de ressources forestières fortement convoitées tant au niveau de la faune qu'au niveau de la flore. L'ensemble de ces ressources représente un enjeu économique, les Produits Forestiers Ligneux et Non Ligneux (PFNL) ont notamment une forte valeur ajoutée : ils occupent déjà au Brésil une part très importante dans l'exploitation des ressources forestières. Une gestion durable de ces ressources nécessiterait de pouvoir prédire l'impact de l'anthropisation des écosystèmes sur l'avenir des ressources alimentaires en forêt pour les animaux, et plus précisément sur celui des espèces qui sont directement soumises à une exploitation commerciale. L'avenir des espèces de Guyane est ainsi fortement conditionnée par la définition d'une politique de protection et de gestion durable de la flore et de la faune qui devrait permettre de maintenir la diversité et l'abondance des espèces végétales et animales. Le fait de disposer en Guyane de situations comparatives tranchées entre écosy...
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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV

Herrel

Les effets de la température sur les performances locomotrices, la physiologie musculaire et les propriétés biochimiques des muscles chez un amphibien envahissant (X. laevis).

Funevol, UMR 7179

Le candidat doit porter un intérêt aux questions de plasticité phénotypique et plus particulièrement sur l'effet de la température chez les ectothermes. Il devra être issu d'une formation en biologie des organismes et idéalement avoir une expérience dans la manipulation d'animaux vivants. De l'expérience avec des dissections et la physiologie musculaire est un plus. Le candidat doit être a l'aise en anglais donnant qu'il sera co-encadré par Prof. Seebacher de l'université de Sydney en Australie.

Les amphibiens sont des animaux ectothermes. par conséquence, leur température corporelle est extrêmement sensible aux variations de température environnementale. Cette variabilité thermique impacte la locomotion qui est essentielle dans la dispersion, la recherche de partenaires et la survie de l'animal. Xenopus laevis est une espèce de grenouille introduite en France il y a une trentaine d'années, et dont l'aire de dispersion augmente de 0,5 à 1 km par an. Cette espèce est par ailleurs réputée pour avoir un impact négatif sur les populations natives d'amphibiens (Courant et al., 2018). Comprendre comment les capacités locomotrices et la dispersion sont impactées par la température est essentiel à la compréhension de la dispersion future de cette espèce (Ihlow et al., 2016). De plus, de précédentes études ont montrées des différences locomotrices entre les individus au centre versus la périphérie de l'aire de distribution en France. Les individus issus du front d'invasion sont plus r...
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UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV

HENRY

Eco-épidémiologie du système Habitats-Oiseaux-Tiques-Borrelia et impact sur le risque lié à la maladie de Lyme en France

Equipe Biologie Intégrative de l'Adaptation Et Centre de Biologie des Populations d'Oiseaux (CRBPO / CESCO UMR 7204)

Le(la) candidat(e) doit être titulaire ou suivre cette année un Master 2 dans des disciplines relevant des Sciences de la Vie : Ecologie, Biologie évolutive, Biométrie ou autres disciplines pertinentes comme l'épidémiologie. Le(la) candidat(e) doit posséder les compétences suivantes : - Bonne connaissance des méthodes d'analyses de données issues de programmes de captures - Maîtrise des outils d'analyses statistiques et cartographiques usuels (R, SIG, ...) - Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit et oral) - Compétences en communication écrite et orale - Notions d'ornithologie appréciées

Le nombre de cas déclarés associés à la maladie de Lyme a considérablement augmenté dans certaines régions d'Europe depuis quelques années. L'éco-épidémiologie de la maladie de Lyme est complexe. En effet, en Europe, elle est causée par au moins cinq espèces de bactéries du complexe Borrelia burgdorferi sensu lato. Le principal vecteur de la maladie de Lyme en Europe est Ixodes ricinus, qui se nourrit sur un très large spectre d'hôtes. Les études sur la contribution des oiseaux dans le cycle de Borrelia sont principalement centrées sur leur rôle dans la dispersion des tiques sur de longues distances lors des migrations entre aires de reproduction et d'hivernage. Cependant, les oiseaux jouent aussi un rôle dans la dynamique locale des populations de tiques et des Borrelia associées pendant la période de reproduction des oiseaux, qui coïncide avec le pic de densité et de reproduction des tiques (autour de mai-juin). Ainsi, de fortes incertitudes existent sur les déterminants des variatio...
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UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique

Lebreton

Environnements glaciaires des sociétés du Paléolithique moyen et supérieur en Méditerranée sud-occidentale depuis 200 000 ans.

PAysages, biodiversité et environnements : dynamique Spatio-Temporelle (PAST) Trois axes de recherche sont développés dans l'équipe PAST, chacun contribuant à préciser le cadre chronologique et environnemental des sociétés préhistoriques. Plusieurs paramètres sont analysés (marqueurs sédimentaires, isotopiques, assemblages fauniques et microrestes botaniques) dans les remplissages sédimentaires en contexte archéologique et dans des séquences naturelles, en s'appuyant essentiellement sur les plateformes analytiques des différents sites de l'unité. Les données acquises reposent sur des développements méthodologiques et des approches actualistes afin de caractériser et calibrer les multiples signaux archivés dans les sédiments. Ces travaux affinent la résolution d'analyse des environnements en évaluant l'impact des différents forçages et en contraignant les différentes échelles stratigraphiques au sein du Quaternaire.

Le candidat aura un Master en sciences de la terre, sciences de l'Homme ou sciences naturelles. Il aura une expérience en palynologie (préparation des échantillons, détermination des grains de pollen) pour interpréter le jeu de données en termes de paléoécologie, paléoenvironnement et paléoclimatologie. Une expérience dans l'analyse statistique de données paléobiologiques sera un plus.

Au Paléolithique moyen, l'Homme de Néandertal (Homo neanderthalensis) est présent en Europe occidentale de 200 000 à 28 000 cal BP, associé à la culture moustérienne. Néandertal présente une remarquable plasticité écologique face aux changements climatiques, comme en témoigne la diversité de ses comportements de subsistance dans des environnements végétaux très contrastés tempérés et méditerranéens, en phases interglaciaires et glaciaires. L'arrivée et l'expansion sur le continent européen de l'Homme anatomiquement moderne (Homo sapiens) et des cultures du Paléolithique supérieur débutent il y a environ 40 000 cal BP lors de la dernière glaciation. Pendant une période d'environ 10 000 ans les sociétés du Paléolithique moyen et supérieur ont pu se côtoyer. La disparition de l'Homme de Néandertal et son remplacement par l'Homme moderne sont bien documentés dans le sud de la péninsule ibérique. Différentes hypothèses (climat extrême, génocide, génétique, mortalité infantile, épidémie, déc...
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UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique

Paillet

L'art préhistorique à l'interface de l'archéologie et de la taphonomie : supports et représentations de la grotte de la Mouthe (Dordogne) dans leurs contextes géo-culturels

NOMADE (Néandertaliens et Hommes anatomiquement modernes : comportements émergents, dynamique culturelle, mobilité territoriale) Cette équipe a pour objectif d'aborder les comportements humains, replacés dans leur contexte écologique, au Paléolithique moyen et supérieur en Eurasie continentale et en Afrique du Nord, selon une approche pluridisciplinaire au travers des sphères matérielles (techno-complexes, systèmes techniques, matières premières), socio-économiques (stratégies et territoires de subsistance) et symboliques (art pariétal et mobilier, objets de parure, mobiliers funéraires). Le sujet de thèse prendra place dans l'axe 4 « Représentations préhistoriques et comportements symboliques durant la Préhistoire », qui investit la façon dont les productions symboliques révèlent des mécanismes culturels dans le temps long et l'espace, et à caractériser les structures sociales et culturelles des groupes humains au Paléolithique.

Le (la) candidat(e) devra disposer d'un master en préhistoire, spécialisé dans le domaine des comportements symboliques. Familiarisé-e avec le milieu souterrain, il/elle présentera obligatoirement une expérience d'études et de relevés d'art rupestre en contexte souterrain. Des connaissances et une pratique, même sommaire, de problématiques géologiques et géomorphologiques seront appréciées. Il/elle devra connaitre voire pratiquer la panoplie actuelle des outils d'enregistrement 2D et 3D (photographie, photogrammétrie, topographie) mais aussi des méthodes d'analyses non-invasives ou invasives. Déterminé-e, habitué-e à travailler en équipe, il/elle devra faire preuve de facultés d'adaptation face aux contraintes du terrain. Une expérience sur d'autres contextes rupestres à l'étranger sera appréciée.

Les représentations préhistoriques se révèlent à nous par les techniques et les modes d'expression et elles s'incarnent sur des supports qui leur donnent une matérialité unique dans l'histoire des arts. Dans les grottes, l'art pariétal, comme nulle part ailleurs, réalise l'intégration parfaite de l'œuvre et de la roche. Mais si les représentations font bien corps avec les parois des grottes et si elles acquièrent même la dimension temporelle de la matière, en donnant parfois l'impression de défier le temps, elles en tirent aussi leur propre précarité. Quand le support souffre l'œuvre en est affectée. A l'interface roche-air des phénomènes complexes se déroulent qu'il convient d'observer et d'analyser car leur incidence peut être importante sur la conservation, l'intégrité et la lisibilité des œuvres. Depuis une vingtaine d'année, notamment après la découverte de la grotte Chauvet (Ardèche), puis celle de Cussac (Dordogne), des travaux novateurs ont été engagés sur la taphonomie des ...
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UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique

PRAT

Usures dentaires, morphologie fonctionnelle, paléoécologie et adaptation des hominines

Equipe PaleoFED :Paléoanthropologie : Fonction, Evolution, Diversité (biologique)

Maîtrise des méthodes et des outils utilisés en analyse des micro-usures dentaires et en anatomie dentaire. Très bonnes connaissances en paléoanthropologie, en analyse des macro-usures dentaires et en paléoécologie. Le/La candidat(e) devra montrer un esprit de synthèse, d initiative, et une bonne connaissance de l anglais écrit et parlé.

Le régime alimentaire tient une place importante dans les discussions sur la diversité des hominines, en relation avec les fluctuations climatiques et les changements environnementaux et nécessite une compréhension de la morphologie fonctionnelle et de la paléoécologie. L objectif de ce contrat doctoral est d évaluer les changements de régime alimentaire des hominines datés entre 3,5 et 1,5 millions dannées et les forces masticatrices impliquées au cours du temps et en fonction des changements environnementaux et climatiques, en combinant l analyse des micro- et des macro-usures dentaires. Ce sont deux approches complémentaires, ainsi les micro-usures dentaires permettent de reconstituer le régime alimentaire quelques mois avant à la mort de l individu tandis que les macro-usures témoignent elles de la distribution des stress, au cours de sa vie. Le cadre chronologique proposé (3,5 à 1,5 millions d années) englobe une période de transition climatique importante : la transition entr...
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UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique

Patou-Mathis

Invariants et innovations des comportements de subsistance chez les Néanderthaliens et les Homo sapiens dans le bassin carpatique : taphonomie des vestiges fauniques et interface os/lithique

NOMADE - Néandertaliens et Hommes anatomiquement modernes : comportements émergents, dynamique culturelle, mobilité territoriale (resp. Stéphane Péan et Patrick Paillet)

Maîtrise des méthodes utilisées en archéozoologie : détermination anatomique et taxinomique, étude taphonomique macro- et microscopique. Connaissance du cadre d'étude des comportements de subsistance au Pléistocène supérieur en Europe. Pratique des outils statistiques.

La disparition des Néanderthaliens et l'arrivée concomitante des premiers Homo sapiens (ou « Hommes anatomiquement modernes ») en Europe, il y a environ 45 000 ans, dans un cadre paléo-écosystémique disparu, la steppe à mammouth, font l'objet de nombreux débats. Les territoires d'Europe centrale, qui présentent des témoignages archéologiques datant de cette période transitoire, entre les traditions culturelles du Paléolithique moyen et du Paléolithique supérieur, sont stratégiques pour y apporter des éléments de réponse. En particulier, le Bassin des Carpates, en Hongrie, a livré un corpus de sites riches en matériels osseux et lithiques, principalement des outils et des armes de chasse. Cette aire géographique rend également compte des variations paléoécologiques pléistocènes, notamment des différentes oscillations climatiques au cours de l'interstade tempéré MIS 3 et du stade froid MIS 2, entre environ 60 000 et 12 000 ans BP. Le projet vise à identifier les modalités d'exploitat...
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UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique

MONCEL

Production et usage des sphéroïdes au Paléolithique inférieur en Europe et Afrique : approche comparative et intégrative d'objets énigmatiques et emblématiques

Disco. Dispersions, Comportements et Relations Homme-milieu au Pléistocène inférieur/moyen en Eurasie.

La candidate ou le candidat doit avoir précédemment travaillé sur des séries lithiques au niveau technologique et/ou tracéologique. Elle ou il doit maîtriser les concepts de chaînes opératoires et avoir déjà abordé l'analyse des séries lithiques sous l'angle du rôle des matériaux, des activités ou des traditions. Le candidat doit pouvoir se déplacer sur le terrain, aller travailler dans différentes institutions pour voir des collections. L'expérience du montage et de la réalisation d'expérimentations scientifiques est un plus ainsi que la maîtrise du logiciel R (ou d'autres outils statistiques), de QuantumGIS (ou d'autres outils de SIG) et d'un système de gestion de base de données.

Les polyèdres, sphéroïdes et bolas sont des objets en pierre cubiques à sphériques énigmatiques présents dans les séries lithiques depuis le Pléistocène inférieur. Ces objets sont considérés à la fois comme nucléus en phase finale ou percuteurs et de multiples autres hypothèses plus ou moins fantaisistes ont été proposées dans le passé, jamais démontrées. Ces objets sont fréquents en Afrique et présents en Asie dès l'Acheuléen mais sont beaucoup plus rares en Europe. Ils sont aussi connus dans des contextes archéologiques récents et ethnographiques en Amérique. L'objectif de la thèse est d'identifier des caractères permettant de déterminer les modes de fabrication et d'utilisation de ces objets afin d'en comprendre le rôle joué dans la vie des hominidés qui les ont produits au cours du Pléistocène inférieur et moyen en Eurasie et en Afrique. La question sera abordée en mobilisant une approche comparative large, en incluant des données archéologiques récentes, ethnographiques et expéri...
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UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes

Escudé

Modifications épigénétiques et organisation tridimensionnelle des séquences répétées dans le noyau cellulaire

Les séquences d'ADN répétées en tandem, ou séquences satellites, représentent une fraction importante des génomes. La diversité de ce matériel génétique, localisé majoritairement dans les régions centromériques des chromosomes, représente une véritable énigme : les séquences répétées centromériques présentent en effet de grandes variations de séquences entre les espèces, à l'inverse des protéines centromériques et des structures chromatiniennes, qui sont bien conservées. L'équipe ARChE (ADN Répété, Chromatine, Evolution) met en oeuvre différentes approches expérimentales (biologie moléculaire et cellulaire, bioinformatique, imagerie, etc) pour tenter d'élucider les mécanismes d'évolution de ces séquences, de caractériser les domaines chromatiniens qu'elles forment dans le noyau, enfin de comprendre comment ces séquences et la chromatine associée participent au maintien de la stabilité des génomes et à la régulation de leur activité.

L'étudiant(e) aura des connaissances sur l'organisation du génome, de l'épigénome et des principales marques chromatiniennes. Idéalement, il (elle) aura suivi une formation expérimentale préalable en biologie cellulaire et en microscopie. L'étudiant(e) devra avoir un goût certain pour l'utilisation de logiciels d'analyse d'images qui permettra le traitement haut-débit des images prises au microscope.

Contexte et positionnement du sujet Les séquences d'ADN répétées représentent une fraction importante des génomes qui est la plupart du temps tenue à l'écart des études visant à comprendre la fonction et l'évolution des génomes. Elles peuvent représenter plus de la moitié des génomes selon les organismes et sont une caractéristique des eucaryotes multicellulaires. Après avoir longtemps été considérées comme inutiles (on parlait de « junk DNA »), ces séquences reviennent aujourd'hui sur le devant de la scène. Un certain nombre d'observations ou d'expériences suggèrent qu'elles pourraient jouer un rôle dans différents processus cellulaires et contribuer à la stabilité et à l'évolution des génomes ainsi qu'à la régulation de l'expression des gènes qui se trouvent dans leur voisinage. On distingue deux grandes catégories de séquences répétées : les séquences répétées en tandem (encore appelées séquences satellites) et les séquences répétées dispersées (SINE, LINE et transposons). Les séq...
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UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes

Boulé

Evolution de régulations génétiques complexes dans un modèle de microorganisme eucaryote par édition combinatoire du génome et sélection dans des environnements contrôlés.

Génomique et Physiologie de l'Adaptation (GPA). GPA est une équipe interdisciplinaire qui s'intéresse aux mécanismes moléculaires de l'adaptation des microorganismes à leur environnement.

Le candidat recherché devra avoir des connaissances en génétique moléculaire de la cellule eucaryote, et un goût pour la microbiologie. Nous recherchons un candidat curieux, original et n'ayant pas peur d'explorer des approches nouvelles. Il devra avoir un goût pour étudier les théories de l'évolution et comment elles peuvent être testées par des approches d'évolution expérimentales. Un intérêt pour la programmation, l'instrumentation et les approches computationnelles serait également un plus. Ce projet peut intéresser un étudiant provenant d'un cursus à l'interface biologie et physique.

L'un des champs de prédilection de la biologie synthétique est le développement de souches de microorganismes exprimant des fonctionnalités nouvelles, non isolées dans la nature. Que ce soit à des fins biotechnologiques ou fondamentales, ces souches finissent modifiées génétiquement à partir d'un ancêtre cultivable expérimentalement et qui n'exprime pas spontanément la fonctionnalité recherchée, par exemple la résistance à un stress abiotique ou la production d'une biomolécule. En particulier, les applications visant au contrôle simple de l'expression d'un gène reposent souvent sur l'exploitation par génie génétique d'un petit nombre de séquences pour lesquelles un facteur cellulaire connu est très affin, par exemple un facteur de transcription qui permet l'expression constitutive ou inductible d'un gène, ou sa répression. D'un point de vue de l'Histoire Naturelle, ces approches sont intéressantes notamment car elles questionnent nos capacités, en tant qu'expérimentateurs, à émule...
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UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO

Porcher

Recherche des mécanismes de réponse des communautés végétales aux changements globaux ' Apports des approches par traits

CoMaC : écologie des Communautés, Macroécologie et Conservation

Le/la doctorante aura un master d'écologie, avec de solides connaissances en écologie des communautés et des compétences fortes en analyse de données (modèles linéaires (mixtes), analyses multivariées, régressions phylogénétiques). Des compétences en botanique seraient un plus, pour que le/la doctorante puisse participer à la récolte de données.

Les études démontrant un déclin de la biodiversité chez les animaux s'accumulent [1-2], mais l'identification fine des mécanismes responsables reste difficile, notamment parce que les différentes causes plausibles sont souvent corrélées les unes aux autres. A titre d'exemple, la controverse persistante sur le rôle réel des pesticides dans le déclin de la biodiversité des milieux agricoles vient en grande partie de cette difficulté à isoler un facteur parmi beaucoup d'autres liés à l'intensification agricole. Chez les plantes, il existe encore peu d'études démontrant des déclins d'espèces ou des changements de compositions des communautés végétales, sauf pour des espèces rares et menacées, ou dans certains environnements sensibles [3]. Avec le programme de science participative Vigie-flore, nous avons mis en évidence des variations d'abondance significatives pour plusieurs centaines d'espèces communes, ainsi que des modifications de la composition des communautés (thèse G. Martin, 2018)...
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UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO

Julliard

Adapter le Réseau d'Aires protégées aux changements globaux pour mieux Conserver : Cas des communautés d'Oiseaux d'eau hivernants des zones humides (ARACO)

Politiques publiques, Action collective et Biodiversité

Biologiste de la conservation, écologue des communautés avec bonnes compétences et goût pour la modélisation et l'analyses de données. Des compétences en ornithologie seraient un plus. Un vivier d'excellents candidats existe (dont étudiants de master Biologie, Ecologie, Evolution, option modélisation en écologie).

Dans le contexte d'érosion majeure de la biodiversité, prédire les impacts conjugués des changements climatiques et d'usages des sols aux horizons 2050-2100 sur la diversité biologique revêt un enjeu majeur pour la priorisation et l'adaptation des politiques de conservation. C'est particulièrement vrai pour les zones humides des milieux maritimes et côtiers confrontées à une modification du régime de précipitation, une élévation des températures, du niveau marin et à un fort développement des activités humaines (urbanisation, intensification de l'agriculture), à l'origine d'une régression majeure de leurs surfaces passées et prédites au niveau mondial. Milieux productifs, ces zones humides jouent un rôle majeur pour la conservation de la biodiversité, en particulier l'avifaune. Cette reconnaissance a conduit à la création d'un vaste réseau d'aires protégées à large échelle (Natura2000, RAMSAR') connectées, dont le devenir, l'efficacité pour la conservation et les enjeux futurs sont à a...
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UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO

JIGUET

Le rôle de la migration dans la spéciation : le cas d'un oiseau paléarctique, le Gobemouche gris

COnservation et Restauration des Populations

Le candidat doit avoir un fort intérêt pour les questions touchant l'évolution de la biodiversité et de bonnes compétences en génétique des populations et si possible dans les méthodes de traitement et d'analyse de données génomiques. Une bonne capacité à utiliser divers outils statistiques (logiciel R) est indispensable. Un intérêt pour l'ornithologie et la collecte des données sur le terrain constitue un atout supplémentaire.

La spéciation, le processus qui aboutit à la mise en place de l'isolement reproducteur entre deux lignées, est au cœur de l'émergence et du maintien de la diversité biologique. Notre projet cherche à déterminer quels sont les mécanismes d'isolement reproducteur à l'œuvre dans le cas des deux passereaux migrateurs trans-sahariens, très proches évolutivement mais reconnus récemment comme deux espèces jumelles ayant divergées il y a environ 1 million d'années : le Gobemouche gris Muscicapa striata à répartition continentale et le gobemouche tyrrhénien M. tyrrhenica à répartition insulaire. Il existe donc une lignée endémique aux îles de la Méditerranée occidentale (Baléares, Corse et Sardaigne) et une lignée continentale eurasiatique ([1], qui entrent probablement en contact en le long de la côte tyrrhénienne (Italie). Au sein de l'espèce continentale existent deux sous-lignées, respectivement ibéro-africaine et eurasienne, ayant divergées il y a environ 0,5 million d'années. De même l'es...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Villemant

Mimétisme et extinction de pollinisateurs

Diversité spécifique, Spéciation, Interactions

Le.la candidat.e devra avoir des notions d'entomologie, de morphométrie, d'analyses comparatives phylogénétiques et d'écologie des communautés. Il.elle aura reçu préférentiellement une formation liée à la biologie de l'évolution ou à l'écologie. Il.elle devra être à l'aise avec la programmation, les statistiques et analyses multivariées. Une bonne maitrise des outils de morphométrie et des méthodes d'analyses comparatives phylogénétique étant essentielle au bon déroulement de cette thèse, le.ma candidate devra pouvoir justifier d'une expérience dans l'application de ces outils. Il.elle devra aussi avoir de l'expérience dans la manipulation de collections entomologiques et une connaissance de la diversité des aculéates. Enfin, des connaissances en analyse d'image seraient préférables.

La majorité des aculéates (abeilles et guêpes non-parasitoïdes) possèdent des couleurs contrastées qui constituent un signal aposématique dissuadant les prédateurs ayant déjà expérimenté leur mécanisme de défense directe, la piqûre venimeuse. L'efficacité de ce signal dépend de la probabilité qu'un prédateur l'ait déjà associé à l'expérience négative de la piqûre : plus ce signal est abondant dans le milieu, plus il est efficace (Sheratt, 2008). L'aposématisme entraîne donc souvent une convergence de l'apparence de forme et de coloration chez de nombreuses espèces aposématiques : on parle de mimétisme mullérien. Plusieurs cas de mimétisme ont déjà été identifiés dans quelques groupes d'aculéates (Smith-Pardo, 2005, Williams, 2007, Hines et al., 2012, Rodriguez et al., 2014), mais jamais à l'échelle d'une communauté. De plus, au sein d'un cercle de mimétisme, les différentes espèces n'interviennent pas de façon égale dans l'établissement et l'efficacité du signal : les espèces les plus ...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Samadi

Analyse éco-évolutive des communautés bactériennes symbiotiques des organismes constructeurs des monts sous-marins profonds dans le parc marin de Nouvelle-Calédonie.

Exploration, Espèces et Evolution http://isyeb.mnhn.fr/fr/exploration-especes-et-evolution-396

Formation initiale en biologie et systématique marine, phylogénie et en statistiques pour l'écologie (notamment analyses multivariées, analyses spatialisées). Expérience dans la mise en œuvre des méthodes de génomique environnementale. Grande motivation pour aborder les champs nouveaux des données omic et intérêt pour les politiques globales de standardisation pour la conservation des écosystèmes marins.

Les porifères et les cnidaires sont des organismes constructeurs qui dans le milieu marin jouent un rôle d'architecte pour les communautés aussi bien d'organismes multicellulaires que microbiens. De nombreuses études établies en milieu marin peu profond montrent que la structure et la diversité de ces communautés symbiotiques sont intimement liées à la santé et aux caractéristiques biotiques et abiotiques des habitats. Ainsi ces microbiomes pourraient constituer des bio-indicateurs utiles à la description et à la gestion des habitats. En milieu marin profond, les coraux et les éponges constituent également un élément majeur des paysages. Notamment, sur les reliefs géologiques environnés par de forts courants (talus continentaux, bancs, monts sous-marins et dorsales), ils forment des agglomérations biogéniques dont la structure tridimensionnelle héberge des communautés diversifiées. Ces paysages sont caractérisés par une grande hétérogénéité spatiale dont les déterminants sont méco...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Bourgoin

Alignements contraints et architecture moléculaire : formalisation méthodologique d'alignements multiples et de recodage des caractères en phylogénétique. Application au modèle des insectes Hémiptères

équipe LIS (Laboratoire Informatique et systématique, dir R. Vignes-Lebbe)

Le (la) candidat(e) aura un diplôme de master 2 dans le domaine de l'évolution et/ou de la bioinformatique. Il (elle) manipulera avec aisance les concepts de caractères et d'homologie en matière d'analyse phylogénétique avec une bonne connaissance des méthodes par une pratique attestée durant son stage de master. Rigueur, capacité à formaliser, et plaisir d'aborder également la biologie et la formalisation des idées seront nécessaires. Il (elle) travaillera au sein de 2 équipes de l'UMR 7205 suivi par des encadrants ayant chacun déjà formés plusieurs étudiants (masters et doctorants) dans ces domaines qui constituent leur expertise.

La masse des données moléculaires et leur traitement dans un cadre phylogénétique ont littéralement explosés ces dernières années. Cependant, la plupart des méthodes phylogénétiques traitent les séquences de manière linéaire et statistique, délivrent un alignement multiple variant avec l'échantillonnage questionnant ainsi la notion d'homologie pourtant inhérente à toute approche comparative, et analysent après avoir éliminé d'emblée les zones d'alignement problématique. On observe ainsi une situation paradoxale : des techniques de séquençage de plus en plus performantes donnent accès à une diversité moléculaire phénoménale, mais seuls les caractères les mieux conservés sont retenus pour que les méthodes les analysant assurent une certaine reproductibilité des résultats et restent raisonnables dans leur temps de traitement (alignements et formulation des phylogénies). Largement utilisés, les gènes non-codants sont un bon exemple de ces approches où de nombreuses régions (particulièremen...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Robillard

Confronter les théories sur l'origine de la biodiversité dans un hotspot : biogéographie et dynamique de diversification en Nouvelle-Calédonie

Evonfonct

Compétences indispensables : Phylogénétique, méthodes probabilistes, Master en biologie de l'évolution ou en écologie Compétences souhaitées : analyse biogéographique, systématique, analyse de datation moléculaire, méthodes comparatives phylogénétiques.

La Nouvelle-Calédonie (NC) est caractérisée par une forte diversité spécifique associée à des taux d'endémisme exceptionnellement élevés1. De nombreuses études de phylogénie comportant des datations moléculaires suggèrent que le biote de NC est moins ancien qu'imaginé précédemment2, et qu'il a pour origine des événements multiples de dispersion à plus ou moins longue distance. Le débat autour de l'origine de la biodiversité néocalédonienne s'est trop souvent posé en termes antagonistes (vicariance vs dispersion ; origine ancienne ou récente ; lignée relicte ou non), alors que ces différentes théories peuvent se compléter pour expliquer l'évolution des clades. Ainsi, la biogéographie de la NC et sa biodiversité originale restent des sujets d'étude fascinants et très actuels à bien des égards : 1) la NC est très isolée de ses territoires voisins, ce qui rend énigmatique sa colonisation par dispersion ; 2) la Grande Terre est un des plus anciens territoires émergés de la région Sud-Oue...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Debat

Evolution des queues chez les Papilionidae (Lepidoptera): approche macro évolutive et expérimentale

Evolution et développement des variations pohénotypiques

Etudiant(e) issu(e) d'un Master recherche à dominante écologie et évolution. De bonnes compétences en analyse des données (R) sont indispensables. Une ouverture d'esprit sur la biomécanique est souhaitable.

La présence de queues sur les ailes postérieures est très fréquente chez les papillons. C'est un caractère très variable, par sa forme, sa taille, sa position mais également sa présence : on trouve en effet des queues dans de nombreux groupes, mais elles sont remarquablement absentes de certains. Quels sont les facteurs impliqués dans la diversification de ce trait ? Les queues des papillons de nuit comme les Saturniidae ont été bien étudiées : elles ont évolué plusieurs fois indépendamment, et ces convergences ont été interprétées comme des adaptations à l'échappement aux chauve-souris1. En effet, le signal acoustique des queues détourne les attaques des parties vitales de l'insecte2. De façon surprenante pour un caractère aussi marquant, l'évolution des queues chez les papillons de jour est en comparaison remarquablement méconnue. Leur diversification est-elle neutre ou adaptative ? Quelles pressions de sélection agissent sur leur évolution ? Plusieurs hypothèses peuvent être formu...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

HASSANIN

Etude génomique de l'évolution réticulée chez les Bovini (Cetartiodactyla, Bovidae)

L'équipe réunit des chercheurs dont la culture est fondamentalement phylogénétique. L'exploration (via les missions de terrain), la caractérisation (via la taxonomie, moléculaire ou non) et la mise en ordre phylogénétique de la biodiversité sont au cœur des métiers et des questions. La phylogénie sert à la classification, à la biogéographie, mais surtout à statuer sur les homologies des structures qui ont été comparées, quelles soient moléculaires ou anatomiques.

Le candidat devra avoir bénéficié d'une solide formation en évolution, phylogénie, génétique des populations et génomique. Il devra être familier avec le traitement bioinformatique des données NGS, avec un minimum d'expérience sur les analyses génomiques. Cela implique une bonne maîtrise des logiciels utilisés sous Linux pour ce type d'approche et une capacité à écrire des scripts bash. Un bon niveau en anglais est aussi nécessaire car le thésard sera amené à collaborer avec des chercheurs étrangers.

De plus en plus d'études de génomique comparative indiquent que l'évolution réticulée est un processus largement répandu chez les animaux. Il est désormais admis que des espèces proches peuvent s'hybrider de façon occasionnelle, ce qui peut conduire au transfert de matériel génétique entre ces espèces (introgression) ; certaines études suggèrent même des « transferts d'adaptations » entre espèces. La tribu des Bovini a été divisée en trois sous-tribus : (1) les Bovina incluent les bœufs sauvages, comme le banteng, le gaur et le kouprey, les bisons, le yack et les bœufs domestiques; (2) les Bubalina contiennent plusieurs espèces de buffles sauvages asiatiques, les buffles domestiques et le buffle africain ; et (3) le saola (découvert en 1992 en Asie du Sud-Est) est l'unique représentant des Pseudorygina. Au sein des Bovina, plusieurs hypothèses contradictoires impliquant des introgressions ou de la rétention de polymorphisme ancestral ont été proposées. Les données génomiques ne cesse...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Le Gall

Les corallines face au changement global, quel futur ? Analyse de leurs dynamiques de diversification

L'étudiant sera accueilli dans l'équipe Espèce, Exploration, Evolution (Dir. S. Samadi) dont l'une des principales thématiques est de valoriser les données de systématique afin de fournir des cadres évolutifs robustes pour comprendre l'origine et le devenir des organismes et des communautés et, ainsi, répondre à des enjeux sociétaux liés au changement global. Le présent projet de thèse s'inscrit parfaitement dans cette thématique. Physiquement, l'étudiant aura un bureau au sein bâtiment de Cryptogamie à proximité des deux encadrantes et des collections d'algues. Les manipulations (séquençage et analyses minéralogiques) seront réalisées au sein de l'ASM plateforme analytique du MNHN. Un comité de thèse sera mis en place de manière à compléter les compétences du ou de la doctorant(e) et à apporter un autre regard que celui des encadrants.

Le ou la candidat(e) aura un solide socle de connaissance en écologie et évolution. Ce sujet de recherche fondamentale mobilise de nombreuses données environnementales et devrait conduire à des recommandations pour la conservation des corallines, des compétences dans au moins un de ces deux domaines est nécessaire. Un goût pour le terrain tout comme des expériences en milieu marin seront appréciés ; des connaissances sur les algues ne sont pas nécessaires mais seront considérées comme un atout.

Les corallines sont des algues rouges qui se caractérisent par la présence de calcite imprégnant leur paroi. Ces algues se retrouvent sur toutes les côtes depuis les tropiques jusqu'aux pôles où elles constituent un élément important tant à l'échelle du paysage que des communautés. Avec un peu plus de 600 espèces actuellement reconnues reparties dans 75 genres, les corallines constituent l'un des groupes d'algues rouges les plus divers. Toutefois, en raison de leur nécessité de fixer le carbonate de calcium, ces algues devraient être particulièrement sensibles au réchauffement et à l'acidification de l'océan ; le changement global devrait constituer donc une menace forte pour leur pérennité. Aujourd'hui, la majorité des études impliquant des corallines dans un contexte de changement global est réalisée sur un nombre limité d'individus et d'espèces et concerne surtout des réponses physiologiques de ces algues face à la modification d'un ou deux paramètres dans des conditions contrôlées ...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Grandcolas

Taxonomie, bioinspiration, et systèmes d'information

Evolution fonctionnelle et Taxonomie (resp. F. Legendre)

Compétences attendues : profil bio-informatique avec des connaissances sur le vivant (à différentes échelles de la descriptions des organismes), la représentation des connaissances (les langages ontologiques, Xper3, bases de données), la programmation. Le projet doctoral nécessite de la part du doctorant(e) de savoir extraire et analyser des sources de données complexes et hétérogènes sur le vivant (exemple Troudet et al., 2017), d'avoir un intérêt pour un domaine pluridisciplinaire et une bonne communication pour interagir avec des scientifiques de cultures différentes, et d'avoir de la rigueur et la capacité de formaliser.

Contexte : Le biophysicien Otto Schmitt a défini la bioinspiration comme « l'étude des structures et mécanismes biologiques pour réaliser des analogues par des procédés artificiels mimant ceux qui existent dans la Nature ». Ces innovations bio-inspirées ne sont pas nouvelles, mais en fort développement et pluridisciplinaires : molécules, matériaux, production énergétique, agriculture et architecture innovantes etc. En créant la mission Bioinspire-Muséum et en interaction avec le CEEBIOS, le MNHN veut être un acteur de cette dynamique, de par ses ressources (collections diverses) et son expertise taxonomique. Deux approches complémentaires peuvent être suivies : 1. On connait la propriété de l'objet que l'on veut créer et on cherche dans la Nature des solutions présentant cette propriété. Par exemple on recherche des structures anatomiques ayant des propriétés d'adhérence particulière, ou des molécules ayant des propriétés antibiotiques, antipaludiques, anticancéreuses etc. (Kocsis,...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Haevermans

Using insular macroevolutionary data to investigate the role of ecological opportunity in driving evolutionary radiations

Macroécologie et Systématique pour la Conservation

Proven competences (internship M2) in molecular phylogenetics (phylogenetic reconstruction, dating, biogeographic & ancestral state reconstruction), or in morphometrics (comparative analyses of trait data), or in testing correlations between different eco-evolutionary variables. First-hand knowledge or interest in one or more of the plant groups studied would be a bonus.

Evolutionary diversification is the fundamental process by which all species on earth have been generated. At any defined spatial scale, we find that some lineages have diversified more than others. Although there exist a wide variety of case-specific explanations for differences in diversification rate per unit area, our ability to identify general tenets or conclusions of broad taxonomic and geographic scope have so far been limited, principally due to the difficulty in inferring the spatial scale in which speciation has occurred across multiple lineages. Organisms endemic to oceanic islands provide significant advantages in inferring the spatial scale of speciation. The isolation of islands and their longstanding boundaries allow in situ speciation (within the island) to be readily distinguished from immigration from outside sources (unlike continental settings). The opportunity afforded by such island lineages has already been exploited in a landmark paper (Kisel & Barraclough, 2...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

GOUYON

Interactions mycorhiziennes des orchidées : approche fonctionnelle et évolutive

Systèmes génétiques, adaptation & domestication : Nous nous intéressons aux systèmes génétiques (l'organisation de l'information génétique et son mode de transmission) et, en particulier, aux systèmes de reproduction. Un élément essentiel est le maintien ou la perte du sexe, une question majeure en biologie évolutive. Nos recherches comportent, d'une part, un volet théorique à partir de modèles et, d'autre part, une approche phylogénétique étudiant des groupes présentant une grande diversité des systèmes de reproduction, et enfin, une approche expérimentale pour valider les attendus théoriques en utilisant principalement des champignons microscopiques et des plantes angiospermes. Nous essayons de comprendre comment la diversité des systèmes génétiques agit sur la capacité d'adaptation des organismes.

Le (la) candidat(e) doit montrer une curiosité et une connaissance générale en biologie évolutive, sur les modèles végétaux et l'écologie des interactions. Au niveau technique, un savoir-faire en biologie moléculaire valide par l'expérience de mastère est attendu. Un goût pour les analyses in silico et une connaissance en mycologie et écologie des champignons seront appréciés. Le candidat doit avoir un intérêt pour les herbiers et le travail en équipe. Il doit aussi avoir une approche naturaliste, et être capable d'aller sur le terrain pour les collectes. Quel que soit le candidat, la diversité des outils de la thèse (moléculaires, isotopiques, informatiques) nécessitera une formation que nous assurerons : l'objectif est de donner au candidat un savoir-faire varié, au-delà du sujet même.

Les orchidées ont une diversité d'espèces et d'habitats inégalée(1). Elles interagissent avec des champignons à 2 étapes : à la germination des graines dépourvues de réserves, des champignons procurent des sucres, puis dans les racines adultes, ils apportent eau et sels minéraux. L'organe mixte alors formé est appelé mycorhize. Ces champignons appartiennent à 3 lignées (Cératobasidiacées, Sérendipitacées et Tulasnellacées(2)) dont l'écologie et les ressources en sucre restent mal connues, ce qui limite les actions de conservation. Ces champignons sont des saprophytes du sol et, selon des travaux récents, aussi des endophytes de plantes non-orchidées(3,4). Un endophyte colonise les tissus de façon diffuse et inorganisée, sans lésion ni mycorhize. L'écologie des Tulasnellacées reste la moins connue, malgré un endophytisme probable(5) et bien qu'elles soient les partenaires les plus fréquents, parfois exclusifs, des orchidées. Leur diversité reste aussi peu connue. Les particularités de...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

BREZELLEC

Vers un autre modèle d'initiation de la réplication bactérienne : le cas atypique des Cyanobactéries

Atelier de Bionformatique

Nous recherchons un candidat intéressé par la génomique évolutive, capable de mener des analyses bioinformatiques. Dans l'idéal, un étudiant ayant reçu une double formation en biologie et en informatique avec un intérêt particulier pour les questions d'évolution.

Les connaissances sur l'initiation de la réplication bactérienne sont principalement issues de résultats obtenus chez deux bactéries : Escherichia coli et Bacilus subtilis. Par conséquent, le modèle qui prévaut actuellement est centré sur le gène dnaA, considéré comme l'initiateur universel de la réplication bactérienne, ciblant une origine de réplication unique (oriC) qui peut être prédite in silico à l'aide d'une courbe « GCskew » (G-C/G+C) en « V » dont le minimum indique la position de l'origine de réplication. Nos récents travaux ont déjà mis en évidence que le modèle de l'initiation de la réplication chez Escherichia coli n'est pas représentatif de celui des Entérobactéries (Brézellec et al., 2016 et 2017). D'autre part, nous avons constaté que dnaA n'est pas présent chez toutes les bactéries et que, lorsqu'il l'est, il n'est pas nécessairement essentiel. En outre, toutes les courbes des « GCskews » ne sont pas nécessairement en « V » et présentent parfois de multiples inflexion...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Lecointre

Quand une lignée de serpents a carte blanche, La radiation évolutive des Pseudoxyrhophiinae à Madagascar.

Homologies

Compétences en traitement de données phylogénétiques Compétence en traitement de données macro-écologiques (étude des taux de diversification)

Contexte général : La sous-famille des couleuvres Pseudoxyrhophiinae représente une des lignées majeures de vertébrés ayant colonisé Madagascar (Oligocène). Elle s'est rapidement diversifiée en 22 genres et 90 espèces reconnus à l'heure actuelle. Si l'on fait abstraction de quelques espèces comoriennes et d'un genre monotypique de Socotra, elle constitue un compartiment emblématique de l'endémisme malgache. Dans un contexte de quasi-monopole écologique (les potentiels compétiteurs tels que les Elapidae, Viperidae et autres "colubridés" n'ayant jamais atteint l'île), les Pseudoxyrhophiinae ont colonisé avec succès l'ensemble des écosystèmes malgaches au fur et à mesure que s'épanouissait un remarquable éventail d'adaptations écologiques et morphologiques. Celles-ci semblent autant être liées à la diversité des biomes (forêts pluviales de la côte Est, savanes xérophytes du Sud-Ouest, haut plateaux rocheux du centre) ou des micro-habitats conquis (formes terrestres, arboricoles, fou...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

MAUREL

Bases génomiques de la spéciation écologique chez la drosophile : à l'interface entre la neurogénétique et la biologie de l'évolution

Biologie Intégrative des Populations, Evolution Moléculaire : BIPEM

L'étudiant(e) recherché(e) aurait une forte base en génétique évolutive et fonctionnelle, de préférence avec une expérience sur le modèle drosophile. Une maîtrise d'usage des outils bioinformatiques sera bien appréciée. L'étudiant(e) doit faire preuve de son sérieux, dynamisme, intégration dans la vie d'une équipe et de sa volonté et capacité à travailler en collaboration avec plusieurs chercheurs pluridisciplinaires (évolution, écologie, génétique fonctionnelle et neurobiologie).

Comprendre comment les organismes s'adaptent à leur milieu est un défi majeur pour les évolutionnistes. Un exemple intéressant est celui du changement de plante hôte chez les insectes car il requiert l'évolution simultanée de plusieurs traits adaptatifs à partir du même génome. Ces changements peuvent mener à l'évolution de l'isolement reproducteur et de la spéciation. Cependant, les facteurs génétiques et évolutifs sous-jacents restent encore mal connus. La spécialisation de Drosophila sechellia sur les fruits toxiques du nono (Morinda citrifolia) aux Seychelles a longtemps attiré l'attention des biologistes de l'évolution. Nous avons récemment décrit un cas similaire sur l'île de Mayotte avec D. yakuba mayottensis, une sous-espèce de l'espèce généraliste afrotropicale D. yakuba (Yassin et al. 2016 PNAS 113:4771-4776). Chez ces deux espèces afrotropicales, la spécialisation sur le nono dans les îles de l'océan indien a été accompagnée par l'évolution d'un isolement reproducteur, repr...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Achaz

Quels sont les déterminants de la co-évolution entre gènes d'un même génome ?

Atelier de Bioinformatique UMR ISYEB

Un(e) candidat(e) ayant l'envie de faire une thèse de biologie évolutive avec de la modélisation et de l'analyse de données. Sont attendues des connaissance en évolution, en informatique et en modélisation, mais surtout une forte motivation à travailler dans ce domaine d'interface biologie-mathématiques-informatique.

Un génome est une collection dynamique d'éléments, des gènes mais également d'autres séquences non-codantes, dont les rôles fonctionnels sont généralement entremêlés. Cette vue systémique souligne l'importance du réseau d'interactions qui soutend les différent éléments fonctionnels d'un génome. Sur le plan évolutif, ces relations dites "épistatiques" conduisent souvent à la co-évolution des partenaires en interaction. Les méthodes visant à détecter la co-évolution au sein d'un même génome sont divisées en deux classes complémentaires. Une première s'appuie sur des co-occurences répétées d'éléments dans les génomes actuels, comme par exemple, la présence systématique conjointe de deux gènes, suggestive d'une fonction partagée. Cette approche a donné lieu à de nombreux avatars dont certains sont particulièrement sophistiqués, comme la méthode DCA (Direct Coupling Analysis) [Weigt 2009]. Leurs performances sont très bonnes pour les analyses faites sur un grand nombre (>=10,000) de séqu...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Denys

Evolution morphologique des rongeurs du Pléistocène du Rift Est africain : implications paléoécologiques

SPEC : Systématique, Phylogénie, Evolution, Conservation

Le / la candidat doit avoir une expérience dans l'étude de la systématique des Rongeurs (Celle des rongeurs africains est un plus). Il ou elle devra maîtriser les techniques de morphométrie géométrique, d'analyses statistiques ainsi que le logiciel R. Il devra connaître les règles de consultation et de prêt en vigueur dans les collections des musées et celles de la nomenclature taxonomique.

Quelle est la signification d'une morphoespèce décrite sur la base quelques caractères anatomiques crânio-dentaires? Comment retrouver les liens de parenté entre les espèces paléontologiques et les espèces actuelles décrites par les méthodes moléculaires? Nous proposons d'explorer ces questions lors d'une révision taxonomique d'espèces fossiles de Rongeurs Pléistocènes provenant de sites paléontologiques bien datés du Rift est africain. Ces espèces morphologiques seront confrontées aux espèces biologiques décrites dans cette même région à l'aide des données moléculaires au moyen des techniques de morphométrie géométrique. Le Rift Est-africain représente un des reliefs majeurs du continent africain. Cet accident tectonique se caractérise par une très forte diversité d'habitats et de faunes qui lui ont valu l'attribution de point chaud de biodiversité. La vallée du rift a commencé à s'effondrer au début du Pliocène créant des conditions favorables à l'émergence des Hominidae modern...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Elias

Évolution et biodiversité chez les papillons mimétiques néotropicaux face aux changements globaux

La thèse se déroulera au sein de l'Équipe Biodiversité: Interactions, Adaptations, Spéciation, qui comprend 14 EC/C (parmi lesquels, quatre DR émérites), dont 10 possèdent une HDR. L'équipe met en œuvre de multiples méthodes à différentes échelles afin de comprendre les différents facteurs qui façonnent la biodiversité, aussi bien aux niveaux micro- et macro-évolutifs qu'au niveau des assemblages des espèces au sein de communautés. Ce projet de thèse porte sur la diversification et l'évolution de la niche environnementale en lien avec la structure des assemblages d'espèces chez des papillons qui interagissent entre eux de façon mutualiste. Ce projet combine analyses phylogénétiques comparatives et écologie des communautés, et s'inscrit donc parfaitement dans les thématiques de l'équipe.

Le ou la candidate devra démontrer un solide socle de connaissances en écologie et évolution illustré par d'excellents résultats en Licence & Master. La maîtrise de R pour l'analyse statistique et la modélisation, ainsi que des outils de SIG (ArcGIS ou QGIS) est fortement souhaitée, ainsi que de l'expérience dans l'utilisation des méthodes de modélisation de niche et d'analyses phylogénétiques comparatives. De l'expérience de terrain dans les Tropiques sera une forte plus-value. De même, la connaissance des questionnements évolutifs associés au mimétisme mullérien et des concepts de réseaux d'interactions ne sont pas indispensables mais seront considérés comme des atouts importants.

Les forêts néotropicales comportent plusieurs `hot spots' de biodiversité [1], mais ceux-ci sont menacés à la fois par les pressions anthropiques directes de la déforestation [2] et par les changements climatiques [3]. La tribu néotropicale de papillons Ithomiini (393 espèces) est un groupe indicateur de la qualité de ces habitats et de leur diversité globale en papillons [4,5]. De plus, les espèces d'Ithomiini interagissent entre elles et avec d'autres espèces de papillons de façon mutualiste par le biais du mimétisme mullérien, une convergence évolutive pour le motif coloré qui signale la toxicité de ces espèces aux prédateurs. Ces interactions mutualistes contribuent ainsi à la cohésion des communautés [6-8]. Cette thèse, qui se place dans la continuité d'un stage de M2 en cours, vise à explorer les conséquences évolutives et conservatoires des changements globaux sur les communautés naturelles des papillons Ithomiini et leurs co-mimes (Heliconius et Papilionidae) en alliant proje...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Nicolas-Colin

Processus de diversification des musaraignes afrotropicales : apports des données moléculaires et morphologiques

Systématique, phylogéographie, évolution, conservation (SPEC)

Etudiant(e) de M2 ayant suivi des modules de biologie évolutive. De solides connaissances (stage de M2) soit dans le domaine de la phylogénie moléculaire (reconstruction phylogénétique, phylogéographie, datation, délimitation d'espèces sur base de données moléculaires), soit dans le domaine de la morphométrie (analyses comparatives, morphométrie 2D ou 3D) sont requises. Un goût pour la systématique et les approches intégratives est nécessaire. Une connaissance préalable du groupe d'étude (les musaraignes) serait un plus.

Comment expliquer l'extraordinaire biodiversité observée en Afrique tropicale ? Dans le débat sur les modes de diversification deux modèles principaux prédominent : le modèle géographique mettant en avant le rôle de l'isolement géographique dans la diversification (diversification allopatrique par les refuges forestiers ou les barrières fluviales), et le modèle écologique mettant en avant le rôle de la sélection divergente le long des gradients environnementaux. Si ces modèles sont régulièrement invoqués pour expliquer la diversification des taxons afrotropicaux ils ont rarement été testés de façon rigoureuse. L'étude combinée de la variation génétique et morphologique permet pourtant de les tester. Dans le cas de la diversification allopatrique on s'attend à observer une forte diversité génétique mais une faible diversité morphologique entre les taxons. A l'inverse, dans le cas d'une diversification écologique des différences morphologiques fortes entre les taxons sont attendues. Ces...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

DUBUISSON

Comment se diversifient les taxons malgaches ? Phylogénomique du genre emblématique Dombeya (Malvaceae)

Interactions et Evolution Végétale et Fongique - INEVEF

Bonnes bases en botanique et floristique, dans les principales méthodes de systématique moléculaire et reconstructions phylogénétiques et analyses statistiques intégrant la dimension phylogénétique ' une expertise en NGS n'est pas requise mais pourrait être un atout.

En raison de sa biodiversité exceptionnelle, en abritant plus de 10 000 espèces de plantes (endémiques à 85%), Madagascar demeure ainsi une zone privilégiée pour l'étude de l'Évolution. Un éclairage nouveau a récemment été apporté quant à l'origine et au tempo de diversification de certaines lignées. La biodiversité de Madagascar serait majoritairement post-gondwanienne et donc le résultat de processus de colonisations et de diversifications récents. Madagascar est ainsi perçue comme une région modèle pour étudier les mécanismes de radiations spécifiques. Cependant les patrons évolutifs et les mécanismes de diversification des espèces malgaches restent encore mal appréhendés. Plusieurs scénarios ont été proposés (e.g., théorie des zones refuges, allopatrie et barrière fluviale, radiation adaptative) et sont liés aux derniers changements paléogéographiques et climatiques. Ces scénarios peuvent être testés par le prisme d'approches comparatives qui s'appuient à la fois sur des relations ...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

LLAURENS

De la microévolution à la macroévolution : convergences et divergences de traits partagés entre espèces sympatriques.

Evolution et Développement des Variations Phénotypiques

De formation Master recherche en Biologie et évolutive et/ou bioinformatique, le.a candidat.e recherché.e présentera un intérêt fort pour les questions de convergence évolutive. Une expérience dans les techniques d'inférences démographiques à partir de données de séquences génomiques est souhaitée.

Comprendre les facteurs écologiques et historiques façonnant la diversité phénotypique est un objectif majeur de la biologie évolutive. Si les forces sélectives agissant sur les variations phénotypiques au sein des populations et leurs interactions avec les processus neutres peuvent être caractérisées expérimentalement au sein des espèces, l'effet des mécanismes évolutifs identifiés à l'échelle microévolutive sur la diversification de ce trait à l'échelle macroévolutive reste difficile à quantifier (Reznick and Ricklefs 2009). Les barrières reproductives, ainsi que les divergences de niches écologiques entre espèces entrainent des fortes divergences génomiques et phénotypiques, et limitent la détection de la sélection naturelle agissant directement sur le trait étudié. A travers l'étude de la diversification des motifs de couleur des ailes chez les papillons du genre Morpho, cette thèse a pour but de mettre en évidence les mécanismes évolutifs impliqués dans la variation d'un trait a...
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UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité

Améziane

Exploration, suivi et comparaison de la micro-biodiversite' benthique en Antarctique et Subantarctique par me'ta-barcoding de re'cifs artificiels.

Équipe homologies, responsable d'équipe : Guillaume Lecointre. L'e'quipe a' une longue expe'rience de terrain en Antarctique qui lui confe're une expertise reconnue internationalement dans les domaines de la phyloge'nie, phyloge'ographie, l'e'cologie benthique et l'exploration de la biodiversite' de l'oce'an Austral. Un membre de l'e'quipe, Marc Ele'aume, repre'sente la France au comite' scientifique a' la Commission for the Conservation of Antarctic Marine Living Resources (CCAMLR). Des membres de l'équipe participent au groupe d'experts ANTOS, Antarctic Near-shore and Terrestrial Observing System du Scientific Committee on Antarctic Research. Ce projet s'inse're dans la continuite' de deux programmes de recherche sur la biodiversite' benthique de l'oce'an Austral mene's par des membres de l'e'quipe : Revolta (IPEV N°1124) pour le volet antarctique et Proteker (IPEV N°1044) pour le volet subantarctique. Il s'insère aussi dans la collaboration avec l'e'quipe de Stefano Schiaparelli, Un

Le/a candidat devra avoir une formation biologie des populations et ou écologie. Il/elle devrait avoir de solides compétences en biologie moléculaire et bioinformatique. Une connaissance du milieu marin serait un plus. Maîtrise de l'anglais indispensable, l'italien serait un plus.

Même par faible profondeur, les espèces marines de petite taille ainsi que les jeunes individus d'espèces plus grandes échappent a' l'étude, car elles sont mal échantillonnées par les approches de collecte classiques telles que chaluts, dragues ou bennes. Les ARMS (Autonomous Reef Monitoring Structures) sont des structures artificielles standardisées de plus en plus employées dans les mers tropicales pour étudier la micro faune fixée (Knowlton et al. 2010, Plaisance et al. 2011, Knowlton et al. 2015). Ces structures de PVC multi- niveaux offrent des supports de colonisation de différents types pour la faune. Elles sont fixées au fond et laissées six mois a' un an avant d'être récupérées et analysées par des approches d'identification morphologique et moléculaire (barcoding). Le programme REVOLTA II (2013 a' 2017) en Antarctique avait pour objectif d'étudier la biodiversité benthique de l'Océan Austral. Pour la première fois en Antarctique, on y a utilisé des ARMS. Cette thèse propose ...
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UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie

Heyer

Adaptation du microbiote intestinal aux changements de mode de vie des populations humaines.

UMR 7206 Eco-anthropologie ' équipe Anthropologie Génétique (Agene)

Le.la candidat.e recherché.e devra avoir un minimum d'expérience en bioinformatique, c'est à dire savoir coder ou utiliser des codes existants (sous python, R et/ou autres langages de programmation) et se sentir à l'aise dans un environnement unix. Il.elle devra également avoir suivi des cours de statistiques afin d'avoir une base pour effectuer des tests et analyser quantitativement les données. Des connaissances en écologie ou biologie évolutive seront fortement appréciées. Enfin, le.la candidat devra faire preuve d'intérêt pour des questions inter-disciplinaires, notamment pour analyser en parallèle des données biologiques et culturelles. Un bon niveau d'anglais écrit et oral est également requis.

Comprendre comment les espèces s'adaptent à leur environnement reste une question centrale en biologie évolutive, en particulier au vu des changements rapides d'environnement induits par l'Homme. Dans ce contexte, seules les espèces à temps de génération courts ont le temps de s'adapter génétiquement. Le microbiote intestinal humain, l'ensemble des micro-organismes présents dans notre système digestif, représente ainsi un modèle d'étude unique pour déchiffrer les réponses adaptatives des bactéries face à des changements rapides d'environnement. En effet, du fait de l'urbanisation et l'industrialisation grandissante des populations humaines, nous faisons face à des transformations importantes de nos modes de vie (alimentation, pratiques médicales et sanitaires), et ce dans un laps de temps très court. Il est donc intéressant de se demander comment les bactéries intestinales répondent à ces nouvelles pressions de sélection, et en quoi cela affecte notre santé ? Le microbiote intestinal e...
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UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie

Le Bomin

Diversité et histoire évolutive des harpes d'Afrique centrale.

Diversité et Evolution culturelles

L'étudiant devra avoir une solide formation en cladistique et dans le maniement des outils informatiques correspondants, des capacités d'adaptation à des sujets de sciences humaines et un intérêt pour l'interdisciplinarité (collaboration avec des ethnomusicologues, des organologues, des linguistes, des systématiciens).

Le projet de thèse propose d'étudier les processus évolutifs des instruments de musique de populations de tradition orale en se basant sur une démarche interdisciplinaire associant des méthodes des sciences humaines et des sciences de la vie. Il s'agit ici de comprendre les mécanismes spécifiques d'évolution des instruments, mais aussi l'impact des contextes socio-culturels d'utilisation de ces instruments sur ces mécanismes. Cette étude concernera plus particulièrement les harpes d'Afrique centrale. Le choix de l'instrument et de la perspective de l'étude est dû à l'ancrage géo-culturel des recherches des membres de l'équipe porteuse (Diversité et Evolution culturelles) du projet (Centrafrique, Cameroun, Congo, Gabon) et aux orientations de recherche qui y sont développées à savoir la compréhension globale des processus de création, de transformation et de diffusion des éléments des patrimoines musicaux. Les harpes d'Afrique centrale que l'on rencontre de nos jours, et qui sont p...
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UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie

Ramirez Rozzi

Vivre et mourir dans la foret: (Bio)démographie des pygmées Baka du Sud-Est du Cameroun

Biodémographie humaine

Master en biologie ou anthropologie biologique et culturel si possible avec des connaissances de base en démographie et analyse démographiques. Il/elle devra faire preuve d'une motivation certaine pour le travail de terrain. Il/elle devra se montrer motivé à suivre des modules de formation nécessaire au bon déroulement de la thèse. Par exemple, si besoin, le/la doctorant(e) pourra suivre des modules de formation en démographie et analyse de survie de l'European Doctoral School of Demography (EDSD, https://ced.uab.cat/en/courses/edsd/).

La démographie analyse comment les individus naissent, grandissent, se reproduisent, survivent et meurent ; et comment, ensemble, ces mêmes individus constituent une population et en déterminent sa dynamique (par exemple en termes croissance ou de structuration par âge ou sexe). La démographie des populations chasseurs-cueilleurs est très mal connue, des tables fiables de survie et de fécondité n'existent que pour une poignée de populations comme, par exemple, les !Kung du désert du Kalahari, les Aches du Paraguay, ou les Yanomami de la forêt amazonienne. Ce manque de données vient du fait que les sources majeures de données démographiques (les registres d'état civil et les recensements/suivis longitudinaux) sont inexistantes pour ces populations difficiles d'accès, souvent semi-nomades, dont les âges sont inconnus. En conséquence, la démographie des chasseurs-cueilleurs, comme celles des pygmées d'Afrique équatorial, pose des questions fondamentales : 1) empiriques sur les déterminant...
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UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie

Toupance

Histoire des métissages génétiques liés à la traite esclavagiste et la colonisation européenne depuis le 15e siècle

Anthropologie Génétique (AGène)

Formation niveau M2 en génétique des populations, génétique évolutive, bio-statistiques, bio-informatique. Intérêt prononcé pour l'anthropologie biologique et culturelle Langages informatiques: Python, R : bonne maitrise Anglais écrit et oral: bon niveau

Les métissages génétiques entre populations font partie des mécanismes fondamentaux de l'évolution biologique d'Homo sapiens. La génétique des populations permet, par l'étude de la diversité génétique actuelle, de reconstruire l'histoire passée des migrations et métissages dans notre espèce (Malick et al. Science 2016). En particulier, les migrations entre l'Europe, l'Afrique et les Amériques depuis le 15e siècle, dans le contexte de l'expansion coloniale européenne et de la traite esclavagiste, font l'objet d'un nombre croissant d'études (Patin et al. Science 2017). Ces dernières ont permis d'identifier les origines géographiques continentales africaines, américaines et européennes, souvent inconnues, des populations issues de l'esclavage. Elles ont en outre mis en évidence des processus complexes de métissages asymétriques selon le sexe entre des femmes esclaves d'origine africaine et des hommes d'origine européenne (Fortes-Lima et al. AJHG 2017). Le Cap-Vert est un modèle d'étude...
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UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie

Simmen

Ecologie de l'alimentation, capacités manipulatoires, et socialité des bonobos (Pan paniscus) en habitat fragmenté

Interactions Primates et Environnement, UMR7206

Le profil recherché pour cette thèse est un.e candidat.e ayant un Master 2 soit en écologie (type EBE) soit en évolution (type SEP). Il est nécessaire de parler français (en raison de la langue utilisée sur le terrain) et de pouvoir parler/lire/écrire en anglais (pour les publications scientifiques et communications orales). Nécessité d'être motivé par des missions de terrains longues en condition relativement isolées. Capacités de travail en équipe, d'organisation du travail et de rédaction, et d'intégration rapide dans des cultures différentes. Connaissance et compréhension des enjeux de l'étude des grands singes dans une perspective évolutive et des sciences de la conservation. Une expérience de terrain en Afrique Centrale et/ou avec des primates est souhaitée.

Pour retracer l'évolution humaine, la comparaison des chimpanzés (Pan troglodytes) et des bonobos (P. paniscus) est particulièrement fructueuse (Hare & Yamamoto 2018). Contrairement aux chimpanzés, les bonobos ont une structure sociale tolérante non dominée par les mâles et ils n'utilisent presque pas d'outils en milieu naturel (Rosati 2018, Wrangham & Peterson 1996). Ces différences seraient dues à une plus grande stabilité des ressources alimentaires chez les bonobos et à l'absence de compétition avec d'autres espèces de grands singes (ibid). Les données de terrain sur les bonobos font cependant largement défaut. Le bonobo est « En Danger » d'extinction (liste rouge de l'UICN) et ses capacités d'ajustement aux éventuelles variations de la disponibilité alimentaire restent méconnues. Ainsi, l'étude des conséquences des fluctuations alimentaires sur la socio-écologie des bonobos présente le double intérêt d'une approche comparative de biologie évolutive et d'amélioration des stratégies...
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UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements

Bartolini

Conséquences de la super-éruption du Toba sur le paléoécosystème marin et la biocalcification

Cette étude s'intègre dans le thème fédérateur de l'équipe PALPAL concernant la « réponse biotique face aux changements environnementaux ». Les grandes crises d'extinctions en masse sont associées à des crises de biocalcification, et l'une des causes invoquées est l'impact du volcanisme. Si les recherches actuelles se focalisent sur le CO2 comme moteur principal de l'acidification des océans et des crises de biocalcification, le défi de ce projet est d'explorer le rôle moins connu du soufre (SO2), en prenant comme « analogue naturel » la super-éruption du Toba ( ~ 74 ka). Cela permettra de mieux comprendre l'impact de la pollution du soufre volcanique sur la biocalcification des foraminifères planctoniques, grands producteurs de carbonate de calcium de la planète.

Ce sujet de thèse nécessite une approche multidisciplinaire, le/la candidat/e devra avoir des connaissances de micropaléontologie des foraminifères et de géochimie.

La dernière éruption du complexe volcanique Toba sur l'île de Sumatra (« Young Toba Tuff», YTT), datée à environ ~ 74 ka, pourrait représenter le plus grand cataclysme volcanique du Quaternaire, avec l'injection d'énormes quantités de soufre, de cendres et d'autres polluants dans l'atmosphère. En particulier, les émissions de soufre et la formation d'aérosols soufrés lors de ces super-éruptions peuvent provoquer une réduction de la luminosité, un refroidissement global et des pluies acides perturbant profondément le climat et l'environnement. Il a été proposé que cette super-éruption YTT, qui a eu lieu près de la fin du MIS (« Marin Isotope Stage ») 5, ait accéléré la transition vers la dernière période glaciaire, provoquant une perturbation majeure de l'environnement, et la quasi-extinction de la population humaine. Cependant, cette hypothèse reste hautement controversée. Plusieurs questions restent encore ouvertes sur l'impact du Toba sur le climat et l'environnement régional et glob...
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UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements

Métais

Interaction des messages phylogénétique et morphofonctionnel lors de la transition du milieu terrestre au milieu aquatique chez les cétartiodactyles

Equipe 2

Une bonne connaissance de l'anatomie osseuse et de la musculature des mammifères ; Maitrise de l'utilisation des scanners surfaciques ; Connaissance de la microanatomie osseuse

L'adaptation au milieu aquatique des tétrapodes est particulièrement bien documentée chez les mammifères cétacés. Les premiers cétacés (archéocètes) sont des marcheurs terrestres, bien que probablement déjà de mœurs semi-aquatiques (Pakicetidae). A l'Eocène moyen (48 Ma), apparaissent des formes amphibies, fonctionnellement semblables (mais plus grandes) à des loutres ou des ragondins (Ambulocetidae, et "Protocetidae"). Ce n'est qu'à l'Eocène supérieur que les "Protocetidae" laissent place aux "Basilosauridae", totalement inféodés au milieu aquatique et dont sont issus les cétacés modernes (néocètes). L'étape intermédiaire amphibie constitue donc un stade essentiel pour comprendre les modalités du basculement fonctionnel sur le plan locomoteur et son interaction avec les relations phylogénétiques au sein des cétacés. Toutefois, les données concernant le squelette postcrânien des "Protocetidae" sont extrêmement rares, ce qui limite considérablement notre compréhension des changements r...
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UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements

Laurin

Première adaptation des amniotes au vol et phylogénie des avicéphales : l'apport de Coelurosauravus du Permien de Madagascar

Equipe 2 du CR2P, Phylogénie et Diversification des Métazoaires

Personne motivée possédant de bonnes connaissances en anatomie comparée des reptiles et en systématique. Des compétences en imagerie 3D seraient appréciées.

Etat de l'art : Au cours de l'évolution des vertébrés, l'apparition d'innovations morphologiques majeures favorise l'occupation de nouvelles niches écologiques et la diversification de nouveaux clades. C'est le cas des amniotes du Permien comme Coelurosauravus qui, pour la première fois dans l'histoire évolutive des vertébrés, se diversifient en milieu arboricole et aérien. Coelurosauravus est en effet le premier amniote planeur qui illustre parfaitement cette diversification. Or ce reptile emblématique, décrit pour la première fois en 1926, n'a pas fait l'objet d'études récentes. Ceci est d'autant plus regrettable que le MNHN héberge une collection disponible pour étude et comprenant l'holotype de l'espèce C. elivensis (Permien de Madagascar) ainsi que des spécimens inédits. Nous proposons donc une thèse sur trois ans fondée sur : (1) une redescription détaillée du matériel MNHN avec utilisation de la plate-forme 3D du MNHN afin de mieux comprendre l'anatomie morphofonctionnelle de l...
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UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements

Charbonnier

Les thylacocéphales (Arthropoda, Thylacocephala) : origine, diversification et évolution d'une lignée arthropodienne disparue

PALPAL : Paléobiodiversités, Paléoenvironnements

Le candidat aura des connaissances suffisantes sur l'anatomie des arthropodes marins (en particulier les crustacés) et la systématique des arthropodes marins. Il aura également des connaissances sur l'échelle des temps géologiques et les grands traits de l'histoire du Phanérozoïque, le sujet concernant un groupe connu du Cambrien à la fin du Crétacé. Il s'impliquera dans le processus d'acquisition et de traitement de l'imagerie 3D.

Les thylacocéphales (Euarthropoda, Thylacocephala) sont des arthropodes marins énigmatiques, appartenant à une lignée éteinte aujourd'hui. Ils possédaient une carapace « bivalve », de redoutables appendices préhensibles et très souvent des yeux énormes. Les premiers fossiles identifiés comme des thylacocéphales remontent potentiellement au Cambrien (-515 millions d'années) et plus sûrement au Silurien (-420 millions d'années). Les derniers représentants sont signalés au Crétacé supérieur (Santonien : -85 millions d'années) où la lignée semble s'éteindre. Le registre fossile des thylacocéphales est très lacunaire et comme les crustacés décapodes, ils sont généralement récoltés dans les Konservat-Lagerstätten ou gisements à préservation exceptionnelle. Leur distribution paléogéographique est toutefois mondiale à l'exception de l'Amérique du Sud et de l'Antarctique. L'anatomie, le(s) mode(s) de vie et les affinités systématiques des thylacocéphales sont depuis toujours largement inconn...
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UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements

BARDET

Paléobiologie des Mosasauridae (Reptilia, Squamata) du Maastrichtien de la Téthys occidentale à la lumière de l'anatomie comparée, la morphométrie analytique, l'histologie et la géochimie isotopique.

FOSFO - Formes, Structures et Fonctions

Afin d'être opérationnel dès le début de son sujet, le candidat recherché aura préférentiellement une formation en Géologie afin d'appréhender au mieux les gisements impliqués et les conditions de dépôt / fossilisation et d'être éventuellement autonome sur le terrain. Il devra également s'être familiarisé au cours de son cursus de Master avec l'anatomie et la phylogénie des Mosasauridae, ainsi qu'avec les méthodes élémentaires permettant les coupes histologiques et leurs interprétations (lames minces, CT-Scan).

Etat de l'art et problématique L'adaptation secondaire au milieu aquatique est un des processus évolutifs les plus remarquables de l'histoire des vertébrés tétrapodes et s'est produit problablement plus de 30 fois indépendamment. La conquête du milieu aquatique est associée à de fortes contraintes physiques générant de profondes transformations anatomiques et physiologiques afin d'optimiser l'alimentation, le déplacement et la reproduction dans ce milieu. Les dents des tétrapodes marins sont l'un des éléments les plus transformés par le passage à une mode de vie aquatique et sont abondamment fossilisées. L'anatomie morpho-fonctionnelle des dents de tétrapodes marins apporte de très précieuses informations sur l'écologie et, couplée à d'autres approches, permet d'inférer en aval les modes et stratégies de prédation des animaux et leur positionnement respectif dans les réseaux trophiques. Cependant, l'étude des adaptations morphologiques des dents de tétrapodes marins est restée limité...
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UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)

Keith

Biodiversité, dispersion et histoire évolutive des Syngnathidae (Teleostei) insulaires de la région Indo-Pacifique.

BIOdiversité, Plasticité, Adaptation et Conservation : des espèces aux communautés ' (BIOPAC) ' Directeur d'équipe : Pr Philippe Keith

Le candidat sera idéalement issu d'un master de Systématique et d'Évolution. Un intérêt pour l'ichtyologie serait apprécié. Des compétences en taxonomie intégrative (morpho-méristique et génétique) et sur le traitement et l'analyse de données sont demandées.

Contexte Les Syngnathidae (Teleostei) regroupent les syngnathes et les hippocampes. Les syngnathes ont un corps fin à la manière d'hippocampes « déroulés ». Une vingtaine d'espèces, principalement du genre Microphis, sont distribuées dans les rivières des îles tropicales de l'Indo-Pacifique. Ce genre n'a pas été étudié depuis 35 ans. Sa taxonomie, basée uniquement sur des caractères morphologiques, est imprécise et freine toute étude alors qu'il fait l'objet de préoccupations croissantes en terme de conservation. Les rivières des milieux insulaires de la région Indo-Pacifique sont colonisées par des espèces dont le cycle de vie est adapté à ces milieux fragmentés et soumis à de fortes variations hydrologiques. A ce jour, toutes les études réalisées sur les téléostéens qui colonisent ces rivières tropicales font état d'un cycle diadrome, caractérisé par des migrations entre l'eau douce et l'eau de mer. Une seule étude fait mention de ce type de cycle de vie chez Microphis. Ces Syngnat...
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UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)

Lazareth

Reconstitution de l'évolution récente du changement climatique et des activités anthropiques locales le long du Canal du Mozambique

Sources de devenirs de la Matière Organique en Milieux Aquatiques, SOMAQUA

Le candidat aura idéalement des compétences en géochimie et des connaissances sur les environnements et écosystèmes côtiers/marins avec un volet biologie. Une grande rigueur sera demandée ainsi qu'une appétence certaine pour le travail en laboratoire et le traitement et l'analyse des données.

Dans le contexte du changement climatique, dont les impacts (ex.: réchauffement global et acidification des océans) sont potentiellement couplés à ceux de facteurs anthropiques locaux (ex.: pollution, eutrophisation, surpêche), les écosystèmes coralliens sont parmi les écosystèmes marins les plus menacés. Alors que les effets des changements globaux sur les coraux ont été particulièrement étudiés dans l'Océan Pacifique, très peu d'informations sont disponibles dans l'Océan Indien Ouest, et tout particulièrement au niveau des récifs situés le long de la côte Est africaine et dans le Canal du Mozambique. Les conditions océanographiques y sont particulières du fait de l'étroitesse du Canal et une forte et rapide acidification y a été constatée entre les années 1960 et 2000. En outre, dans cette zone il existe à la fois des récifs fortement anthropisés (Kenya, Mayotte) et non anthropisés (Iles Éparses), situés le long d'un gradient latitudinal de température (du Nord au Sud Canal du Mozamb...
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UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)

Meziane

Animaliser le cycle du carbone dans les mangroves

Equipe SOMAQUA : SOurces et devenirs de la MAtière organique AQAutique Les thématiques pour lesquelles l'équipe a développé une très large expertise portent sur l'étude du fonctionnement des écosystèmes aquatiques à travers l'utilisation combinée de marqueurs isotopiques, biochimiques et sclérochronologiques. Notre expertise est mise au service de questionnements clés : ceux de l'origine, du devenir et de la qualité de la matière organique pour une caractérisation optimale de l'état fonctionnel d'un écosystème aquatique.

Ecologue pluridisciplinaire avec la capacité de manier des concepts théoriques. Une Expérience en biogéochimie de la matière organique et en laboratoire.

L'une des problématiques centrales dans l'écologie des mangroves est le devenir de la matière organique (MO) produite dans ces écosystèmes extrêmement fertiles, et son éventuelle exportation vers les environnements littoraux. L'hypothèse que les zones intertidales exportent des quantités considérables de MO vers les zones littorales subtidales a été émises d'abord par les écologues qui ont initiés les recherches sur les réseaux trophiques côtiers, puis par des biogéochimistes pour les mangroves. A l'heure actuelle, les connaissances progressent sur le rôle de la MO issue des mangroves dans les réseaux trophiques intertidaux et au sein de la forêt (crabes, gastéropodes...). Par contre, elles restent lacunaires pour les organismes des eaux adjacentes (zooplancton, poissons, crevettes ...) dont on sait pourtant qu'ils profitent de la capacité trophique de la forêt inondée. Par ailleurs, l'écosystème de mangrove abrite dans ses sols de grandes quantités de « carbone bleu », résultat d'un d...
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UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)

BARATTE

Fonctions sensorielles précoces et stratégies de développement : étude chez trois familles de Mollusques

FRE BOREA Equipe EMERGE (Environnement, epi-genoMEs, déteRminismes et ontoGEnèses) responsable: S. Baratte

Le candidat devra posséder de bonnes connaissances en Biologie animale (dont Biologie Marine), en Evolution et Phylogénie ainsi qu'une bonne maîtrise des outils de Biologie Moléculaire classiques (PCR, clonage, hybridation in situ).

Au cours de leur développement, les Mollusques passent d'une phase embryonnaire généralement courte à une phase larvaire (larves trochophore et véligère) avant d'enclencher une métamorphose. Cette phase larvaire est une étape clé du cycle de vie de ces espèces, tout particulièrement pour leur dispersion. Les larves sont généralement libres, nageuses, microphages, et dotées d'un système nerveux simple leur permettant de percevoir leur environnement chimique (biotique ou non) et sonore, capacités nécessaire à leur nutrition et à leur métamorphose. Un seul groupe de Mollusque ne présente pas cette stratégie larvaire, ni du point de vue écologique ni du point de vue morphologique. Les embryons de Céphalopodes se développent au sein d'un œuf, grâce à de grosses réserves vitellines, et génèrent directement un juvénile sans phase trochophore ou véligère. Il est certain qu'il s agit, chez les Céphalopodes, d'une perte secondaire de la métamorphose et de la phase larvaire. L'investissement ...
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UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements

ZAZZO

Histoire de la biodiversité ligneuse et son exploitation par l'homme de la fin du Pléistocène à l'Holocène récent dans la Corne de l'Afrique (14000-4000 BP) : approche anthracologique.

SAPOA

Le/la candidat(e) devra être formé(e) à l'anatomie du bois et avoir des bases en écologie et phyto-sociologie de la Corne de l'Afrique. Il/elle devra également avoir une expérience de terrain en archéologie et tout du moins des connaissances théoriques des méthodes développées dans ce domaine.

Le projet de thèse vise à caractériser l'environnemental ligneux, sa dynamique et son exploitation par l'homme pour le bois de feu du Late Stone Age (LSA) au Néolithique (14 000-2 000 BP) dans la Vallée du Rift éthiopien (Éthiopie et République de Djibouti). La fin du Pléistocène et l'Holocène sont le théâtre de changements climatiques et socio-économiques cruciaux dans l'histoire humaine de la région, comme la période froide et sèche du Dryas récent (12 000 BP) ou encore le développement de l'économie agro-pastorale qui débute entre 4000 et 3500 BP. Leurs impacts sur la végétation ligneuse et les pratiques liées à l'exploitation des essences forestières sont encore très mal documentés en raison du manque d'études archéobotaniques en Afrique orientale. Quelques études palynologiques relativement anciennes posent le cadre paléoenvironnemental régional et supra-régional et contribuent à appréhender le cadre climatique pour la fin du Pléistocène et l'Holocène. Ces séquences bénéficient né...
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UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements

BALASSE

Systèmes d'élevage de caprinés en Corse : quel ancrage dans le Moyen Âge, quel héritage des premiers agropasteurs néolithiques corses ?

PRESAGE - PREmiers Systèmes AGro-sylvo-pastoraux Européens : émergences, domestications, adaptations et recompositions.

Le ou La candidat(e) devra posséder des connaissances théoriques et des compétences pratiques en ostéologie et en biogéochimie isotopique. Une connaissance du cadre d'étude (géographie physique et archéologie de la Corse) sera appréciée.

La connaissance des pratiques pastorales et des lignées traditionnelles est un enjeu majeur de développement durable, notamment en région méditerranéenne. La Corse pratique aujourd'hui encore un élevage ovin et caprin traditionnel, autour de races locales. Cet élevage orienté vers la production laitière tire parti de l'aptitude des races corses au désaisonnement des mises-bas : les naissances surviennent à l'automne, fournissant du lait pendant la période hivernale. Depuis 1950, l'intérêt grandissant de l'industrie fromagère pour cette production d'hiver induit une industrialisation de l'élevage, s'accompagnant d'une sédentarisation du cheptel en plaines littorales. Traditionnellement, on pratiquait l'élevage selon un système original de double transhumance (rughjoni) depuis des exploitations de moyenne montagne : les troupeaux quittaient ces dernières pour estiver en altitude, regagnaient la mi-hauteur à l'automne, puis hivernaient sur le littoral, pour remonter en moyenne altitude a...
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UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements

Mashkour

De l'estive au village de montagne : une approche archéozoologique de l'exploitation des montagnes du Caucase par les communautés agro-pastorales (VIème-IIème millénaire BC)

Sociétés Animaux et Plantes en Orient et Afrique (SAPOA), dir. J. Lesur

Le (la) candidat(e) doit avoir une expérience significative (stages de recherche) en archéozoologie et en analyses isotopiques. Idéalement, le (la) candidat(e) aura des connaissance de base en archéologie de l'Asie du Sud-Ouest ou du Caucase. Des connaissances de base en géomatique (SIG) seraient un atout.

Les étages montagnards et alpins constituent une large part du territoire du sud Caucase (actuellement Arménie, Azerbaïdjan et Géorgie). Ces milieux montagnards ont joué un grand rôle dans le développement des cultures proto-historiques en raison de leurs richesses naturelles (minerais notamment de cuivre, gisements d'obsidienne, pâturages). L'exploitation de ces ressources par des groupes venant de différentes régions a favorisé les échanges inter-régionaux. L'exploration de ces territoires par les groupes néolithiques (VIème mill. BC) a été suivie d'une exploitation saisonnière des pâturages d'altitude par les groupes chalcolithiques (V-IVème mill. BC). Une rupture dans les pratiques d'élevage apparaît avec les groupes Kura-Araxes (IV-IIIème mill. BC) qui ont établi des installations d'altitude apparemment sédentaires. L'occupation des territoires montagnards en dehors des bonnes saisons (printemps, été) se heurte à un certain nombre de contraintes, notamment en ce qui concerne l'a...
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UMR 7221 Physiologie moléculaire et adaptation

Levi

Régulation génétique des comportements : implication de Dlx5/6 dans les processus adaptatifs.

L'équipe « Interactions corps-cerveau lors des processus adaptatifs » s'intéresse aux réponses métaboliques, comportementales et cognitives formant le support de l'adaptation des espèces face à des changements environnementaux. Plus particulièrement nous nous focalisons sur les liens entre diversité génétique (variations alléliques, expression différentielle de gènes) et adaptations. Dans le cerveau, la variation de l'expression de gènes clef régule les réseaux neuronaux sous-tendant la cognition et le contrôle central du métabolisme. Réciproquement, des altérations périphériques du métabolisme énergétique entraînent des processus adaptatifs du système nerveux central. Ces questions sont abordées par l'étude de souches de souris porteuses de mutations génétiques ciblées dans des populations cellulaires ainsi que des approches bioinformatiques. L'équipe est composée de 6 chercheurs, 4 ITA, 2 post-doctorants, 2 ingénieurs CDD, 2 étudiants en thèse (2e et 3e années) et 2 étudiants M2.

L'étudiant ou l'étudiante devra être titulaire d'un master de recherche en biologie et posséder une solide formation en génétique, biologie cellulaire ou neurosciences. Il/elle devra avoir un fort intérêt pour la compréhension des processus adaptatifs et une bonne maitrise de l'anglais. Il/elle devra être animé/e d'un réel désir de découverte. Il est indispensable que le candidat ou la candidate soit en mesure de travailler avec des souris.

Ce projet abordera la question des mécanismes génétiques contrôlant le comportement d'un animal dans son environnement. Il s'agit d'une décision essentielle comportant risques et bénéfices : l'exploration d'un territoire non-sûr (prédateurs, dangers) peut permettre de découvrir des conditions favorables (colonisation, ressources). Ce type de décision repose sur des réseaux neuronaux spécialisés, qui dépendent d'équilibres entre neurones excitateurs et interneurones inhibiteurs dont l'activité régule des neurones excitateurs en modulant l'influx nerveux. Notre laboratoire travaille sur les fonctions des gènes Dlx5 et Dlx6, exprimés par l'ensemble des interneurones. Ils sont ainsi en position, potentiellement, de réguler simultanément des ensembles de réseaux neuronaux et, par extension, des ensembles de fonctions du système nerveux central. Au cours des dernières années, nous avons généré des lignées de souris à expression de Dlx5 et Dlx6 réduite dans le système nerveux. Ces animaux m...
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UMR 7221 Physiologie moléculaire et adaptation

BUISINE

Evolution du contrôle des transitions du cycle de vie chez le triton palmé, Lissotriton helveticus.

Equipe Réponses moléculaires et cellulaires aux changements environnementaux. UMR 7221 PhyMA (Physiologie Moléculaire et Adaptation)

Le profil recherché est celui d'un.e candidat.e ayant une formation solide en biologie cellulaire et moléculaire, physiologie et, si possible, en génomique. C'est un prérequis indispensable pour être en mesure d'inférer les répercussions physiologique des données transcriptomiques. Néanmoins, devant la très forte composante bioinformatique du projet, il est indispensable qu'il/elle ait une appétence très forte pour les outils et concepts de la bioinformatique, et nous assurerons sa montée en compétences. Cet investissement initial est essentiel. Tout baguage initial sur environnement UNIX, programmation bash et/ou python est un plus.

La métamorphose est un changement de forme si profond que l'être qui en est l'objet n'est plus reconnaissable, et correspond à l'ensemble des modifications morphologiques subies à la fin du développement embryonnaire. Elle s'accompagne systématiquement d'un changement de niche écologique, qui permet (entre autre) de limiter la compétition trophique entre larves et adultes. D'un point de vue évolutif, elle pourrait avoir été un élément clé de la sortie de l'eau et la conquête des milieux terrestres et aériens. L'exemple type de la métamorphose est celle des anoures, où un têtard aquatique (pourvu de nageoires et de branchies) se transforme en animal aérien (pourvu de membres et de poumons). Il existe néanmoins de nombreuses alternatives à ce cycle de vie bi-phasique, ce qui fait des amphibiens des modèles de choix pour comprendre l'évolution des cycle de vie et de son contrôle moléculaire et physiologique. Les deux cycles de vie alternatifs majeurs sont les suivants : - le développ...
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UMR 7221 Physiologie moléculaire et adaptation

Tostivint

Recherche des fonctions des peptides de la famille de l'urotensine II.

Développement et Evolution des Systèmes Neurosécréteurs (DESYNE)

Le candidat sera avant tout jugé sur sa motivation. De bonnes connaissances théoriques en biologie cellulaire et moléculaire et en biologie du développement sont requises, ainsi que de bonnes capacités rédactionnelles. Une expérience pratique en imagerie et/ou biologie moléculaire est souhaitable. Une certaine familiarité avec l'une ou l'autre des espèces modèles du projet (poisson-zèbre ou xénope) sera appréciée.

Cadre général du projet Les urotensin-related peptides 1 et 2 (URP1 et 2) sont deux neuropeptides découverts chez les poissons téléostéens au début des années 2010 (Nobata 2011, Parmentier 2011). Nous avons montré chez le poisson-zèbre (Danio rerio) que les gènes urp1 et 2 sont majoritairement exprimés dans une petite population de neurones localisés au contact du canal central sur toute la longueur de la moelle épinière et pour cette raison appelés cerebrospinal fluid contacting neurons (CSF-cNs) (Parmentier 2011 ; Quan 2015). Jusqu à très récemment, les fonctions de ces peptides étaient inconnues. Pour étudier la fonction des URP1 et 2 nous avons créé par CRISPR des lignées mutantes pour les gènes codant chacun des peptides, ainsi que des double-mutants invalidés sur les deux gènes à la fois. Dans ce dernier cas, des déformations de type cyphose et hyperlordose très spectaculaires de l axe vertébral des poissons. De manière intéressante, l invalidation du gène uts2ra codant l un ...
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UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins

MOREAU

Bacterial interference on Microalga-Virus interactions

GENOPHY, evolutionary and environmental genomics of phytoplankton

Microbiologist with a strong interest in bioinformatics and biostatistics.

Phytoplanktonic eukaryotes sustain the ocean food webs and rely on bacteria for nutrient recycling and vitamin synthesis (1). Phytoplanton populations are chronically infected by viruses, which outnumber them in their natural environment. While mutualistic microalgae-bacteria interactions and prey-predator microalgae-virus interactions are both critical for understanding and modeling global ocean processes, they have never been considered jointly to our knowledge. Indeed, most studies of biological interactions either focus on microalga-bacteria interactions (2) or microalgae-virus interactions (3). Phototroph-heterotroph interactions are poised to alter the membrane composition of both the bacterial and the microalga partner (4). This may change the probability of adsorption of the viral capsid onto the microalgal host, and thus profoundly affect the microalga-virus dynamics. Here, we plan to address the challenge of the tripartite microalgae-bacteria-virus interactions in the lon...
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UMR 7241 Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie

LAMBERT

Signatures moléculaires des processus de diversification

SMILE - Stochastic Models for the Inference of Life Evolution

La candidate ou le candidat devra posséder une bonne connaissance de la théorie de la spéciation, de la phylogénétique et de l'évolution moléculaire, ainsi qu'un bon background en mathématiques (probabilités) et en programmation (Python, R ou C).

Le but de cette thèse est de développer des modèles et des méthodes permettant d'identifier la signature moléculaire des processus micro-évolutifs menant à la diversification des espèces. Au cours des dix dernières années, un programme de recherche très populaire a consisté à utiliser des arbres d'espèces calibrés en temps pour inférer les processus ayant produit le patron observé de diversification (spéciations et extinctions). Les arbres d'espèces utilisés, ou phylogénies, sont en général des phylogénies moléculaires, c'est-à-dire inférées à partir d'alignements multiples de séquences, dont elles ne sont qu'un résumé appelé consensus. Ce programme atteint aujourd'hui un plafond causé par la limitation de l'information que l'on peut extraire d`une unique phylogénie consensus. A contrario, la comparaison de génomes entiers peut fournir de nombreuses sources d'information indépendantes permettant de reconstruire avec plus de précision les processus de diversification. En effet, il ex...
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UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

Quiblier

Transfert trophique de la cyanotoxine microcystine-LR : bioaccessibilité et biodisponibilité chez les consommateurs

Cyanobacteries, Cyanotoxines et Environnement UMR 7245 CNRS-MNHN Molecules de Communication et Adaptation des Microorganismes

Master 2 en écotoxicologie, écologie des systèmes aquatiques, ou chimie analytique avec spécialisation matrices biologiques et environnement. ***de la dégradation des microcystines par le foie, diminuant potentiellement leur biodisponibilité.

L'eutrophisation des écosystèmes aquatiques et le réchauffement climatique entraînent des proliférations de cyanobactéries de plus en plus fréquentes à l'échelle mondiale. Ces organismes photosynthétiques produisent des endotoxines (dermatotoxines, hépatotoxines et neurotoxines) qui constituent un réel danger pour les organismes cibles dont l'Homme. La surveillance des cyanobactéries et des cyanotoxines dans les eaux de surface constitue un enjeu majeur pour les autorités sanitaires. Les hépatotoxines microcystines sont les cyanotoxines les plus couramment rencontrées en milieu naturel, et sont retrouvées dans 80% des eaux stagnantes soumises aux proliférations de cyanobactéries. Les microcystines présentent un risque avéré pour l'homme et le biote, avec de nombreux cas d'intoxications aiguës. La sémiologie des intoxications humaines et animales par les microcystines reporte des symptômes allant de la gastro-entérite aux défaillances rénales et hépatiques et parfois le décès. Le prin...
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UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

BERNARD

Cyanobactéries Benthiques de Mangrove : diversité, interactions, substances bioactives

Equipe « Cyanobactéries, cyanotoxines et environnement », UMR 7245 MCAM

Le candidat, de formation scientifique, devra travailler à l'interface entre plusieurs disciplines. C'est pourquoi, des compétences en biologie moléculaire, microbiologie mais aussi en chimie analytique et en informatique seront nécessaires pour mener à bien les travaux envisagés.

Les cyanobactéries constituent un groupe de procaryotes photosynthétiques à large répartition occupant une grande diversité d'habitats dans des contextes écologiques très variés, doté de capacités à produire simultanément des toxines puissantes ainsi que des métabolites secondaires diversifiés (1). Nombre d'entre eux ont révélé des propriétés antibactériennes, antifongiques, anticancéreuses ou antituberculeuses (2-3). Ainsi, les cyanobactéries sont maintenant considérées comme une nouvelle source de composés bioactifs (4) et des souches modèles pour étudier la synthèse de composés bioactifs (5). Au sein de ce groupe toutefois, la diversité taxonomique et les propriétés des cyanobactéries de zone tropicale, en particulier des espèces benthiques de mangroves, associées aux biofilms reposant sur le fond, sont encore méconnues. A ce titre, nous avons lancé un programme d'échantillonnage de cyanobactéries benthiques dans les mangroves de Guadeloupe et de Mayotte, qui ont été très peu étudié...
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UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

Martin

Trajectoires évolutives du parasitisme filarien: étude des filaires chez les oiseaux

Parasites et Protistes Libres

Connaissance en génomique et bioinformatique, et intérêt pour la parasitologie

Les nématodes constituent l'un des groupes d'animaux les plus riches en espèces et vivent dans presque tous les écosystèmes. Leur diversité compterait plus d'un demi-million d'espèces, dont beaucoup sont des parasites d'animaux ou de plantes et pourraient donc avoir un impact sur la santé humaine ou vétérinaire et l'agriculture. Plus de 18 émergences de parasitisme chez les nématodes ont été identifiées et la plupart de ces lignées de parasites sont très riches en espèces. Par exemple, il y aurait environ 25 000 espèces de nématodes infectant uniquement les vertébrés. Parmi ceux-ci, les filaires (Onchocercidae) comprennent plusieurs centaines d'espèces ne parasitant que les vertébrés terrestres. Bien que les filaires soient distribuées presque partout dans le monde et qu'elles soient transmises par des arthropodes hématophages, la plupart des espèces ont des spectres d'hôtes limités à quelques espèces de mammifères, de squamates, de crocodiliens, d'amphibiens mais surtout d'oiseaux. Ce...
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UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

PARIS

Imagerie métabolomique par spectrométrie de masse. Application à l'analyse métabolomique de différents tissus différenciées de polypes primaires de coraux de l'espèce Pocillopora acuta.

BIM - Biochimie des interactions microbiennes

Chimiste-analyste ayant une formation en chimie analytique, plus particulièrement en spectrochimie (méthodes d'extractions, purification des petites molécules à spectre de polarité large, spectrométrie de masse) ainsi qu'en analyses statistiques multivariées avec un goût affirmé pour la programmation en R et/ou C++, voire en Python. Les connaissances en biologie seront appréciées.

La métabolomique désigne l'ensemble des techniques de spectrométrie de masse (MS) ou de RMN destinées au phénotypage métabolique des organismes combinées aux analyses statistiques multivariées des données (1,2). Une transposition à l'analyse de coupes d'organe se fait par une analyse MS des analytes par MALDI-ToF (3,4). En imagerie MS (IMS), le bruit de fond est élevé pour les ions d'analytes de rapports masse/charge (m/z) inférieurs à 500, qui s'explique par les matrices organiques nécessaires à l'ionisation des analytes. L'analyse métabolomique des données IMS implique une analyse multivariée qui se heurte à : - la très grande taille des fichiers de données brutes (> 1 Go), d'où la difficulté pratique de mise en œuvre des outils d'analyse statistique multivariée, - la détection d'un bruit de fond important rendant délicate la détection des métabolites endogènes. Pourtant, la réduction du bruit de fond peut se faire en remplaçant le dépôt en spray de matrices organiques effectu...
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UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

Prado

Caractériser la nature chimique et le rôle des métabolites de Streptomyces associé à l'endomicrobiote algal par une approche combinée de chimie et de génomique

"Chimie des Métabolites Secondaires Fongiques et Bactériens", UMR 7245 MNHN/MCAM

Le/la candidat(e) aura une formation de chimiste de substances naturelles (petites molécules et/ou peptides) avec une solide expérience en chimie analytique. Un intérêt particulier pour les voies de biosynthèse des produits naturels sera très appréciés. Les connaissances en microbiologie, biochimie, biologie moléculaire et/ou génomique seront également un avantage.

Les microorganismes endophytes entretiennent des relations symbiotiques avec leurs hôtes en leur conférant notamment une protection vis à vis de stress biotiques et abiotiques. Certains endophytes sont donc à même de protéger leur hôte de l'attaque de pathogènes et des résultats obtenus au laboratoire ont permis de révéler que les médiateurs chimiques qu'ils produisent sont fortement impliqués dans cette protection. Dans le cadre de l'étude de la biodiversité microbienne associée à des macro-algues brunes, nous avons démontré que des Streptomyces issus de l'endomicrobiote de l'algue brune Saccharina latissima, produisent des molécules capables d'interférer avec d'autres bactéries du microbiote algal. Décrypter ses interactions à l'échelle moléculaire apparait ainsi comme un prérequis pour mieux comprendre l'impact du dialogue moléculaire sur la structuration des communautés microbiennes de l'algue. De plus, les microbiotes étant des réservoirs de pathogènes potentiels, toutes modificat...
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UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

ZIRAH

Adaptations de l'enveloppe cellulaire des archées halophiles permettant leur survie à l'échelle des temps géologiques

Biochimie des Interactions Microbiennes (BIM)

Master Chimie analytique, Biochimie ou Microbiologie avec expérience en spectrométrie de masse.

Les archées halophiles sont des procaryotes vivant dans des conditions d'extrême salinité, qui colonisent différents écosystèmes comme les lacs salés, les marais salants ou les sédiments marins. Elles peuvent également être isolées à partir de roches sédimentaires formée par évaporation de grands volumes d'eau à partir de lacs salins, comme l'halite (NaCl). Les mécanismes d'adaptation aux concentrations salines élevées de ces microorganismes reposent notamment sur la modulation des propriétés de leur enveloppe cellulaire, composée de la membrane lipidique (lipides de type diéther) et d'une couche de surface appelée couche S. La couche S est constituée d'un auto-assemblage régulier de protéines qui portent généralement des glycosylations, dont la nature peut varier en fonction de la concentration en sel dans le milieu. Les cristaux d'halite piègent des cellules viables sur des temps géologiques longs, sous forme sphérique qui suggère une élimination (« mue ») de la couche S. La composit...
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UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim

Roskosz

So Shocking ! Etude minéralogique, géochimique et expérimentale des collisions astéroïdales lors de l'histoire précoce du système solaire interne

Grâce à l'étude des météorites, l'équipe de cosmochimie cherche à comprendre la formation du système solaire et l'évolution des planètes. Ses 5 membres (4 HDR) s'intéressent en particulier à l'origine des minéraux et de la matière organique, l'interaction du système solaire naissant avec l'environnement stellaire, la formation et le transport des premiers solides du disque protoplanétaire, la géologie des astéroïdes, la formation des planètes, ou encore l'origine du fractionnement isotopique dépendant de la masse. Elle s'appuie fortement sur la collection de météorites du Muséum, et sur l'instrument national nanoSIMS dont elle a la gestion. Elle est très impliquée dans le développement des missions spatiales de retour d'échantillons (NASA, ESA, JAXA).

Le/La candidat(e) devra posséder de solides bases en minéralogie/pétrologie des météorites et devra avoir suivi une formation en astrophysique/planétologie. Des connaissances générales en géochimie et cosmochimie seraient un plus indéniable.

L'accrétion des planètes telluriques par collisions entre planétésimaux est fréquemment modélisée. Les météorites ayant subi des ondes de choc lors de ce type de collisions permettent également d'étudier ces processus collisionnels par une démarche naturaliste et expérimentale. L'étude de ces objets naturels repose sur l'étude minéralogique de phases de haute pression (HP) présentes dans des veines de chocs, formées lors de ces collisions. Dans ces veines, la pression peut localement atteindre 50 GPa et la température plus de 2500 K. Dans ces conditions, la cristallisation des minéraux HP s'accompagne de l'activation de processus géochimiques comme la diffusion et la redistribution des éléments entre minéraux néoformés. A partir de l'étude de ces figures de déséquilibre, il est alors possible de déduire les caractéristiques de la collision (pic de pression, l'histoire thermique et la durée du choc) puis d'en déduire les propriétés de l'impacteur (taille, vitesse et éventuellement traje...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

Gasparini

Effet des métaux traces sur l'écologie et l'évolution des interactions hôtes-parasites : exemple de l'interaction goéland-tique.

Ecophysiologie évolutive

Master en Ecologie/écotoxicologie (BEE)

Les différentes applications industrielle, domestique, agricole, médicale et technologique ont conduit à la dispersion de métaux traces dans l'environnement avec pour conséquence des impacts potentiellement négatifs sur la santé humaine et environnementale. A cause de leur présence dans l'environnement, les animaux sauvages sont naturellement exposés à ces métaux traces d'origine anthropique dans leurs habitats. Cependant, le taux d'accumulation peut varier selon l'espèce. Des travaux ont démontré que certains parasites intestinaux (helminthes) de poissons sont capables d'accumuler les métaux traces de l'environnement aquatique en concentration plus importante que les tissus de leurs hôtes. Du fait de leur capacité à absorber les toxines, les parasites pourraient aussi réduire le taux de métaux traces dans les tissus de l'hôte et impacter positivement la santé de l'hôte en jouant le rôle de « filtreurs » des métaux traces. Les polluants seraient ainsi séquestrés dans les tissus du p...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

Van Dooren

l'Adaptation au changement climatique: Modélisation des traits d'histoire de vie des poissons annuels et leurs embryons

Variabilité Phénotypique et Adaptation (VPA) https://ieesparis.ufr918.upmc.fr/spip.php?article187 http://tomvandooren.eu/ http://greenkillies.org/blog/

Formation en écologie des communautés et en écologie évolutive. Expérience en programmation et en biomathématiques. Le doctorant aime travailler de manière autonome mais est à l'aise dans un groupe de collaborateurs. Bonne connaissance de l'anglais écrit.

L'adaptation au changement climatique est devenue un enjeu majeur. Une étude récente (1) traitant les effets du climat sur la phénologie des plantes et animaux, ignorait que la variabilité des traits entre les individus d'une même population peut être énorme. Pour les plantes, nos connaissances sur ce qui se passe dans leurs banques de graines sont trop limitées pour prédire les réponses au changement climatique. Cela s'étend aux "germ banks" (des graines ou des œufs dormants (2)), regroupant de nombreuses stratégies adaptatives dans des environnements inprévisibles. Les poissons annuels vivent dans des mares temporaires. Les embryons traversent les périodes sèches en diapauses (3, 4), formant ainsi des banques d'embryons. Souvent, des espèces apparentées coexistent dans une mare (5), y compris des espèces piscivores et leurs proies (6). Dans ce projet, nous développerons un modèle mathématique pour la dynamique eco-evolutive des populations de poissons annuels, pour plusieurs espèc...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

Barny

Etude du trade-off entre la survie dans l'environnement et le pouvoir pathogène chez les bactéries du genre Pectobacterium

L'équipe Communautés MICrobiennes dans les écosystèmes continentaux (CoMIC) est une des équipes de l'Institut d'Écologie et des Sciences de l'Environnement de Paris (iEES Paris) qui réunit 5 chercheurs et enseignant-chercheurs dont les objets d'étude sont les communautés microbiennes des écosystèmes continentaux. Les travaux de cette équipe sont développés avec la volonté 1) D'inscrire ces travaux dans un cadre théorique et conceptuel solide 2) De prendre en compte diverses échelles d'étude, allant par exemple, du gène au fonctionnement des écosystèmes 3) De s'intéresser à l'ensemble des systèmes continentaux (terrestres et aquatiques) 4) De s'appuyer à la fois sur des approches de terrain et sur des expérimentations en milieux contrôlés 5) D'utiliser les outils de la biologie moléculaire et de la bioinformatique, en particulier les nouvelles approches de séquençage à haut débit et la PCR quantitative.

Compétences recherchées en bioinformatique-évolution des génomes/microbiologie/bactériologie. Ce projet nécessitera une bonne connaissance bibliographique sur les trade-off en écologie/les méthodes d'exploration des génomes bactérien/la virulence bactérienne/les mécanismes de survie chez les bactéries.. En conséquence, une curiosité marquée et une appétence pour la bibliographie seront nécessaires dès le début de la thèse. La capacité à organiser ses recherches et à présenter ses résultats de manière synthétique ainsi que goût pour le travail en équipe sont également importants

Les bactéries pectinolytiques (BP) appartenant aux genres Pectobacterium et Dickeya sont des bactéries phytopathogènes à large spectre d'hôte attaquant la majorité des familles botaniques, incluant des plantes d'intérêt agronomique comme la pomme de terre ou l'endive. Il existe une large communauté scientifique s'intéressant aux BP pathogènes sur plantes et de nombreux génomes de souches pathogènes sont séquencés. Cependant, les réservoirs environnementaux hébergeant les BP ainsi que la diversité des souches associées à ces réservoirs sont mal décrits. Nous cherchons au sein de l'équipe CoMic de l'IEES à mieux comprendre 1) quels sont les réservoirs environnementaux hébergeant les BP et 2) quelle est la diversité des BP associée à ces réservoirs. Dans cette optique, nous avons échantillonné les BP, en 2016 et 2017 au niveau de 21 sites d'eau de surface répartis le long du bassin versant de la Durance et de ses affluents. Cet échantillonnage a permis d'obtenir une représentation de ...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

VIGNAL

Effets de l'urbanisation sur la communication acoustique, le stress physiologique et le succe's reproducteur des me'sanges bleues et charbonnie'res. Implications pour la biodiversite' avienne en ville

Ecophysiologie Evolutive.

Le candidat ou la candidate devra avoir de solides connaissances en écologie évolutive et comportementales, écophysiologie, analyses statistiques, et très une bonne capacité rédactionnelle (anglais et français). Une forte motivation pour le travail de terrain, du sérieux et de la rigueur pour la conduite de protocoles expérimentaux et une capacité de travail autonome seront indispensables. Elle/il devra contribuer aux activités communes du laboratoire et être mobile entre les différents sites de terrain du projet (le permis de conduire sera indispensable).

Les changements globaux actuels induisent des variations rapides de l'environnement auxquelles les individus doivent s'adapter sur une échelle de temps réduite. En particulier, avec l'urbanisation rapide de ces dix dernières années, la ville est devenue un environnement original avec de nouvelles pressions évolutives : biologiques (parasites, prédateurs), abiotiques (pollutions sonores, lumineuses, chimiques) mais également sociopolitiques (régulations des populations, nourrissage). L'objectif de ce projet est de décrire et de comprendre les effets directs et indirects de l'urbanisation sur les individus, puis ses conséquences sur les populations. La compréhension des rôles de la sélection naturelle et sexuelle sur le fonctionnement des populations en zone urbaine est un enjeu crucial pour gérer les conflits Homme-nature, pourtant peu d'études existent actuellement sur cette question. Ce projet se focalise donc sur les réponses comportementales et physiologiques à l'urbanisation, ainsi...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

Thébault

Prédation intraguilde entre prédateurs et parasitoïdes : conséquences sur l'efficacité du contrôle des ravageurs

Ecologie et Evolution des Réseaux d'Interactions (iEES Paris) Evolution, Adaptation et Comportement (LBBE)

Le candidat devra avoir un M2 en écologie. Un intérêt pour la modélisation et les approches théoriques est nécessaire mais le candidat devra également être disposé à s'investir dans la partie expérimentale. Une expérience dans la manipulation d'insectes sera un plus mais n'est pas indispensable.

Les mesures favorisant la diversité des ennemis naturels des ravageurs sont au cœur des programmes de lutte biologique par conservation. Toutefois, à cause des interactions directes ou indirectes qui peuvent s'établir au sein même du cortège des ennemis naturels, son enrichissement n'entraine pas systématiquement une meilleure régulation des ravageurs. Ainsi l'arrivée d'un prédateur d'un ravageur qui est déjà la cible d'un parasitoïde peut, selon les cas, améliorer (e.g. Cardinale et al. 2003, Gontijo et al. 2015) ou dégrader (e.g. Snyder & Ives 2001, Traugott et al. 2010) le contrôle. Cette dégradation peut s'expliquer par l'action conjointe de 2 processus liés à l'arrivée du prédateur : (1) sa consommation d'hôtes potentiels pour les parasitoïdes qui peut limiter la reproduction de ces derniers, (2) sa consommation d'hôtes parasités qui constitue une forme de prédation intraguilde puisqu'elle réduit concomitamment la survie des larves parasitoïdes. L'importance du second processus v...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

MONNIN

Fondation indépendante ou fission : étude éco-évolutive des stratégies de dispersion des fourmis en environnements variables

Le (la) doctorant(e) serait rattaché(e) aux équipes « Espèces Sociales dans leurs Environnements : Adaptation et Évolution » (ESEAE) et « Écologie et Évolution des Réseaux d'Interactions » (EERI) localisées sur le campus Pierre et Marie Curie à Jussieu. L'équipe ESEAE étudie l'écologie, l'évolution et le fonctionnement des sociétés d'insectes. Elle utilise des approches descriptives et expérimentales en milieu naturel et au laboratoire, et dans une moindre mesure des approches théoriques en collaboration avec l'équipe EERI. L'équipe EERI étudie les réseaux d'interactions entre espèces, en combinant les aspects trophiques des interactions avec l'écologie des communautés, l'écologie fonctionnelle et l'écologie évolutive. Elle s'intéresse également aux effets de changements d'échelles (environnement local vs variations spatiales) et à leurs effets sur les dynamiques écologiques et évolutives. Elle utilise des approches théoriques et expérimentales sur une diversité de systèmes.

Le (la) candidat(e) devra être intéressé à la fois par les aspects empiriques et par les aspects théoriques du projet. Il (elle) devra avoir des connaissances de bases en écologie générale et en écologie théorique. Il (elle) devra avoir un intérêt pour les approches empiriques, y compris pour faire les nombreuses sorties de terrain nécessaires. Des compétences en écologie théorique, analyse de modèle et programmation seront aussi bienvenues pour développer le dernier axe.

Les individus sont limités par les ressources disponibles et font face à un compromis évolutif entre le nombre et la taille des descendants qu'ils peuvent produire, ces deux traits contraignant les capacités de colonisation et de compétition des descendants (Geritz et al 1999). Une stratégie colonisatrice produit de nombreux descendants capables de disperser loin et de coloniser les milieux disponibles, tandis qu'une stratégie compétitrice produit des descendants de grande taille à même de remporter la compétition pour les ressources. La majorité des études se focalisent sur l'allocation moyenne des individus à leurs descendants, p. ex. le nombre moyen ou la taille moyenne des descendants. Pourtant, certaines espèces présentent une variabilité importante d'allocation. L'évolution de cette variabilité est l'objet de la thèse. Nous proposons d'étudier l'allocation des ressources chez une espèce combinant les stratégies colonisatrice et compétitrice, en prenant en compte la richesse, la f...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

Barot

Evolution de la capacité des plantes à contrôler la nitrification, une approche de modélisation

EMS

Master en écologie, avec une expérience et un goût pour la modélisation mathématique et pour la programmation. Compétence en adaptive dynamics appréciée

Le cycle de l'azote est fondamental pour les plantes, le fonctionnement des écosystèmes et la biosphère dans son ensemble : (1) L'azote est souvent limitant pour la croissance des plantes. (2) Le cycle de l'azote détermine une partie des propriétés des écosystèmes (production primaire, stabilité). (3) Le cycle de l'azote est crucial pour les grand cycles biogéochimiques et impacte le climat du fait de la dénitrification du nitrate qui conduit à des émissions de N2O qui a un effet "réchauffant" 25 fois plus élevé que le CO2. Du fait que l'azote est souvent limitant pour la croissance des plantes, celles-ci ont développé au cours de l'évolution des stratégies pour contrôler le cycle de l'azote à leur avantage. Cela impacte en retour les propriétés des écosystèmes. L'exemple le plus connu est la fixation symbiotique de l'azote par les légumineuses. Cette fixation symbiotique a été sélectionnée au cours de l'évolution et en retour enrichie la plupart des écosystèmes terrestre en azote. Les...
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UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement

Débarre

Écologie évolutive de la construction de niche

L'équipe Ecologie et Evolution des Réseaux d'Interactions étudie, aussi bien d'un point de vue empirique que théorique, les dynamiques des réseaux écologiques (généralement trophiques ou de pollinisation). Cette équipe s'intéresse également aux problématiques de changement d'échelle et de dynamique spatiale et aux dynamiques éco-évolutives. Les questions de recherches liées à la construction de niche ont été abordées dans l'équipe notamment au travers de la thèse d'Aurore Picot (2015-2018, co-direction par N. Loeuille), et via le travail de Jérôme Mathieu (MCF SU) sur le thème de l'ingénierie écologique.

Le/La candidat-e aurait un master en Biodiversité Ecologie Evolution ou disciplines adjacentes, avec une expérience en modélisation. Une candidature venant des mathématiques appliquées ou de masters interdisciplinaires serait également possible, si la personne possède un goût et une motivation pour l'écologie évolutive.

L'écologie scientifique vise à étudier les interactions entre organismes, entre eux, mais aussi avec leur environnement. Cependant, les effets des organismes sur leur environnement ont longtemps été sous-étudiés par rapports aux autres types d'effets (organismes entre eux, ou environnement sur les organismes). Ce vide a commencé à être comblé au cours des dernières décennies, notamment avec le développement des concepts de phénotype étendu, ingénierie écologie ou encore construction de niche (Odling-Smee et al. 2013), qui tiennent compte du fait que les organismes modifiant leur environnement changent indirectement les pressions de sélection s'exerçant sur eux et sur d'autres populations, voire sur d'autres espèces, donnant lieu à des interactions indirectes (Picot et al. 2018). Le concept de construction de niche invite à revisiter des notions clés en écologie et en évolution. C'est notamment le cas de la notion d'hérédité : l'environnement construit peut être transmis sur de nombreu...
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UPR 2301 Institut de Chimie des Substances Naturelles ICS, CNRS, Gif-sur-Yvette

Eparvier

Exploration des endophytes d'Euphorbiaceae pour la recherche et la production de diterpènes

Chimie des substances naturelles et chimie médicinale - métabolites de plantes et de micro-organismes associés

Le candidat devra avoir de bonnes connaissances en chimie analytique, principalement en métabolomique et des notions de microbiologie. Les profils recherchés sont des Master 2 de chimie ou biochimie ou des pharmaciens. Une bonne connaissance de l'anglais et nécessaire.

Les terpénoïdes sont une classe importante et structurellement diverse de composés naturels, produits par une variété de plantes. Parmi ces derniers, les diterpènes peuvent être classés en deux groupes: les "diterpènes inférieurs" (diterpénoïdes macrocycliques et phorboïdes) et les "diterpènes supérieurs".(1) La distribution des diterpènes inférieurs est limitée aux Euphorbiaceae et aux Thymelaeaceae, tandis que les diterpènes supérieurs sont présents dans de nombreuses familles de plantes. De plus, les diterpènes présents dans les plantes de la famille des Euphorbiacées présentent un intérêt considérable en raison de leur large gamme d'activités biologiques et de leur grande diversité structurelle. Les espèces du genre Euphorbia ont fourni de nombreux composés phares (résinifératoxine, prostratine, jatrophane et esters de pepluanes) pour le développement de médicaments, dont certains sont actuellement impliqués dans des études précliniques ou cliniques, et l'ingénol-3-angénate (mébuta...
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UPR 2301 Institut de Chimie des Substances Naturelles ICS, CNRS, Gif-sur-Yvette

OUAZZANI

Etude écochimique et biologique d'holobiontes invertébrés marins et de leurs symbiontes microbiens issus d'un écosystème unique, les écosystèmes coraliens mésophotiques.

Institut de Chimie des Substances Naturelles, CNRS, UPR.2301, Unité Pilote de l'ICSN (Bat 29, CNRS de Gif-sur-Yvette) (http://www.pilotunit.com)

Détenteur d'un diplôme de Master 2 en microbiologie des populations, écologie chimique, chimie des substances naturelles.

Le projet européen H2020 TASCMAR, coordonné par le laboratoire d'accueil, est le plus gros projet collaboratif coordonné par le CNRS. Il s'intéresse à un écosystème marin inexploré, le Système Coralien Mésophotique (Mesophotic Coral Ecosystems MCEs). Cet écosystème unique devient la cible d'études intenses depuis qu'il a été caractérisé comme une zone refuge pour les invertébrés qui subissent une pression dans les récifs de surface à cause du réchauffement climatique et de la pollution. Le projet TASCMAR a généré un nombre considérable de données chimiques, biologiques et écochimiques, avec l'identification d'espèces d'invertébrés nouvelles, de centaines d'invertébrés collectés et de centaines de microorganismes strictement marins (actinomycètes et champignons filamenteux). Les informations publiques relatives au projet sont toutes disponibles dans les rubriques du site internet du projet (http://www.tascmar.eu) Le doctorant engagera une étude résolument multidisciplinaire impli...
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USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation

Sablier

La conservation des collections en fluides au MNHN : des lutages historiques aux lutages modernes.

« Centre de Recherche sur la Conservation des Collections » (CRCC).

Idéalement le candidat recherché possède de solides connaissances en chimie analytique et en Sciences des matériaux et un goût prononcé pour les matériaux du Patrimoine et/ou les collections d'Histoire naturelle. Une expérience en chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse ainsi qu'une capacité à interagir avec des interlocuteurs de différents domaines (chimistes analyticien, physiciens, chargés de collections) seraient très appréciée.

L'évaporation des agents de conservation, (éthanol, formol) constitue un problème majeur au sein des collections. Ce phénomène entraine une diminution de la concentration en alcool au sein de la solution, dommageables pour le spécimen. Un autre problème récurrent concerne l'acidification du milieu de conservation due à la présence de dioxygène dans le bocal (oxydation du formaldéhyde en acide formique, des lipides en acides gras opacifiants le fluide, modification des couleurs par oxydation des pigments). Ces différents aspects sont largement dépendants de l'étanchéité des lutages vis-à-vis des vapeurs de solvants et de l'oxygène. Or, qu'ils soient historiques ou actuels, leur nature chimique, leur durabilité et leur efficacité restent largement méconnues. La présente thèse vise à acquérir une meilleure connaissance de la composition et du comportement des lutages employés dans les collections en fluide du MNHN. Les pratiques de lutage ont largement évolué et les savoir-faire anciens ...
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USR 3579 Laboratoire de bioDiversité et biotechnologies microbiennes

LAMI

Les interactions entre les bactéries algicides du genre Kordia et les diatomées : leur importance écologique, spécificité et régulation

Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes LBBM USR3579, Sorbonne Université - CNRS Observatoire Océanologique de Banyuls/Mer

Le/la candidat(e) devra avoir de solides compétences en écologie microbienne et avoir une appétence particulière pour la biologie moléculaire. Une bonne maitrise de l'anglais est également requise pour la valorisation des résultats (congrès, rédaction d'articles scientifiques).

Les interactions entre bactéries et phytoplancton sont répandues et jouent un rôle majeur dans les écosystèmes marins. De nature diverse, ces interactions peuvent être métaboliques, physiques ou concerner des échanges de molécules informatives. Le mécanisme de quorum sensing constitue un type d'interaction bien connu dans la phycosphère, permettant une coordination densité-dépendante de l'expression de nombreux gènes bactériens (virulence, synthèse de composés algicides,...). Il est maintenant également bien établi que de nombreuses espèces bactériennes possèdent des récepteurs du quorum sensing, sans pour autant produire les molécules permettant l'échange d'information: ces « tricheuses » économisent le coût de la production des molécules informatives tout en étant capables de les détecter. Les récepteurs LuxR qui sont impliqués sont appelés les LuxR « solos » ou « orphans ». L'étude de ces récepteurs a montré qu'ils étaient capables de fixer différents types de signaux environnementa...
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