Concours ED 227 (2017)

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Début des candidatures, le 04/04/2017
Fin des candidatures, le 26/05/2017

Liste des sujets
Structure (UMR) :Sujet :
IEES Paris Biodiversité des sols et protection juridique et en Europe
UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae Ocean variability and the genetic structure and life cycle of the cosmopolitan coccolithophore Emiliania huxleyi (thèse en cotutelle)
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance Pêches artisanales et planification spatiale au Maroc. Socio-anthropologie du pouvoir sur les espaces maritimes
UMR 208 Paloc patrimoines locaux et gouvernance Le rôle des deltas comme arrière-pays des cités médiévales côtières du Kenya et/ou de Tanzanie : une approche géoarchéologique pour l'étude des paysages agricoles anciens
UMR 208 Patrimoines locaux et gouvernance Les relations homme-faune sauvage protégée. Le cas du Phoque gris sur le littoral français
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Interactions microbiennes dans l'océan : Exploration métabolo-transcriptomique des associations entre la microalgue Emiliania huxleyi et les bactéries
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Successions saisonnières cycliques du plancton en Manche occidentale, interactions biotiques et résilience (le cas du site d'observation SOMLIT-Astan) - Acronyme : CYCLOBS
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Evolution des adaptations aux milieux extrêmes : Approche phylogénétique sur des groupes d'invertébrés marins
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Espèces non-indigènes et processus d'introductions biologiques en milieu marin : que peut nous apprendre l'ADN environnemental ?
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Etude de la saisie par le bec et les pattes chez les rapaces : mise en relation des caractéristiques anatomiques, écologiques et comportementales.
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Diversifications altitudinales et origines biogéographiques de l'entomofaune des montagnes du nord de la Thaïlande
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV La théorie de la résonance circadienne chez les mammifères : la périodicité journalière naturelle de l'environnement confère-t-elle un fonctionnement optimal à l'organisme ?
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Variabilité inter-sexuelle de la réponse à un stress environnemental: quels sont les facteurs qui déterminent l'efficacité de la torpeur chez le microcèbe?
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Contribution à l'étude de l'histoire du peuplement humain des îles du Pacifique : back-migrations polynésiennes et étude du cas de l'ile de Futuna au Vanuatu
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Ni Nord, ni Sud ? Territoires, mobilités et identités culturelles des Néandertaliens au début du Dernier glaciaire dans le Centre-Nord de la France (Région Centre)
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Exploitation des ressources halieutiques par les premières populations d'Homo sapiens en Asie du Sud-Est insulaire : implications paléo-environnementales et culturelles.
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes Diversité et évolution, structurale et fonctionnelle, des protéines de liaison à l'ADN simple brin aux télomères
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes Etude des mécanismes évolutifs et des fonctions associés aux séquences centromériques de primates
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Intégration des approches fonctionnelles et trophiques des communautés pour une meilleure gestion des écosystèmes exploités en Mer Celtique
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Éduquer l'attention, organiser les affects. Les modalités de l'implication dans les sciences participatives
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Structure génétique et Evolution morphologique des populations de rongeurs endémiques de Madagascar. Implications pour la conservation
UMR 7205 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité Cladistique biogéographique : évolution, taxonomie et nomenclature des aires biogéographiques.
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Caractérisation des processus de développement responsables de la diversité des formes de pétales
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Influence des variations climatiques du Pléistocène sur l'évolution des chauves-souris insectivores et de leurs proies dans les forêts tropicales humides africaines.
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Dynamique de la diversité algale en milieu tempéré dans le contexte du réchauffement climatique.
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Origine et structure de la variabilité phénotypique chez les musaraignes afro-tropicales.
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Métagénomique et caractérisation de la biodiversité en Nouvelle-Calédonie
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Evolution de la transparence chez les Lepidoptères mimétiques
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité De la morphologie au comportement : quelles sont les forces évolutives impliquées dans la diversification des ailes chez les papillons du genre Morpho ?
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Evolution et Homologie des Ailes chez les Insectes
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Structure de la biodiversité des monts sous-marins dans le canal du Mozambique en relation avec l'hétérogénéité de l'habitat
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité Détecter les espèces menacées par l'approche génomique
UMR 7205 ISYEB Migration et spéciation de deux oiseaux co-distribués du Paléarctique
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Etude paléogénétique des migrations humaines autour de la Mer Caspienne pendant la Protohistoire.
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Trépanations crâniennes préhistoriques : de l'identification à l'interprétation
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Etude par modélisation de la sélection polygénique et application à la transition néolithique chez l'Homme et à la transition Andes/Amazonie chez les papillons ithomiines
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnement Etude morpho-fonctionnelle des nageoires pectorales du coelacanthe actuel Latimeria - considérations sur les modalités de la terrestrialisation des vertébrés
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Place des glyptodontes dans la phylogénie des Xénarthres : nouvelle approche de l'anatomie crânienne et prise en compte de l'intégration morphologique
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Les Strepsirhiniens et les rongeurs arboricoles du Miocène du Karamoja (Ouganda) : apport aux reconstitutions paléoenvironnementales.
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Paleobiodiversité, évolution, et paléobiogéographie des vertébrés mésozoïques africains et gondwaniens : apport des gisements du Maroc Oriental
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Biodiversité, évolution et adaptations des téléostéens amphidromes
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Dynamique temporelle et rôles fonctionnels des communautés de microorganismes des caniveaux urbains
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Approche qualitative et quantitative de la neurogenèse au cours du cycle de vie de la seiche Sepia officinalis et influence de la lumière.
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Métabolisme des lipides membranaires et modulation homéo-visqueuse en fonction de la pression hydrostatique, chez les crevettes profondes et littorales.
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Impact de l'eutrophisation des estuaires à mangroves sur le devenir et la qualité nutritive de la Matière organique particulaire et la dynamique des gaz à effet de serre
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Etude de la communication chimique entre le crabe (C. maenas) et son parasite la sacculine (S. carcini).
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Introduction et diffusion du petit bétail en Afrique : approches moléculaires
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Histoire biologique et culturelle de deux Rongeurs emblématiques des Petites Antilles : approches bioarchéologiques.
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Commensalisme et domesticité chez les canidés de l'Ancien Monde au Tardiglaciaire et à l'Holocène : approche bio-archéologique et morpho-fonctionnelle fondée sur les ossements animaux.
UMR 7221 Evolution des régulations endocriniennes Impact de la perturbation thyroïdienne sur la plasticité des cellules souches neurales : approche comparée chez les vertébrés.
UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins Déterminants de la spécificité des ectoparasites de téléostéens méditerranéens : rôle du microbiote externe
UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins Signatures génétiques et métabolomiques de l'immunité antivirale dans les microalgues du phytoplancton
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Echanges trophiques dans l'holobionte Démosponge photosymbiotique.
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Rôle de MIF (Macrophage Migration Inhibitory Factor) dans l'adaptation des filaires à leur hôte vertébré
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Rôles de polycétides fongiques issus des PKS-NRPS de l'endophyte Acremonium zeae dans un modèle d'interaction tripartite endophyte-plante-pathogène
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Interaction Giardia/Lactobacilles : action des Bile-Salt-Hydrolases de Lactobacilles sur le parasite Giardia duodenalis
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Epibionte microbien aérophytique de mousses en région tempérée. Diversité et interactions symbiotiques.
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim Biominéralisation par les microorganismes hyperthermophiles
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Mise en évidence et implication du continuum reine-ouvrière dans l'adaptation et l'évolution des fourmis face aux changements environnementaux.
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Hétérogénéité individuelle de la croissance corporelle et dynamique des populations structurées par la taille
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Modélisation de la dynamique du couvert arboré en savane : impact du feu sur la séquestration du carbone et la stabilité de la savane à long terme
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Présence dispersion et diversité des entérobactéries phytopathogènes pectinolytiques dans l'environnement, impact sur l'émergence des épidémies et sur l'évolution des souches pathogènes
UMR 8227 Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins Rôle biologique et structure/fonction des enzymes du métabolisme halogéné dans les interactions algues-bactéries
UMR 9191 Evolution, Génomes, Comportement et Ecologie Impact de la diversité des paysages agricoles sur les services écosystémiques assurés par l'entomofaune: le modèle Lupinus mutabilis dans les Andes équatoriennes
USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation Caractérisation des cires de lutage présentes dans les collections en fluides du Muséum National d'Histoire Naturelle
USR 3579 Laboratoire de bioDiversité et biotechnologies microbiennes Réponse fonctionnelle des communautés bactériennes à l'impact des radiations UV et des filtres solaires
USR 3579 Laboratoire de bioDiversité et biotechnologies microbiennes L'infection de termites par le champignon Pseudallescheria sp. est-elle une symbiose mutualiste pérenne ?


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Structure (UMR) :
IEES Paris
Directeur de thèse :
Jérôme Mathieu
Sujet :
Biodiversité des sols et protection juridique et en Europe
Equipe :
EERI : Réseau d'interactions écologiques
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra présenter un double profil écologie et droit environnemental. De solides compétences en éco informatique spatiale sont indispensables afin de faire l'agrégation et l'analyse des données écologiques. Une formation en droit de niveau licence est également indispensable afin de pouvoir mener le travail de droit comparé. La maitrise de l'anglais est nécessaire, les textes à analyser étant en anglais. Par ailleurs ce travail se fera en collaboration avec de nombreux chercheurs étrangers.
Extrait du descriptif :
Les sols et leur biodiversité sont soumis à des pressions grandissantes dues au développement des activités humaines, et sont entrés dans des dynamiques de dégradation, en particulier en Europe. La communauté scientifique a émis de nombreuses alertes sur la nécessité de protéger les sols. Ceci a abouti à une proposition de directive cadre en 2006 pour la protection des sols en Europe, comme il en existe sur l'eau, l'air, et la biodiversité épigée. Celle-ci a été rejetée, et les sols et leur biodiversité restent les oubliés des dispositifs européens de protection de l'environnement. Afin d'informer les décideurs sur la nécessité de ce dispositif juridique, il est nécessaire de faire un état des lieux des dispositifs de protection des sols en Europe, et de la biodiversité biologique qu'ils hébergent. Ce sujet de thèse propose de contribuer à cet effort autour de quatre axes : 1° Patrons spatiaux de la diversité de faune du sol. Cette axe consistera à faire une analyse spatiale de ...

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Structure (UMR) :
UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae
Directeur de thèse :
Christophe Destombe
Sujet :
Ocean variability and the genetic structure and life cycle of the cosmopolitan coccolithophore Emiliania huxleyi (thèse en cotutelle)
Equipe :
UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae équipe Française: UPMC, Sorbonne Université. Station Biologique de Roscoff Place Georges Tessier 29682 Roscoff, France équipe Chilienne: Departamento de Ecología & Instituto Milenio de Oceanografía Pontificia Universidad Católica de Chile Alameda #340, Código Postal 8331150 Santiago, Chile
Profil du candidat recherché :
The candidate should have solid theoretical foundations in both oceanography, evolution, and population genetics. Strong practical experience with basic molecular biology, phylogeny, population genetics analyses is necessary. Especially important is an ability to continue learning new informatics methodologies. Familiarity with phytoplankton will be a great advantage. The student must be prepared to display a strong ability to work and learn independently and as part of a team. Part of the work will occur in Chile, so the candidate will be expected to work in multilingual teams (although speaking Spanish is not a requirement).
Extrait du descriptif :
Marine phytoplankton are responsible for roughly half of Earths primary productivity and thus key drivers in the global carbon cycle (Field et al., 1998). Feedbacks of oceanic ecosystems on climate include how phytoplankton adapt to environmental variability, which is determined by gene flow and patterns of genetic diversity at the species level. However, processes of genetic differentiation in marine phytoplankton are still poorly studied and not easy to predict (Dia et al. 2014): Reproduction is mostly clonal, although rare sexual recombination occurs. Population sizes are very large, decreasing the effect of genetic drift on population structure. Phytoplankton drift with ocean currents, so barriers are not obvious and it is not clear how populations vary in time and space. The phytoplankton Emiliania huxleyi is one of the most widely distributed taxa in the ocean, having colonized a wide range of marine environments, from the sub-polar to tropics, and from productive to oligotrop...

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Structure (UMR) :
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance
Directeur de thèse :
Tarik DAHOU UMR 208 PALOC socio-anthropologue des espaces maritimes. Longue expérience sur la gouvernance de la mer en Afrique de l'Ouest et au Maghreb. Membre du consortium APOLIMER.
Sujet :
Pêches artisanales et planification spatiale au Maroc. Socio-anthropologie du pouvoir sur les espaces maritimes
Equipe :
ce travail s'inscrit dans l'axe de recherche Territoires et Stratégies, l'UMR étant monoéquipe.
Profil du candidat recherché :
Le ou la candidate doit disposer d'une expérience d'études sur le domaine des pêches artisanales et les questions d'aménagement de pêcherie. Il ou elle doit également avoir une formation universitaire dans les champs de la socio-anthropologie ou de la sociologie professionnelle. Il doit également montrer qu'il ou elle dispose d'une capacité d'analyse diachronique des sociétés et institutions.
Extrait du descriptif :
La tendance croissante à l'emprise d'institutions étatiques sur les mers et l'attribution de concessions à des fins de conservation, d'exploration ou d'exploitation de ressources naturelles, suscite des appropriations rivales de ressources et d'espaces dont les impacts locaux gagnent à être mieux étudiés. La création à marche forcée au niveau international d'aires marines protégées (AMP) laisse en suspens la question de leurs appropriations et de leurs effets sur les socio-écosystèmes. Trois AMP ont été créées au Maroc depuis 2013. Elles visent plusieurs objectifs, dont l'augmentation de la productivité de la pêche artisanale, la préservation des ressources halieutiques et, plus largement, la conservation des espaces côtiers. Ces AMP modifient et contraignent les pratiques de pêche artisanale à différents niveaux. Il s'agit d'étudier les implications des pêcheurs dans leur mise en place et les résistances et les changements de pratiques induites par à la gestion de ces AMP. Dans un c...

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Structure (UMR) :
UMR 208 Paloc patrimoines locaux et gouvernance
Directeur de thèse :
Dominique Guillaud
Sujet :
Le rôle des deltas comme arrière-pays des cités médiévales côtières du Kenya et/ou de Tanzanie : une approche géoarchéologique pour l'étude des paysages agricoles anciens
Equipe :
PALOC « Patrimoines Locaux et Gouvernance » Collaborations avec Institut Français de Recherche Africaine (IFRA), l'umr 7159 « LOCEAN » pour les aspects histoire et paléogéographie ; National Museums of Kenya et IRA, Université de dar Es Salam pour les autorisations et collaborations naturalistes (conventions IRD avec ces institutions).
Profil du candidat recherché :
Archéologue, ouverture à l'interdisciplinarité et à l'histoire africaine.
Extrait du descriptif :
Cette thèse propose d'explorer les interactions entre les dynamiques environnementales, pratiques agraires et peuplement des rares deltas africains donnant sur l'océan Indien (delta de la Tana ou du Rufiji) sur le temps long (les 2000 dernières années). L'histoire environnementale et agricole de cette région qui a constitué l'un des moteurs du « système monde » entre l'Antiquité et d'Epoque Moderne est presque totalement inconnue (Beaujard 2012). Elle vient en appui à un projet IRD-CRDI sur la gestion des deltas en Afrique de l'est (Wioder). Les travaux des archéologues ont mis en évidence les aspects monumentaux des cités swahilies (travaux de G. Abungu, 1990) et les travaux des historiens menés sur les côtes kenyane et tanzanienne ont montré, à partir des archives, l'importance des relations entre les cités Swahilis de Lamu, de Witu, de Kliwa et leurs arrière-pays (travaux de T. Vernet 2005, et thèse de Clélia Coret 2016). Le présent projet propose de caractériser ces relations avec...

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Structure (UMR) :
UMR 208 Patrimoines locaux et gouvernance
Directeur de thèse :
Frédérique CHLOUS
Sujet :
Les relations homme-faune sauvage protégée. Le cas du Phoque gris sur le littoral français
Equipe :
Territoires et stratégies
Profil du candidat recherché :
Le candidat sera issu d'une formation en sciences sociales. Il pourra avoir suivi un parcours bidisciplinaire : une formation de licence en sciences de la nature, puis une formation de master prenant en compte les dimensions socioanthropologiques des relations homme-nature. Les techniques d'enquêtes qualitatives doivent être maîtrisées Il devra avoir réalisé un mémoire de recherche en master 2 : Etat de l'art, construction d'une problématique et de la méthodologie, mise en œuvre sur le terrain, analyse. Une connaissance du milieu maritime sera appréciée.
Extrait du descriptif :
Les conflits hommes-faunes sauvages naissent d'une concurrence pour des besoins vitaux (alimentation, espace) entre hommes et animaux, aux conséquences négatives pour ces deux derniers (UICN 2005). Autrefois les conflits se résolvaient au détriment de l'animal, qui était gibier, matière première ou espèce nuisible. Aujourd'hui, avec le changement de statut de nombreuses espèces ' devenues espèces protégées ' la nature même de ces conflits évolue. Ils sont en effet doubles, celui entre les hommes et les animaux demeurent, tandis qu'émergent des oppositions entre les hommes eux-mêmes ' protecteurs versus détracteurs de l'animal (Karanth T. & U. 2005). Les sciences sociales ont assez peu étudiées ces conflits, se focalisant en France sur quelques animaux ' surtout le loup et l'ours, ponctuellement le sanglier ou le cormoran-2017 (Bobbé 2008 ; Mauz 2006 ; Mounet 2007 ; Lescureux 2010 ; Méchin & Wintz 2011). Elles ont ignoré les mammifères marins alors que les aires marines protégées (AM...

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Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
Christian JEANTHON
Sujet :
Interactions microbiennes dans l'océan : Exploration métabolo-transcriptomique des associations entre la microalgue Emiliania huxleyi et les bactéries
Equipe :
Equipe Procaryotes Phototrophes Marins UMR Adaptation et Diversité en Milieu Marin Station Biologique Place Georges Teissier 29680 Roscoff
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir des compétences avérées en analyse de données et/ou bio-informatique, notamment pour l'analyse des données de transcriptomique issues des expériences de co-cultures 'algue-bactéries' et des données 'omics' générées par l'expédition Tara-Océans. Ces compétences incluent la maitrise des langages de programmation scripts (i.e., python, perl, R) et un intérêt pour la formalisation des questions biologiques. Il participera également aux expériences de biologie (co-cultures et récolte des ARN) en appui à une assistante-ingénieure spécialisée dans ces techniques. Il devra par ailleurs montrer une motivation certaine pour les questions d'écologie marine/aquatique et de microbiologie environnementale. Une très bonne maîtrise de l'anglais écrit et parlé est nécessaire.
Extrait du descriptif :
Les bactéries et microalgues marines sont des acteurs-clés du fonctionnement des écosystèmes océaniques et leur contribution dans les cycles biogéochimiques majeurs est largement reconnue. L'association du phytoplancton avec les bactéries est ubiquitaire dans les océans. L'environnement immédiat des cellules phytoplanctoniques (ou phycosphère=surface de l'algue et son environnement immédiat) est considéré comme physiquement et chimiquement distinct de l'eau environnante favorisant des associations spécifiques. Ces relations pourraient ainsi instaurer une dynamique d'interactions dont le fonctionnement pourrait expliquer la complexité des réseaux trophiques marins. Dans ce contexte, l'étude du rôle des interactions existant entre bactéries et microalgues, qui constituent la base de ces réseaux, apparait donc essentielle. Principal représentant de la classe des coccolithophores, l'algue unicellulaire Emiliania huxleyi a colonisé la plupart des océans de la planète en à peine 300 000 an...

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Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
Nathalie SIMON
Sujet :
Successions saisonnières cycliques du plancton en Manche occidentale, interactions biotiques et résilience (le cas du site d'observation SOMLIT-Astan) - Acronyme : CYCLOBS
Equipe :
Diversité et interactions au sein du plancton océanique - DIPO
Profil du candidat recherché :
Idéalement, le ou la candidat(e) possédera une formation initiale en écologie complétée par des acquis sur le fonctionnement des écosystèmes marins. Il ou elle possèdera par ailleurs des compétences solides et un intérêt marqué pour l'analyse de données et la bioinformatique.
Extrait du descriptif :
Les blooms saisonniers planctoniques ont un rôle essentiel dans le fonctionnement des réseaux trophiques marins et des grands cycles biogéochimiques. Des modifications de ces phénomènes réguliers et synchronisés peuvent mener à des modifications majeures de tout le réseau trophique et par conséquent impacter la qualité et la quantité des ressources marines exploitables (Beaugrand et al. 2003). Les changements climatiques actuels et les pressions anthropiques provoquent une réorganisation rapide des communautés planctoniques qu'il est crucial de décrire, comprendre et prédire. Il est clairement établi que la diversité biologique joue un rôle majeur dans la résilience des écosystèmes, c'est-à-dire leur capacité à retrouver leur état initial après perturbation extérieure. Cependant, comprendre comment la diversité contribue à la résilience des blooms saisonniers et successions cycliques planctoniques est encore aujourd'hui un objectif ambitieux. Les dynamiques temporelles des espèces, mê...

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Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
Stephane Hourdez
Sujet :
Evolution des adaptations aux milieux extrêmes : Approche phylogénétique sur des groupes d'invertébrés marins
Equipe :
Adaptation et Biologie des Invertébrés en Conditions Extrêmes
Profil du candidat recherché :
Le/La candidat/e devra avoir un Master2 avec profil dans la biologie, une maitrise des sciences de l'évolution, et si possible des compétences en biochimie/enzymologie. Tous les organismes seront des organismes marins, et une connaissance du milieu et de la biologie des organismes de ce milieu serait appréciée. Elle/il devra aussi avoir des compétences dans les analyses de phylogénie et d'évolution moléculaire.
Extrait du descriptif :
Contexte La vie peut occuper une très grande gamme de conditions environnementales, laissant très peu d'environnements réellement abiotiques. Bien que les métazoaires occupent une gamme de conditions plus réduite, certains groupes taxonomiques (en particulier parmi les groupes non-modèles) ont colonisé des environnements extrêmes, du plus froid en milieu polaire, au plus chaud à proximité des sources hydrothermales profondes. La disponibilité en oxygène peut être un autre facteur limitant, elle est aussi limitée près des sources hydrothermales (hypoxie). La colonisation de ces milieux extrêmes a nécessité des adaptations morphologiques et moléculaires au cours de l'évolution des lignées d'organismes qui y vivent. Ces environnements particulièrement contraignants peuvent promouvoir la mise en place d'innovations morphologiques ou moléculaires pour répondre aux contraintes environnementales. Bien que les adaptations moléculaires soient une voie de prédilection pour tous les organisme...

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Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
Frédérique Viard
Sujet :
Espèces non-indigènes et processus d'introductions biologiques en milieu marin : que peut nous apprendre l'ADN environnemental ?
Equipe :
DIVCO (Diversité & Connectivité en Milieu Marin Côtier) Le thème de recherche central de DIVCO est l'étude de la dispersion, naturelle ou d'origine anthropique, et ses conséquences sur la diversité des populations et des communautés, en milieu marin côtier. Les espèces non-indigènes (syn. espèces introduites, espèces invasives) sont des modèles d'étude importants dans cette équipe. Parmi les différentes approches/techniques utilisées (écologie expérimentale, modélisation, outils moléculaires), l'équipe a développé au cours de ces dernières années une expertise dans le domaine de la génomique des populations et de l'utilisation des approches dites "omics" pour l'étude de processus éco-évolutifs. L'équipe est constituée de 5 chercheurs et enseignants-chercheurs, dont 2 HDR.
Profil du candidat recherché :
Ce projet est ancré dans des problématiques scientifiques relevant du domaine de l'écologie et de la biologie de l'évolution. Le candidat devra montrer par son parcours académique et ses stages un intérêt et une expérience pour l'un ou l'autre de ces domaines de recherche. Idéalement, le candidat devra présenter une double compétence en biologie et bioinformatique. Néanmoins, ses compétences en bioinformatique pourront être acquises auprès de la Plateforme de bioinformatique ABIMS, collaborateur local au projet. ABIMS est un centre de référence en biologie marine pour l'Institut français de Bioinformatique (et a déjà une expertise avérée du traitement de données en génomique environnementale). Une formation en biologie marine n'est pas requise.
Extrait du descriptif :
Les introductions biologiques, nombreuses en milieu marin, sont de véritables laboratoires naturels pour l'étude de processus fondamentaux en écologie et biologie évolutive. Or notre capacité à les étudier dépend de la possibilité d'identifier et quantifier les espèces non-indigènes (introduites) (ENI) de façon précise et robuste, préalable a priori simple mais pourtant un enjeu de taille. En effet beaucoup d'ENI marines sont non détectables (du fait de la difficulté d'échantillonner en milieu marin) ou non reconnues (ex. membres de complexes d'espèces cryptiques). Dans ce contexte, l'utilisation d'ADN environnemental (ADNe) et de metabarcoding par séquençage haut-débit (HTS) apparait comme une méthodologie prometteuse. Ce sujet de thèse a pour objectif d'acquérir de nouvelles connaissances sur des questions de recherche fondamentale relatives aux processus d'introductions biologiques en milieu marin, tout en explorant le potentiel d'utilisation de l'ADNe et du metabarcoding, comme alt...

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Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Emmanuelle Pouydebat
Sujet :
Etude de la saisie par le bec et les pattes chez les rapaces : mise en relation des caractéristiques anatomiques, écologiques et comportementales.
Equipe :
FUNEVOL
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra montrer une forte motivation pour les approches interdisciplinaires mêlant anatomie, expérimentations (performance) et observations (éthologie). Une expérience préalable dans au moins un de ces champs est souhaitée. Il est également préférable que le candidat ait une expérience au contact des oiseaux afin d'optimiser la prise de données (habituation de l'animal).
Extrait du descriptif :
Les rapaces sont des oiseaux regroupant de nombreuses espèces polyphylétiques. Il en existe deux grandes catégories: les diurnes (Accipitriformes et Falconiformes) et les nocturnes (Strigiformes). Ces oiseaux sont d'incroyables prédateurs aux capacités impressionnantes. En effet, de nombreuses études ont démontré que les rapaces possédaient un système ostéomusculaire particulier leur permettant de produire des forces remarquables par rapport à leur taille . Les rapaces sont également capables de manipuler les proies avec leurs becs. Or, la structure du bec co-évoluerait en lien étroit avec la structure crânienne, la taille influençant également la forme du bec en plus du type de régime alimentaire qui lui est associé . Par ailleurs, des auteurs se sont intéressés à l'étude simultanée de la force des bec et des serres des deux grands groupes de rapaces diurnes (Accipitriformes et Falconiformes) afin de déterminer lesquels possédaient le plus de force, et à quel endroit, en fonction de l...

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Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Eric Guilbert
Sujet :
Diversifications altitudinales et origines biogéographiques de l'entomofaune des montagnes du nord de la Thaïlande
Equipe :
ECOTROP : Ecologie Tropicale (Resp. Eric Guilbert)
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir des compétences dans le domaine de la systématique et de la phylogénie, du traitement des données moléculaires et des analyses statistiques liées à la phylogénie des communautés. Une connaissance de la systématique des insectes sera une plus-value.
Extrait du descriptif :
Les hautes montagnes des régions tropicales sont de véritables réservoirs de la biodiversité : elles se caractérisent par une richesse spécifique exceptionnelle ' encore largement méconnue ' associée à un fort endémisme, mais l'origine et l'évolution de cette diversité unique restent mal comprises. De nombreuses études montrent un maximum de diversité aux altitudes moyennes, mais d'autres patrons majeurs ont été identifiés (e.g. diminution de la diversité avec l'altitude). Quatre facteurs principaux rendent compte de ces patrons : 1) le climat (température, précipitations), 2) l'espace disponible (corrélation richesse/superficie), 3) les facteurs biotiques (compétition interspécifique, hétérogénéité des habitats), 4) les contraintes historiques des taxons (spéciation, extinction, âge des clades, conservatisme de niche). Les contraintes historiques des taxons sont sans doute le facteur le moins étudié, principalement pour trois raisons : 1) par manque de phylogénies au niveau spécifiq...

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Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Fabien Pifferi
Sujet :
La théorie de la résonance circadienne chez les mammifères : la périodicité journalière naturelle de l'environnement confère-t-elle un fonctionnement optimal à l'organisme ?
Equipe :
Biologie de l'adaptation
Profil du candidat recherché :
Le candidat recherché devra avoir une formation de biologie générale et être spécialiste de l'un ou des domaines suivants : physiologie (métabolisme énergétique), chronobiologie, éthologie. Clara Hozer, étudiante en Master 2 AgroParisTech réalise actuellement son stage au sein de notre laboratoire sur ce sujet et répond parfaitement à ce profil. Même si sa candidature se confirme, le sujet sera toutefois ouvert à des candidats extérieurs.
Extrait du descriptif :
Les rythmes biologiques, qui oscillent avec une période proche de 24h (cycles circadiens), sont une caractéristique omniprésente de la physiologie des êtres vivants, facilitant l'entraînement au cycle de 24h généré par la rotation de la Terre. En l'absence de signaux de temps environnementaux (alternance lumière/obscurité), les rythmes circadiens expriment par défaut leur période endogène. Cette rythmicité circadienne soutenue dans des conditions constantes est observée à travers tout le règne animal, suggérant un avantage adaptatif. La synchronisation journalière sur le cycle lumineux naturel serait ainsi peu coûteuse en énergie et permettrait un fonctionnement optimal de l'organisme. Dans ce contexte, la théorie de la résonance circadienne suggère une relation entre rythmes biologiques et longévité. Cette théorie propose que plus la période endogène d'un individu ou d'une espèce est proche de 24h, plus sa longévité est grande. Cette hypothèse a été émise en 1972 par Pittendrigh et Mi...

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Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Fabienne Aujard
Sujet :
Variabilité inter-sexuelle de la réponse à un stress environnemental: quels sont les facteurs qui déterminent l'efficacité de la torpeur chez le microcèbe?
Equipe :
Equipe BIOADAPT (Biologie de l'Adaptation)
Profil du candidat recherché :
Formation solide en physiologie et biologie de l'adaptation. Notions de biologie moléculaire souhaitées. Devra maitriser à la fin les outils moléculaires, la planification expérimentale, la régulation du métabolisme et le raisonnement évolutionniste.
Extrait du descriptif :
Compte-tenu de l'augmentation de la fréquence de survenue des incidents imprévisibles liés au réchauffement climatique, il est crucial de déterminer les capacités de résilience des espèces dans ces conditions, et plus précisément si ces capacités diffèrent entre mâles et femelles. Au cours des saisons, les conditions environnementales peuvent être très différentes, induisant de fortes variations de nombreux paramètres parmi lesquels la disponibilité alimentaire. Au cours de l'évolution, les espèces animales ont développé des stratégies comportementales et physiologiques pour survivre à des périodes de disette alimentaire, comme par exemple l'hibernation ou la torpeur. Selon une hypothèse émise en 2011 ('the thrifty female hypothesis' (1)), mâles et femelles ne seraient pas soumis aux mêmes compromis face à la contrainte énergétique, en particulier ceux liés aux coûts de la reproduction. Ceci résulterait en un dimorphisme sexuel important dans l'expression de certains comportements ou e...

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Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
Dominique Grimaud-Hervé
Sujet :
Contribution à l'étude de l'histoire du peuplement humain des îles du Pacifique : back-migrations polynésiennes et étude du cas de l'ile de Futuna au Vanuatu
Equipe :
Équipe I : Dynamique des premiers peuplements humains
Profil du candidat recherché :
Solides compétences et expériences préalables indispensables en recherches de terrain dans un contexte international (notamment fouilles archéologiques et contextes funéraires) et de laboratoire (ostéologie humaine et morphométrie, éventuellement paléoparasitologie et/ou génome bactérien)
Extrait du descriptif :
Il existe un grand contraste entre les populations humaines actuelles des régions occidentale et orientale du Pacifique, clairement mis en évidence depuis plusieurs années aussi bien par la génétique historique que par la morphométrie de squelettes humains. Tenter de mieux comprendre l'histoire micro-évolutive à l'origine de ce contraste constitue le but principal de cette thèse de doctorat. Le modèle en vigueur admet que la configuration observée aujourd'hui résulte d'un métissage initial suivi d'une succession de dérives génétiques. Originaire de l'Asie du Sud-Est, le mouvement migratoire Lapita, survenu il y a 3000 ans, est supposé avoir conduit au peuplement de la Polynésie Orientale, après un temps de métissage/intégration en Mélanésie du nord (peuplée plusieurs dizaines de milliers d'années auparavant) et une pause d'environ 2000 ans en Polynésie occidentale (Green, 1991). Des études récentes sur les « populations Lapita », tant en morphométrie (Valentin et al., 2016) qu'en palé...

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Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
Hubert Forestier, Professeur de préhistoire, MNHN
Sujet :
Ni Nord, ni Sud ? Territoires, mobilités et identités culturelles des Néandertaliens au début du Dernier glaciaire dans le Centre-Nord de la France (Région Centre)
Equipe :
Equipe 1- Dynamique des premiers peuplements humains, Dir. Marie- Hélène Moncel & François Sémah
Profil du candidat recherché :
Formation en Préhistoire paléolithique et en techno-typologie lithique avec de bonnes connaissances sur les industries lithiques du Paléolithique moyen (Moustérien) et les outils d'analyse afférents
Extrait du descriptif :
Les restes de pierre taillée sont sans doute les marqueurs spatio-temporels les plus pertinents pour caractériser les identités culturelles, les territoires et tracer les mobilités des groupes humains néandertaliens au cours du Paléolithique moyen. Du fait d'un état lacunaire des connaissances, cet objectif se pose de façon aigue au début du Dernier glaciaire (ca. 100/75 Ka) en région Centre qui apparaît comme une interface culturelle, une zone tampon, entre les blocs méridionaux et septentrionaux du peuplement néandertalien dont les identités culturelles s'opposent nettement. Au gré de la fluctuation des environnements et des ressources du Début glaciaire Weichsélien, la région Centre a-t-elle été le cadre de comportements territoriaux singuliers des Néandertaliens les distinguant de leurs contemporains, ou seulement un espace de circulation entre Nord et Sud ? Nous proposons d'examiner cette question en étudiant selon une grille typo-technologique les industries lithiques de 7 site...

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Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
Anne-Marie Sémah
Sujet :
Exploitation des ressources halieutiques par les premières populations d'Homo sapiens en Asie du Sud-Est insulaire : implications paléo-environnementales et culturelles.
Equipe :
Dynamique des premiers peuplements humains.
Profil du candidat recherché :
Le (la) doctorant(e) devra témoigner de connaissances en ichtyologie, aussi bien en anatomie qu'en éthologie. Il (elle) participera à l'enrichissement de nos connaissances sur l'anatomie des poissons de l'Asie du Sud-est/Pacifique en mettant en place un système étendu ' par rapport à celui de Foss Leach ' de clés d'identifications pour les espèces considérées. Le (la) doctorant(e) devra être capable de s'intégrer aux équipes de chercheurs du sud-est asiatique, étant entendu qu'une partie de l'identification des spécimens archéologiques se fera dans les pays sujets de l'étude. Il est par ailleurs attendu du (de la) doctorant(e) une capacité à publier les résultats obtenus sous formes d'articles ou de participation à des congrès nationaux et internationaux.
Extrait du descriptif :
Durant le Pléistocène supérieur et jusqu'au milieu de l'Holocène, l'Asie du Sud-Est est marquée par des phases de bas et de haut niveau marin au gré des changements climatiques qui ont profondément changé les contours des îles et leurs paysages. La découverte d'un fossile d'Homo cf. sapiens aux Philippines daté de ± 67 000 ans BP sur la route de l'Australie où les premières évidences de présence humaine sont retrouvées aux abords du lac Mungo entre 50 000 et 46 000 ans BP, témoignent d'une dispersion rapide de ces populations d'hommes modernes dans un chapelet d'îles aux ressources terrestres limitées et peu diversifiées. Les fouilles de plusieurs sites archéologiques localisés sur le passage de possibles anciennes routes de migration menant en Océanie, depuis les Philippines au nord jusqu'en Indonésie orientale et au Timor, plus au sud, ont révélé la présence de populations de chasseurs-collecteurs, avant l'installation des premières populations néolithiques vers le milieu de l'Holo...

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Structure (UMR) :
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes
Directeur de thèse :
Carole Saintomé
Sujet :
Diversité et évolution, structurale et fonctionnelle, des protéines de liaison à l'ADN simple brin aux télomères
Equipe :
Equipe SANTÉ : Structure des acides nucléiques, télomères, évolution
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir une formation de biochimiste et/ou biophysicien et avoir des connaissances sur les interactions acides nucléiques protéines.
Extrait du descriptif :
Il y a environ un milliard d'années apparaissaient les premières cellules possédant des chromosomes linéaires. Les extrémités des chromosomes linéaires, associées à plusieurs protéines, forment des structures nucléoprotéiques spécifiques, appelées télomères. Le rôle biologique des télomères est de préserver l'information génétique en assurant la protection des chromosomes contre leur dégradation par les exonucléases et leur reconnaissance comme des cassures de l'ADN par les systèmes de réparation de l'ADN. Au cours de l'évolution, les télomères des eucaryotes ont conservé des caractéristiques communes de séquence et de structure. Dans la plupart des organismes, l'ADN télomérique est constitué d'un court motif répété de 5 à 8 nucléotides riche en guanines, et d'une extrémité 3' simple-brin. De nombreuses protéines interagissent avec l'ADN télomérique ; certaines s'associent aux régions double-brin, d'autres s'associent aux régions simple brin (lors de la réplication et à l'extrémité 3'...

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Structure (UMR) :
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes
Directeur de thèse :
Christophe Escudé
Sujet :
Etude des mécanismes évolutifs et des fonctions associés aux séquences centromériques de primates
Equipe :
ADN Répété, Chromatine, Evolution (ARChE)
Profil du candidat recherché :
Le candiat devra posséder : - de solides connaissances fondamentales en génomique, en évolution (moléculaire), en bioinformatique (alignement, phylogénie, ') et en statistiques - de fortes compétences en programmation en Python, en Shell et en R.
Extrait du descriptif :
Le centromère est un locus chromosomique particulier sur lequel se fait l'assemblage d'une structure protéique, le kinétochore, et qui permet ainsi la bonne ségrégation des chromatides soeurs lors de la division des cellules eucaryotes. Paradoxalement, alors que la fonction du centromère et les protéines impliquées sont relativement bien conservées au cours de l'évolution, l'ADN sous-jacent, généralement constitué de séquences répétées en tandem, présente une très grande diversité de séquences d'un groupe taxonomique à un autre. Chez la plupart des primates, on trouve sur chaque centromère plusieurs milliers de répétitions d'un motif d'environ 171 paires de bases. Ces répétitions constituent une grande famille de séquences appelées alpha-satellites pour laquelle de nombreuses sous-familles ont pu être identifiées. Les monomères d'alpha-satellite de ces différentes sous-familles possèdent une organisation spatiale complexe à l'intérieur et au voisinage des centromères. Bien que les...

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Structure (UMR) :
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO
Directeur de thèse :
Sandrine Pavoine : (écologie mathématique et macro-écologie) guidera l'étudiant(e) dans les aspects conceptuels et méthodologiques de la macro-écologie (notamment dans l'évaluation du turnover) et dan
Sujet :
Intégration des approches fonctionnelles et trophiques des communautés pour une meilleure gestion des écosystèmes exploités en Mer Celtique
Equipe :
Bases Ecologiques de la Conservation (BEC), dir. par Emmanuelle Porcher
Profil du candidat recherché :
Le(a) candidat(e) devra détenir un master en biologie-écologie, de préférence marine, avec de fortes compétences en écologie quantitative, en modélisation et/ou agro-halieute.
Extrait du descriptif :
L'état des écosystèmes marins est plus souvent résumé aux statuts des stocks exploités qu'à l'état de l'écosystème dans son ensemble. Rares sont les travaux qui intègrent les approches d'écologie fonctionnelle et trophique (e.g. Heymans et al. 2014). Ce projet de thèse vise à intégrer ces approches, pour une meilleure représentation des communautés (poissons, céphalopodes crustacés) en Mer Celtique, une écorégion fortement exploitée par la pêche (Kelleher 2005). Le projet s'articulera selon trois grands axes: - Axe 1 : Dynamique spatio-temporelle des ressources halieutiques en quantifiant le turnover (ou diversité ß, Whittaker 1960, Tuomisto 2010) de la structure des communautés. Il sera mis en lien avec des paramètres environnementaux, l'évolution de la pression de pêche et des mesures de gestion pour identifier les facteurs influençant cette dynamique. - Axe2 : Stabilité du réseau trophique en identifiant les règles d'assemblage régissant chaque niveau à l'aide des traits fonctio...

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Structure (UMR) :
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO
Directeur de thèse :
Anne-Caroline PREVOT
Sujet :
Éduquer l'attention, organiser les affects. Les modalités de l'implication dans les sciences participatives
Equipe :
équipe Socio-Ecosystèmes (SES) - future équipe "Transition écologique et expériences de nature" (TEEN)
Profil du candidat recherché :
Une bonne connaissance de la sociologie des sciences et/ou de la sociologie de l'environnement ainsi que des méthodes de recherche qualitative en sciences sociales est attendue. Dans un double objectif de décloisonnement disciplinaire et d'efficacité, les profils montrant une double formation en écologie et en sciences humaines et sociales seront privilégiés.
Extrait du descriptif :
Ce projet fait l'hypothèse selon laquelle réussir à impliquer dans la durée des volontaires dans des programmes de science participative passe par la mise en œuvre de méthodes et de techniques qui visent à « affecter » les participants, c'est-à-dire à les rendre sensibles à certaines entités environnementales et à leur devenir. Cette hypothèse se décline en deux sous-hypothèses : (1) Les animateurs de ces programmes emploient des méthodes et techniques d'éducation de l'attention pour rendre les participants capables de repérer des entités de la nature jusque-là passées inaperçues et les y intéresser : apprendre à voir autre chose en regardant autrement, acquérir les aptitudes sensorielles et corporelles qui permettent de détecter des entités ou des phénomènes naturels. (2) Les animateurs de ces programmes emploient des méthodes et techniques d'orientation et de gestion des affects qui créent les conditions propices à une implication durable dans les programmes participatifs de p...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Christiane DENYS
Sujet :
Structure génétique et Evolution morphologique des populations de rongeurs endémiques de Madagascar. Implications pour la conservation
Equipe :
EVEE: Evolution Variabilité Environnement Extinction
Profil du candidat recherché :
Le / la candidat (e) doit avoir une expérience dans l'étude de la systématique des Rongeurs (Celle des endémiques malgaches est un plus). Il ou elle devra maîtriser les techniques d'analyse phylogénétique et de morphométrie géométrique ainsi que le logiciel R-Morph. Il ou elle devra montrer de solides qualités d'organisation et d'autonomie. Une aptitude au travail d'équipe est indispensable.
Extrait du descriptif :
Madagascar est une des plus grandes îles océaniques. Elle abrite une biodiversité mammalienne remarquable par son endémisme. Ainsi les rongeurs endémiques Nesomyinae comprennent 9 genres et 23 espèces dont la plupart sont inféodées aux forêts de plaine et de montagne. Les forêts de Madagascar sont soumises depuis l'arrivée de l'homme sur l'île il y a plus de 2500 ans BP à de fortes pressions anthropiques (feu de brousse, défrichement, augmentation des pâturages) et climatiques (augmentation de l'aridité) et sont en régression drastique (Goodman & Jungers (2013). Cette fragmentation a des conséquences fortes sur le maintien de la biodiversité des espèces endémiques. De plus, les rongeurs natifs ont subi de plein fouet l'arrivée des invasifs que sont le rat et la souris domestique. L'impact de la déforestation et de la compétition entre espèces/genre y sont assez mal connus. Des travaux moléculaires et morphologiques ont permis de mettre à jour la taxonomie du groupe et plusieurs nouv...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Régine Vignes-Lebbe
Sujet :
Cladistique biogéographique : évolution, taxonomie et nomenclature des aires biogéographiques.
Equipe :
LIS (Laboratoire Informatique et Systématique)
Profil du candidat recherché :
Le sujet devra être proposé à un étudiant ayant de solides connaissances phylogénétiques et biogéographiques, ainsi qu'une bonne capacité de formalisation. Par exemple, un titulaire du master Systématique, Evolution, Paléontologie serait parfaitement adapté. Un gout pour le travail théorique et l'abstraction est nécessaire. Une capacité à utiliser des données de divers champs disciplinaires et à en synthétiser les résultats est souhaitable. Ne s'agissant pas d'un sujet expérimental, une plus forte créativité devrait s'ajouter aux qualités requises pour tout doctorant.
Extrait du descriptif :
Contexte : La biogéographie historique est une discipline qui remonte à la découverte par de Candolle, au début du XIXe siècle, que des régions pouvaient être définies par des distributions de taxons qu'elles abritent. Ces régions n'étant pas celles de la géographie physique ou politique, cette discipline fut appelée Géographie Botanique. Or ces régions coïncident avec celles définies à partir des taxons animaux, une géographie biologique, Biogéographie, commença donc. De la même façon qu'en biostratigraphie une échelle chronologique est définie sans référence directe au temps absolu, la biogéographie caractérise des aires sans référence directe à des régions de la géographie physique. La découverte de la tectonique de plaques montra que la géographie évolue. Ainsi, de la même façon que des traits morphologiques ou des gènes "habitent" dans des taxons, les taxons se distribuent dans des aires de cette nouvelle géographie. Et lorsque les taxons se diversifient, leur états de caractèr...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Manuela López-Villavicencio
Sujet :
Caractérisation des processus de développement responsables de la diversité des formes de pétales
Equipe :
1. Systèmes génétiques, adaptation et domestication 2. MADP (Morpho-Anatomie et Développement des Plantes)
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra être familier avec l'évolution morphologique des angiospermes, manifester un intérêt pour l'évo-dévo et la biologie moléculaire, et avoir des connaissances solides en biologie évolutive. Cette étude comparative requerra une excellente capacité d'organisation.
Extrait du descriptif :
La diversité et l'évolution des formes de fleurs sont intimement liées à la pollinisation et à la fonction de reproduction des angiospermes. Au sein de la structure florale, les pétales sont souvent les organes qui attirent les pollinisateurs vers la partie centrale de la fleur où sont localisés les organes sexuels. Les pétales peuvent aussi produire et stocker du nectar, substance sucrée dont les pollinisateurs sont friands. Des changements dans la forme des pétales peuvent influencer la spécificité des relations entre fleurs et pollinisateurs, entraîner des spécialisations écologiques et par là favoriser des processus de spéciation. L'ordre des Ranunculales, qui est le premier à diverger au sein des eudicots, est un des clades d'angiospermes les plus divers en terme de morphologie des pétales. La famille des Ranunculaceae est cosmopolite et représente à elle seule une part importante de la diversité morphologique des pétales de l'ordre. Un périanthe zygomorphe, la présence d'éperon...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
- Alexandre HASSANIN, MCU, HDR, ISYEB (MNHN); - Ros Kiri ING, MCU, physicien spécialiste en acoustique (Institut Langevin).
Sujet :
Influence des variations climatiques du Pléistocène sur l'évolution des chauves-souris insectivores et de leurs proies dans les forêts tropicales humides africaines.
Equipe :
Phylogénomique et Anatomie comparée
Profil du candidat recherché :
- Intérêt pour l'étude intégrative des chauves-souris ; - Capacité à travailler sur le terrain ; - Bonne connaissance en évolution, notamment les concepts liés à la spéciation ; - Maîtrise des techniques et méthodes utilisées en phylogénie moléculaire et phylogéographie, notamment les approches de DNA barcoding et metabarcoding (sur les arthropodes) et plus particulièrement celles reposant sur les nouvelles technologies de séquençage (Next Generation Sequencing) ; - Connaissance des techniques et méthodes utilisées en acoustique pour étudier les chiroptères in situ ; - Connaissance des méthodes de modélisation des niches écologiques.
Extrait du descriptif :
Les forêts humides d'Afrique tropicale se divisent actuellement en deux zones principales : la forêt guinéenne en Afrique de l'Ouest et la forêt du Bassin du Congo en Afrique centrale. Dans cette région, les études menées sur les chauves-souris frugivores de la famille Pteropodidae (15 espèces ; IUCN, 2016) ont révélé l'existence de plusieurs barrières biogéographiques empêchant ou limitant la dispersion des taxons (Nesi et al., 2013 ; Hassanin et al., 2015 ; Hassanin et al., 2016). Parmi les plus importantes, on peut citer le fleuve Congo ou le Dahomey Gap, qui est une zone de forêt sèche et de savane s'étendant sur trois pays d'Afrique de l'Ouest, le Ghana, le Togo et le Bénin. L'étendue de ces barrières a fluctué au cours des variations climatiques du Pléistocène. Les périodes glaciaires étant arides, elles étaient plus favorables à l¿extension des milieux ouverts (savanes), entrainant ainsi la fragmentation du couvert forestier. Ainsi, les populations des espèces forestières se son...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Line Le Gall
Sujet :
Dynamique de la diversité algale en milieu tempéré dans le contexte du réchauffement climatique.
Equipe :
Exploration, Espèces et Evolution
Profil du candidat recherché :
Le candidat aura un solide socle de connaissance en écologie et évolution. La maitrise des concepts et méthodes en génétique des populations est essentielle. De bonnes aptitudes à mettre en œuvre divers logiciels d'analyses de données seront nécessaire pour réaliser cette thèse. Un gout pour le terrain tout comme des expériences en milieu marin seront appréciés, toutefois des connaissances sur les algues ne sont pas nécessaires mais sont un atout.
Extrait du descriptif :
Les grandes algues marines des côtes atlantiques d'Europe constituent l'un des écosystèmes marins les plus productifs et les plus riches en biodiversité du monde. Cependant ces algues subissent actuellement des changements d'ampleurs car les régions tempérées sont les plus exposées au changement climatique. En réponse à ces changements, la survie des organismes dépend de leur capacité à migrer en vue de rester dans leur niche thermique et/ou à s'adapter aux nouvelles conditions. Cependant, si les changements sont trop brutaux pour permettre une migration ou une adaptation, les populations sont alors menacées. Parmi les grandes algues, les algues rouges, qui sont de très loin les plus diverses, se caractérisent par l'absence de structures reproductives mobiles, leur conférant une capacité de dispersion potentiellement faible ce qui les rend vraisemblablement vulnérables. L'enjeu de ce projet est d'évaluer la dynamique de la diversité algale le long d'un gradient latitudinal des côtes de...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Raphaël Cornette
Sujet :
Origine et structure de la variabilité phénotypique chez les musaraignes afro-tropicales.
Equipe :
Évolution et Développement des Variations Phénotypiques
Profil du candidat recherché :
Etudiant(e) de M2 ayant suivi des modules de biologie évolutive. De solides connaissances dans le domaine de la morphologie, des facteurs structurant la variabilité phénotypique et l'Evo-Devo sont souhaitables. Une expérience préalable (stage) en phylogénie moléculaire, morphométrie ou morphologie fonctionnelle est requise. Un goût pour la systématique et les approches intégratives est nécessaire. Une connaissance préalable du groupe d'étude (les musaraignes) serait un plus.
Extrait du descriptif :
Quels facteurs structurent la variabilité phénotypique ? Depuis Linné, l'étude de la variabilité des organismes à l'échelle du phénotype a permis la structuration de la biodiversité sous forme d'espèces binomiales. La variabilité phénotypique intra- et inter-spécifique a joué un rôle indéniable dans l'élaboration de la théorie darwinienne de l'évolution. La redécouverte des gènes comme facteurs de l'hérédité, puis de l'ADN comme support physique des gènes ont montré l'importance du génotype comme support de l'information génétique jouant ainsi un rôle primordial dans la mise en place du phénotype. En conséquence, l'étude des liens entre le génotype et le phénotype des organismes est un axe de recherche majeur en biologie évolutive. Toutefois le génotype n'est pas le seul facteur influençant le phénotype. Selon Seilacher, un trait phénotypique est la combinaison de composantes historiques, fonctionnelles et développementales. La part relative de ces composantes sur un trait est une qu...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Tony Robillard
Sujet :
Métagénomique et caractérisation de la biodiversité en Nouvelle-Calédonie
Equipe :
EVOFONCT
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir une forte familiarité avec les méthodes moléculaires, si possible de NGS. Il devra s'intéresser à la caractérisation de la biodiversité et aux développements méthodologiques. Des connaissances de la diversité des insectes et des compétences d'identification seront des atouts importants.
Extrait du descriptif :
Caractériser globalement un peuplement sur le plan moléculaire par une approche de métagénomique environnementale peut permettre de répondre rapidement à des questions cruciales sur la biodiversité allant de l'inventaire ou de la mesure de la richesse spécifique à la documentation du turn-over spatial ou temporel dans les communautés, en passant par des analyses fonctionnelles ou phylogénétiques. En Nouvelle-Calédonie ' « hotspot » riche en espèces endémiques et vulnérables ' il est important d'obtenir rapidement des réponses à ces questions. Le sujet se propose donc de caractériser les communautés des insectes du sous-bois des forêts du Nord et du Sud de la Nouvelle-Calédonie par la méthode de la métagénomique environnementale. Cette méthode sera appliquée à des échantillons acquis par piégeage standard pendant la grande expédition "La Planète revisitée" dans six localités avec de multiples réplicats. Le sujet comporte une dimension méthodologique qui consistera à comparer l'extractio...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Marianne Elias
Sujet :
Evolution de la transparence chez les Lepidoptères mimétiques
Equipe :
Diversité Périspécifique, Spéciation, Interactions, Invasions
Profil du candidat recherché :
Nous recherchons un/e candidat/e motivée pour la recherche interdisciplinaire, et qui ait de solides connaissances en écologie/évolution (niveau master) et en optique (niveau licence). On privilégiera quelqu'un de rigoureux, consciencieux, autonome, structuré, endurant à la routine, curieux, dynamique et faisant preuve d'initiatives. Le/a candidat/e devra savoir interagir et travailler en équipe. De bonnes connaissances en statistiques ou analyses comparatives, une expérience dans la prise et l'analyse de mesures optiques, et des connaissances de l'écologie des papillons seront fortement appréciées.
Extrait du descriptif :
CONTEXTE: Simple en apparence, la transparence est une stratégie de coloration complexe, souvent associée au camouflage. La transparence est fréquente chez les organismes aquatiques mais rare en milieu terrestre, en raison des propriétés optiques de l'air, les ailes d'insectes constituant une exception notable. Les lépidoptères (papillons de jour et de nuit) sont caractérisés par des ailes couvertes d'écailles permettant de former des motifs colorés, qui interviennent dans la sélection sexuelle, le camouflage ou l'aposématisme (le fait de signaler sa toxicité aux prédateurs par des motifs visibles). Or, de nombreuses espèces de lépidoptères ont des ailes totalement ou partiellement transparentes. De façon surprenante, beaucoup de ces espèces transparentes appartiennent à des lignées aposématiques et mimétiques, où plusieurs espèces possédant des défenses chimiques convergent vers les mêmes motifs. L'évolution de la transparence dans le contexte de l'aposématisme nécessite un changemen...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Vincent Debat
Sujet :
De la morphologie au comportement : quelles sont les forces évolutives impliquées dans la diversification des ailes chez les papillons du genre Morpho ?
Equipe :
Evolution et développement des variations phénotypiques
Profil du candidat recherché :
Nous cherchons un étudiant titulaire d'un M2R de biologie de l'évolution et écologie avec un intérêt particulier sur l'évolution du vol et l'aérodynamisme. Une expérience de travail de terrain en milieu tropical sera fortement appréciée.
Extrait du descriptif :
Identifier le rôle de la sélection dans la diversification morphologique reste un défi majeur pour les biologistes de l'évolution. L'impact de la sélection sur la morphologie est le plus souvent indirect, au travers des comportements qui lui sont associés. La compréhension de l'évolution morphologique requiert donc l'étude combinée de la morphologie, du comportement et de l'écologie1. Ce projet de thèse porte sur la diversification des ailes chez les papillons néotropicaux du genre Morpho, à travers l'évolution des comportements de vol. Les ailes des Morpho présentent une grande diversité de formes et de couleurs. Chez ces espèces, le comportement de vol est impliqué dans des processus écologiques divers tels que la dispersion, l'évitement des prédateurs, la recherche de plante-hôtes, la défense de territoire ou encore les parades sexuelles. Le projet s'articule autour de deux questions : (1) comment les variations morphologiques des ailes se traduisent en termes de performance de vo...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Laure Desutter-Grandcolas
Sujet :
Evolution et Homologie des Ailes chez les Insectes
Equipe :
EvoFonc "Evolution fonctionnelle et systématique"
Profil du candidat recherché :
Le candidat sera ou acceptera de se former pour devenir autonome pour la reconstitution des coupes de segmentation 3D. Il devra également avoir une connaissance approfondie des concepts de l'analyse phylogénétique et l'habitude d'observer des arthropodes.
Extrait du descriptif :
Est-il nécessaire de préciser que seuls les insectes, les chauves-souris et les oiseaux possèdent des ailes ? Le vol apporte la mobilité nécessaire pour utiliser des ressources nouvelles ou inégalement réparties et fuir les prédateurs. Chez les insectes, les ailes sont aussi impliquées dans des fonctions clés telles la communication, le mimétisme, ou la protection. Leur histoire évolutive semble complexe, impliquant convergences et parallélismes structuraux et fonctionnels. La limitation première des hypothèses évolutives proposées sur les ailes des insectes concerne la faiblesse des homologies des caractères alaires. Six modèles différents de nervation coexistent, empêchant d'exploiter le jeu pourtant très riche des caractères observables sur les ailes des différents ordres dans un cadre phylogénétique : il est actuellement impossible de faire des hypothèses robustes sur les structures et les nervures identiques entre les différents ordres. La nécessaire intégration des données fossi...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Sarah SAMADI (PR MNHN)
Sujet :
Structure de la biodiversité des monts sous-marins dans le canal du Mozambique en relation avec l'hétérogénéité de l'habitat
Equipe :
Equipe 3 E : exploration, espèces et évolution
Profil du candidat recherché :
Formation alliant systématique et écologie des communautés. Maitrise des approches SIG et des statistiques pour l'écologie.
Extrait du descriptif :
Dans l'océan profond, les reliefs qui culminent au-dessus du plancher océanique offrent un environnement de substrats durs généralement associés à de faible taux de sédimentation et à une productivité accrue en surface. Ces reliefs sont localement bien connus des pêcheurs car ils ont des effets sur la concentration des poissons, des oiseaux et des grands vertébrés marins. Ce sont aussi des reliefs sur lesquels se forment des encroûtements polymétalliques qui constituent des ressources minérales potentielles des milieux profonds. Dans un contexte de «course à la mer» pour les ressources vivantes ou minérales, il est urgent de mieux connaître les communautés biologiques qui y sont associées et d'évaluer leur vulnérabilité et leur résilience face à ces potentiels impacts anthropiques. Les rares études des communautés mettent en évidence que les faunes benthiques de substrats durs sont plus diversifiées que celles des milieux sédimentaires meubles et que les assemblages y sont plus struc...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de systématique, Evolution, Biodiversité
Directeur de thèse :
Guillaume Achaz
Sujet :
Détecter les espèces menacées par l'approche génomique
Equipe :
Atelier de Bioinformatique
Profil du candidat recherché :
Le ou la candidat(e) devra posséder de solides compétences en modélisation informatique et/ou mathématique, notamment des processus évolutifs. Des connaissances en génétique des populations ou en écologie théorique sont bienvenues.
Extrait du descriptif :
Le but de ce projet de recherche doctorale est de développer un cadre probabiliste qui permettra l'inférence statistique des espèces en voie d'extinction à partir de séquences génomiques contemporaines. En effet, les génomes portent des traces de leurs histoires, c'est à dire des processus qui les ont, en quelque sorte, façonnés. Les contraintes imposées au monde vivant par les activités humaines sont probablement le facteur majeur qui explique la sixième extinction de masse actuellement en cours. Le statut de conservation et en particulier la probabilité d'extinction (probabilité qu'une espèce soit déjà éteinte) restent pourtant ignorés pour 99,9% des espèces contemporaines. En effet, bien que la liste UICN soit la meilleure compilation des statuts de conservation, elle représente moins de 0,1% des espèces connues. Les méthodes d'inférence actuellement disponibles se basent classiquement sur des données populationnelles géographiques et démographiques (distributions d'abondances,...

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Structure (UMR) :
UMR 7205 ISYEB
Directeur de thèse :
Eric Pasquet
Sujet :
Migration et spéciation de deux oiseaux co-distribués du Paléarctique
Equipe :
Biogéographie, phylogéographie, Systématique et Conservation
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit avoir un fort intérêt pour les questions touchant l'évolution de la biodiversité et de bonnes compétences en génétique des populations et si possible dans les méthodes de traitement et d'analyse de données génomiques. Une bonne capacité à utiliser divers outils statistiques (logiciel R) est indispensable. Un intérêt pour l'ornithologie et la collecte des données sur le terrain constitue un atout supplémentaire.
Extrait du descriptif :
La spéciation, le processus qui aboutit à la mise en place de l'isolement reproducteur entre deux lignées, est au cœur de l'émergence et du maintien de la diversité biologique. Notre projet cherche à déterminer quels sont les mécanismes d'isolement reproducteur à l'œuvre dans le cas de deux espèces de passereaux migrateurs trans-sahariens (Muscicapa striata et Acrocephalus scirpaceus) non directement apparentés mais dont la structure phylogéographique présente des points de convergence. Il existe chez ces deux passereaux une lignée Ibéro-nord-africaine et une lignée européenne (Olsson et al. 2016 Mol Phy Evo 102, 30-44 ; Pons et al. 2016 J Avi Biol 47, 386-398) dont on pense qu'elles rentrent en contact dans la région catalane- pyrénéenne. Il existe de plus au sein de M. striata, une lignée endémique aux îles de l'ouest de la Méditerranée fortement différenciée des lignées continentales (Pons et al. 2016). Les données disponibles à ce jour pour les deux espèces concernant la biométrie...

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Structure (UMR) :
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie
Directeur de thèse :
Evelyne Heyer
Sujet :
Etude paléogénétique des migrations humaines autour de la Mer Caspienne pendant la Protohistoire.
Equipe :
Equipe Anthropologie Evolutive, dir. Frédéric Austerlitz, Evelyne Heyer
Profil du candidat recherché :
Le candidat recherché possède à la fois des connaissances en anthropologie biologique, en biologie moléculaire et en bioinformatique car le sujet de thèse est par essence pluridisciplinaire. Une candidate possédant ces différentes compétences a été identifiée grâce à un stage de Master 2 au laboratoire.
Extrait du descriptif :
Cette thèse a pour but d'étudier les flux de populations entre le nord et le sud de l'Asie Centrale afin de comprendre comment l'extrême diversité biologique et culturelle, qui caractérise aujourd'hui cette région, s'est mise en place. L'utilisation de données d'ADN ancien en Europe pour reconstituer l'histoire démographique des populations a permis de retracer les deux vagues migratoires, au début et à la fin du Néolithique (Skoglund et al. 2012, 2014, Gamba et al. 2014, Lazaridis et al. 2014, Allentoft et al. 2015, Haak et al. 2014). En particulier, à la fin du Néolithique, des populations des steppes (Yamnaya) ont irradié vers l'ouest de l'Europe et l'est de l'Asie. Nous testerons lors de cette thèse si des migrations de ces populations se sont également produites vers le sud de l'Eurasie. Nous nous focaliserons sur les événements qui se sont déroulés pendant le Néolithique et la Protohistoire, autour de la Mer Caspienne (Azerbaïdjan, Turkménistan, Ouzbékistan et Iran). Sept sites ...

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Structure (UMR) :
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie
Directeur de thèse :
Philippe Chambon
Sujet :
Trépanations crâniennes préhistoriques : de l'identification à l'interprétation
Equipe :
Anthropologie évolutive
Profil du candidat recherché :
bioanthropologue; des notions en paléopathologie constitueraient un plus. Maitrise de l'outils CT-scan
Extrait du descriptif :
Dès la fin du XIXe siècle, la communauté scientifique s'accorde à reconnaitre l'origine préhistorique de la trépanation crânienne. Cette opération, visant à ouvrir la voûte du crâne in vivo sans léser les structures cérébrales sous-jacentes, est en effet très tôt attestée par la multiplication des découvertes archéologiques. D'après ces données, c'est à partir du Néolithique que la trépanation crânienne est pratiquée avec une grande maitrise technique. Au début du XXe siècle, alors que l'archéologie se constitue progressivement en discipline scientifique, l'attention est avant tout portée sur l'objet lui-même, qu'il s'agisse du crâne ou du volet osseux extrait lors de l'opération. Les scientifiques de l'époque portent encore peu d'attention à la préservation des restes infra-crâniens ou aux contextes de découverte. L'héritage de cette période de profusion exploratoire est aujourd'hui représenté d'un côté par la richesse d'une collection de crânes trépanés et de volets osseux, conservé...

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Structure (UMR) :
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie
Directeur de thèse :
Frédéric Austerlitz : Aspects théoriques et développement de tests statistiques (33%)
Sujet :
Etude par modélisation de la sélection polygénique et application à la transition néolithique chez l'Homme et à la transition Andes/Amazonie chez les papillons ithomiines
Equipe :
Anthropologie Evolutive
Profil du candidat recherché :
Le candidat/La candidate doit avoir suivi une formation en génétique des populations et en statistique, et avoir de solides bases en programmation et en bio-informatique. Il/Elle doit monter un intérêt prononcé pour l'étude des populations humaines et leur évolution. Une certaine capacité d'expression orale et écrite en anglais est également requise.
Extrait du descriptif :
Contexte L'étude de l'adaptation des espèces à leur environnement est une question centrale en biologie évolutive. De nombreux tests statistiques ont été développés afin de détecter diverses signatures de sélection naturelle sur les données génétiques. Ces tests font en général l'hypothèse que la sélection agit sur un seul gène. Cependant de nombreux caractères sont multifactoriels : ils sont codés par plusieurs gènes ayant des effets plus ou moins forts sur le caractère. Ces gènes peuvent interagir de manière complexe, par exemple dans le cadre de réseaux de gènes. Les études empiriques de l'action de la sélection naturelle sur les données de génomique des populations se sont fondées jusqu'à présent essentiellement sur des tests monogéniques, étant donné que ce sont les seuls à disposition. Objectifs L'objectif de cette thèse est i) de développer un outil de simulation permettant de prédire l'évolution de ce type de gènes dans différents contextes de sélection et sous différents ...

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Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnement
Directeur de thèse :
Gaël CLEMENT, UMR 7207 MNHN/CNRS/UPMC, Département Origines et Evolution, MNHN
Sujet :
Etude morpho-fonctionnelle des nageoires pectorales du coelacanthe actuel Latimeria - considérations sur les modalités de la terrestrialisation des vertébrés
Equipe :
Formes & Fonctions
Profil du candidat recherché :
Le candidat recherché devra avoir de solides connaissances en biologie animale et en anatomie des vertébrés, particulièrement des sarcoptérygiens, ainsi que de l'évolution des principaux complexes anatomiques des vertébrés. Intérêts en techniques 3D appréciés.
Extrait du descriptif :
Le clade des sarcoptérygiens est composé des coelacanthes, dipneustes et tétrapodes. Une des caractéristiques anatomiques principales des sarcoptérygiens est la présence de nageoires ou pattes charnues à insertion monobasale. Les études paléontologiques, génétiques et développementales attestent d'une homologie des éléments osseux proximaux des nageoires pectorales des coelacanthes avec ceux des membres des tétrapodes. La coordination des nageoires des coelacanthes lors de la locomotion a fait depuis longtemps l'objet de nombreux travaux et débats. Du point de vue fonctionnel, les rares films obtenus dans les années 80, réalisés à partir de submersibles, ont mis en évidence une nage atypique chez Latimeria. A certaines vitesses de déplacement, les mouvements composés de battements diagonaux synchronisés des nageoires paires rappellent ceux des tétrapodes. De par la proximité phylogénétique entre coelacanthes et tétrapodes, ce mode de locomotion peut être hérité ou convergent. Les étu...

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Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Christian de MUIZON
Sujet :
Place des glyptodontes dans la phylogénie des Xénarthres : nouvelle approche de l'anatomie crânienne et prise en compte de l'intégration morphologique
Equipe :
CR2P, équipe 2 "Phylogénie et diversification des métazoaires"
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit avoir au préalable une solide connaissance de l'anatomie crânienne des mammifères, une formation solide dans le domaine des analyses phylogénétiques, ainsi qu'avoir suivi des enseignements en statistiques et morphométrie.
Extrait du descriptif :
Les glyptodontes sont un groupe emblématique de tatous éteints dont la position phylogénétique au sein des Cingulata (groupe des tatous) fait depuis longtemps l'objet de débats entre anatomistes. L'étude récente (Delsuc et al., 2016) d'un mitogénôme d'un des derniers représentants des glyptodontes suggère un positionnement inédit comme groupe frère des tatous nains et tatous tolypeutines actuels. Afin d'explorer plus en profondeur les hypothèses issues de la morphologie et d'évaluer la possibilité de congruences avec les données moléculaires, il est nécessaire d'étudier en détail l'anatomie du basicrâne et ses structures internes jusqu'ici largement laissées de côté. Ainsi, le télescopage de la région auditive fortement exprimé chez les glyptodontes, aussi présent chez les tatous nains, est un caractère intriguant au regard des données moléculaires. En complément, le sujet se propose de développer des analyses cladistiques innovantes sur les cingulés avec une prise en compte du problèm...

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Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Dominique Gommery (DR2 CNRS)
Sujet :
Les Strepsirhiniens et les rongeurs arboricoles du Miocène du Karamoja (Ouganda) : apport aux reconstitutions paléoenvironnementales.
Equipe :
Equipe 1 : Paléoécosystèmes : analyse, compréhension, évolution (PACE)
Profil du candidat recherché :
Le/La candidat/e devra au préalable avoir des connaissances en paléoprimatologie mais également une expérience dans l'étude des rongeurs (connaissances en anatomie dentaire par exemple). Il/Elle devra avoir eu une expérience dans la synthèse des résultats concernant l'anatomie du squelette cranio-dentaire et/ou postcrânien en lien avec des adaptations biologiques et fonctionnelles permettant des interprétations paléoenvironnementales.
Extrait du descriptif :
Contexte : Les niveaux volcano-sédimentaires miocènes du Karamoja étudiés lors de missions de l'Uganda Palaeontology Expedition (UPE-programme de l'UMR 7207) ont livré une faune fossile riche non seulement en nombre, mais aussi en diversité taxonomique dans les gisements de Napak (Miocène inférieur) et de Moroto (Miocène moyen). Ces gisements sont très importants car ils renferment des restes d'hominoïdes non-humains variés dont la taille, la morphologie et les adaptations suggèrent une diversité de niches écologiques. Associés à ces derniers, on trouve aussi des petits primates strepsirhiniens et une grande diversité de rongeurs. Les Strepsirhiniens et les rongeurs du Miocène inférieur et moyen d'Ouganda sont mal connus, mais leur étude (basée sur l'identification systématique et leurs adaptations alimentaires et locomotrices) devrait fournir des informations précieuses sur les paléoenvironnements car ils occupent des niches écologiques différentes et/ou complémentaires de celles de...

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Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Emmanuel Gheerbrant
Sujet :
Paleobiodiversité, évolution, et paléobiogéographie des vertébrés mésozoïques africains et gondwaniens : apport des gisements du Maroc Oriental
Equipe :
Equipe 2 - Phylogénie et diversification des métazoaires
Profil du candidat recherché :
Paléontologue apte aux collaborations et terrain; études spécialisées + transversales/globales des faunes et paléoécosystèmes (stratigraphie, paléoenvironnements, géodynamique). Tri, manipulations et dessins de microfossiles à la loupe binocculaire. Maitrise du traitement informatique des données CT scan (modélisation et images 3D) pour l'étude des spécimens les plus importants.
Extrait du descriptif :
Comprendre l'émergence des grands clades modernes de vertébrés terrestres au Mésozoïque se heurte aux lacunes fossiles considérables dans les continents gondwaniens. Ce sujet vise à combler ces lacunes par l'étude comparative de deux faunes africaines exceptionnelles de microvertébrés continentaux du Jurassique moyen et Crétacé basal, deux périodes clefs pour la diversification de grands clades modernes (e.g. lissamphibiens, squamates, mammifères). Ces faunes collectées dans le synclinal d'Anoual au Maroc sont les plus riches du Mésozoïque du Gondwana. Elles permettront, pour la première fois, d'étudier l'évolution de la biodiversité gondwanienne à la transition Jurassique-Crétacé (TJK), entre -160 et -140 millions d'années. L'hypothèse d'une crise de biodiversité fini-jurassique pourra être testée. Un autre objectif est de confronter les modèles biogéographiques (vicariance vs dispersions) de mise en place des faunes gondwaniennes et laurasiatiques au cours de cette même période, en...

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Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Keith Philippe, PR
Sujet :
Biodiversité, évolution et adaptations des téléostéens amphidromes
Equipe :
Dispersion larvaire et organisation en milieu austral et insulaire tropical
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir de bonnes connaissances en écologie/biologie des organismes aquatiques, en particulier des téléostéens. Des compétences dans l'étude des structures carbonatés et/ou phylogéographie seront appréciées.
Extrait du descriptif :
La diadromie caractérise les organismes aptes à migrer entre des biomes marins et d'eau douce tout au long des différents stades de leur vie. Il en existe plusieurs subdivisions : la catadromie (majeure partie de la vie passée en eau douce et migration vers la mer pour la reproduction), l'anadromie (majeure partie de la vie en eau de mer et migration vers l'eau douce pour la reproduction) et l'amphidromie (la migration entre l'eau douce et l'eau de mer ne se fait pas au moment de la reproduction). Cette dernière se présente sous deux formes distinctes : l'amphidromie d'eau douce, cycle de vie au cours duquel la reproduction s'effectue en eau douce et les larves sont temporairement marines avant de retourner en eau douce pour la croissance et la reproduction, et l'amphidromie marine, qui est l'inverse de l'amphidromie d'eau douce. L'amphidromie est un cycle de vie qui s'est développé aussi bien dans des régions tempérées que tropicales dans la zone Indopacifique. L'apparition d'espèces...

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Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Pascal Jean LOPEZ
Sujet :
Dynamique temporelle et rôles fonctionnels des communautés de microorganismes des caniveaux urbains
Equipe :
L'équipe d'accueil, intitulé « Evolution des Biominéralisations et Adaptations aux Contraintes Environnementales », travaille notamment sur la diversité des écosystèmes anthropisés tant en milieux tropicaux que tempérés. Cette équipe est aujourd'hui composée de 13 chercheurs/enseignants chercheurs dont 9 HDR. Le porteur du projet, directeur de l'Observatoire Hommes-Milieux Port-Caraïbe, s'intéresse plus particulièrement aux communautés de micro-algues.
Profil du candidat recherché :
Ces recherches permettront de compléter la formation d'étudiant(e) dans le domaine de l'écologie fonctionnelle. De bonnes connaissances en biologie des micro-organismes sont souhaitables.
Extrait du descriptif :
Le domaine de l'écologie urbaine qui est en plein essor depuis une vingtaine d'années a notamment permis de révéler la richesse des organismes vivants dans les zones urbaines et péri-urbaines. En effet, les espaces construits sont des habitats pour certains animaux sauvages, les plantes de jardins et ornementales, ainsi que les espèces et ravageurs déjà adaptées et/ou introduits (oiseaux, moisissures, insectes, rongeurs, parasites, mauvaises herbes ...). Les études portant sur la diversité et les rôles des microbiomes (procaryotes et protistes) des différents espaces naturels, naturalisables et ambivalents (toits, murs, espaces vierges, friches ...) restent plus relativement plus rares. Celles traitant des communautés associées aux substrats durs comme les monuments, les bâtiments, les arbres et d'autres lieux humides ont révélées une large diversité microbienne tant hétérotrophe que phototrophe (dont des cyanobactéries, algues vertes et diatomées). A notre connaissance, aucune étude n...

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Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Laure BONNAUD-PONTICELLI
Sujet :
Approche qualitative et quantitative de la neurogenèse au cours du cycle de vie de la seiche Sepia officinalis et influence de la lumière.
Equipe :
Developpement et Reproduction: Evolution, Adaptations, Régulations Groupe Evo-Devo des Céphalopodes
Profil du candidat recherché :
Le/la candidat.e devra avoir une bonne connaissance de la biologie du développement, de la physiologie et morphologie du système nerveux dans une optique comparative et évolutive
Extrait du descriptif :
Résumé : Le projet de recherche proposé porte sur la dynamique de la neurogenèse en lien avec les conditions environnementales, la lumière, chez la seiche, Sepia officinalis. Il s agit d étudier dans une perspective évolutive le système nerveux central (SNC) au cours de l embryogenèse et de la croissance pour tester 1) l hypothèse d une relation entre la neurogenèse et l acquisition des capacités cognitives 2) l impact de la lumière sur ces fonctions à différentes étapes du cycle biologique. Ce sujet prend son origine et constitue la suite d un projet EMBRC et d un projet franco-brésilien financé par Sorbonne Universités (Projet DYNA). Le processus de neurogenèse pendant le développement et la croissance donne aux organismes la capacité d'augmenter leurs performances et/ou de renouveler des cellules en sénescence. Bien décrit chez les vertébrés ce processus reste très largement méconnu chez les métazoaires non-vertébrés. Les céphalopodes grandissent de façon continue pendant leur v...

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Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Bruce Shillito, enseignant-chercheur (MCU), responsable d'équipe.
Sujet :
Métabolisme des lipides membranaires et modulation homéo-visqueuse en fonction de la pression hydrostatique, chez les crevettes profondes et littorales.
Equipe :
Adaptations aux Milieux EXtrêmes (AMEX, équipe 3). Equipe composée de 4 enseignants-chercheurs, 1 ingénieur en mécanique, 1 technicienne en biologie moléculaire.
Profil du candidat recherché :
Bonnes connaissances en Biochimie et métabolisme des lipides. Volonté de se former aux approches statistiques multi-variées. Formation en Océanographie biologique appréciée.
Extrait du descriptif :
Les membranes biologiques sont des assemblages complexes de lipides, de protéines et de polysaccharides. Elles peuvent être définies d'un point de vue biophysique par un certain nombre de propriétés mécaniques et notamment la fluidité membranaire, un élément crucial pour le fonctionnement cellulaire. Le comportement dynamique des membranes dépend directement de variables environnementales telles que la température et la pression, mais également la composition moléculaire, en particulier la composition en lipides (1, 2). La théorie homéo-visqueuse propose que chaque organisme adapte la composition moléculaire de ses membranes, en fonction des paramètres environnementaux (température, pression), afin de maintenir une fluidité "universelle" garante de leur bon fonctionnement (3). Ainsi il est classique d'observer chez les ectothermes des milieux froids une augmentation des proportions de chaines insaturées dans les phospholipides, pour compenser la rigidification des membranes par le froi...

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Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Pr MNHN Tarik Meziane
Sujet :
Impact de l'eutrophisation des estuaires à mangroves sur le devenir et la qualité nutritive de la Matière organique particulaire et la dynamique des gaz à effet de serre
Equipe :
Equipe 6 de l'UMR BOREA : souRcE et tranSfert de la matière organique en milieu AQUAtique - RESAQUA. Elle est dirigé par le professeur Tarik Meziane et comporte 4 HDR . Cette équipe, sur son site parisien, est spécialisée dans la caractérisation de la matière organique particulaire par des marqueurs lipidiques et isotopiques couplée à de l'expérimentation in-situ et sur le terrain. Gwenaël Abril (DR1 CNRS, HDR) rejoindra l'équipe à partir de septembre 2017. Il est actuellement en affectation à l'université UFF à Nitiroi (Rio de Janeiro) jusqu' à fin 2018 et permettra une gestion optimale de la partie terrain de thésard .
Profil du candidat recherché :
le candidat(e) devra avoir suivi un cursus avec des enseignements sur l'écologie et/ou la biogéochimie aquatiques et avoir des connaissances solides sur les techniques d'analyses des marqueurs de la matière organique.
Extrait du descriptif :
La mangrove d'estuaire, écosystème à fortes contraintes physiques (marées, tempêtes,..) abrite une diversité végétale et animale remarquable. Par ailleurs, et malgré la surface relativement modeste des mangroves dans le monde (environ 0,5% des zones côtières), ces zones humides sont très productives (à plus de 218 TgC.an-1) et participent significativement au maintien de fortes productions secondaires aquatiques. Les fortes biomasses des palétuviers et les propriétés physiologiques qui leur sont propres, malgré de faibles surfaces colonisées, font de cet écosystème un important réservoir de carbone, estimé à 15% du stockage global. De fait, les palétuviers mais aussi les sédiments des mangroves sont aujourd'hui reconnus comme des puits de captation de CO2 atmosphérique mais aussi des sources de carbone organique et inorganique pour les zones côtières intertropicales. Concernant l'autre gaz remarquable à effet de serre, le CH4, il persiste encore de nombreuses incertitudes sur son bilan...

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Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Nicolas Rabet HDR
Sujet :
Etude de la communication chimique entre le crabe (C. maenas) et son parasite la sacculine (S. carcini).
Equipe :
Equipe 4: Dispersion larvaire et organisation en milieu austral et insulaire tropical.
Profil du candidat recherché :
Nous recherchons une ou un candidat intéressé (e) par les processus évolutifs, très rigoureux et motivé. Le ou la candidat(e) devra avoir de bonnes connaissances en biologie animale, en hybridation in situ, et en immunohistochimie ainsi qu'en bio-informatique.
Extrait du descriptif :
Ce sujet propose d'étudier la communication entre l hôte et son parasite en deux volets ; a. la recherche active de son hôte par l olfaction de la larve de sacculine et b. comment le parasite modifie le fonctionnement de son hôte. Les crustacés cirripèdes présentent différents modes de vie : fixés sur un minéral (Balane), fixés sur un organisme vivant (baleine, gorgone, éponge) ou encore parasites (Sacculine). Les cirripèdes constituent à ce titre un groupe d'étude pertinent pour la compréhension des étapes-clés conduisant à l'apparition du parasitisme, phénomène essentiel dans l'évolution. Chez les cirripèdes rhizocéphales, la sacculine est l'espèce parasite la plus connue. En effet, Sacculina carcini est parasite du crabe vert (Carcinus maenas). Son cycle est connu : la larve femelle sacculine (kentrogone) vient se fixer sur un crabe en lui injectant un amas de cellules (vermigon; assimilable à des cellules souches) qui vont se développer sous forme de racine et envahir le corps d...

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Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
Joséphine Lesur
Sujet :
Introduction et diffusion du petit bétail en Afrique : approches moléculaires
Equipe :
SAPAA : Sociétés, animaux et plantes en Asie et en Afrique (dir. M. Mashkour)
Profil du candidat recherché :
Le candidat idéal possède de bonnes connaissances à la fois dans le domaine des Sciences du vivant (biologie et chimie) et un goût prononcé pour l'archéologie, de préférence africaine. Une expérience de fouilles et des connaissances en archéozoologie seraient un plus. La capacité à interagir avec des spécialistes de différents domaines (archéozoologues, massistes, biochimistes, etc.) serait vivement appréciée.
Extrait du descriptif :
L'engagement de la domestication animale est un tournant dans l'histoire des sociétés humaines. En Afrique, l'absence des ancêtres sauvages du mouton ou de la chèvre laisse supposer que les premiers caprinés domestiques ont été introduits depuis le Proche-Orient dès le 6e millénaire BC. Toutefois, les modalités de leur diffusion sur le continent africain sont encore mal connues pour deux raisons. D'une part, les similarités morphologiques entre le mouton et la chèvre et l'état souvent très fragmentaire des restes archéologiques ne permettent souvent pas d'identifier les ossements au-delà de la sous-famille. D'autre part, la mauvaise conservation des os a pour l'instant limité la possibilité de dater directement les restes de caprinés. Or, la connaissance des premières espèces introduites et leur datation donnerait de précieuses informations sur la dynamique des populations humaines pendant l'Holocène en Afrique. Le présent sujet de doctorat vise à documenter la diffusion de la domes...

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Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
Sandrine Grouard
Sujet :
Histoire biologique et culturelle de deux Rongeurs emblématiques des Petites Antilles : approches bioarchéologiques.
Equipe :
Milieux Littoraux, Ressources Aquatiques (C. Lefèvre)
Profil du candidat recherché :
Candidat ayant : - De solides connaissances en anatomie ostéologique crânienne et dentaire, - Une solide expérience dans l'analyse de données en particulier morphométriques et/ou moléculaires, - Une expérience en archéologie antillaise, - Un goût pour le terrain (qui inclura de longues sessions en entrepôts non climatisés), - Une formation aux analyses biogéochimiques serait un plus.
Extrait du descriptif :
Iles océaniques, les Petites Antilles n'ont jamais été reliées au continent Américain (Germa 2008) et la colonisation naturelle de l'archipel par des vertébrés non volants est particulièrement limitée. Certains squamates semblent les avoir colonisées à la nage et à la faveur des courants, ouragans et bois flottés (Morgan & Woods 1986). Les premiers restes archéologiques y attestant de la présence de rongeurs datent d'environ 500BC (Grouard 2010). Le statut de ces rongeurs est débattu : espèces natives et ayant colonisé les îles de manière naturelle (Miljutin 2010, Brace et al. 2015) ou espèces introduites par l'Homme (Grouard 2001, Wing 2001, Krigbaum et al. 2015). Deux taxons de rongeurs ont été identifiés en grand nombre dans les assemblages archéologiques (Grouard 2004) : rats piloris (Oryzomyini, Megalomys Trouessart 1881; Weksler 2006) et agoutis (Dasyproctidae, Dasyprocta Illiger 1811; Voss et al. 2001, Wilson & Reeder 2005). Les hommes ont pu être vecteurs de diffusion de ce...

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Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
Anne TRESSET : 30%. Orientation scientifique et encadrement général de la partie archéozoologique de la thèse, formalisation des questionnements sur les relations hommes/canidés et leurs contextes soc
Sujet :
Commensalisme et domesticité chez les canidés de l'Ancien Monde au Tardiglaciaire et à l'Holocène : approche bio-archéologique et morpho-fonctionnelle fondée sur les ossements animaux.
Equipe :
BEASTH FUNEVOL (dans UMR MECADEV)
Profil du candidat recherché :
Il est très souhaitable que le (la) candidat(e) soit déjà complètement autonome dans une des disciplines concernées (archéozoologie, morphométrie, anatomie fonctionnelle). Une bonne connaissance de l'ostéologie des mammifères et des bases assez solides en statistiques et en analyse des données sont également un pré-requis.
Extrait du descriptif :
Le but de cette thèse est de comparer à l'échelle plurimillénaire (de la fin du Paléolithique au début de l'Antiquité) l'évolution morphologique et morpho-fonctionnelle de deux espèces de canidés, l'une domestique (Canis familiaris, le chien), l'autre commensale (Vulpes vulpes, le renard roux) en relation avec l'évolution techno-économique des sociétés humaines auxquelles elles ont été associées. Présentes toutes deux à la fin du Pléistocène et à l'Holocène dans toute la zone Paléarctique ces espèces ont une longue histoire d'association avec l'homme, probablement fondée, à l'origine, sur une proximité des régimes alimentaires. Cette proximité a vraisemblablement induit, dans le cas de l'ancêtre sauvage du chien (le loup, Canis lupus) une forme de coopération avec l'homme, qui a pu être la base d'une relation plus intime, qui s'est mise en place à l'extrême fin du Pléistocène (la domestication, Morey et Jeger, 2015). Des études récentes, dans lesquelles l'une des équipes d'accuei...

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Structure (UMR) :
UMR 7221 Evolution des régulations endocriniennes
Directeur de thèse :
Barbara Demeneix
Sujet :
Impact de la perturbation thyroïdienne sur la plasticité des cellules souches neurales : approche comparée chez les vertébrés.
Equipe :
Intégration des réponses transcriptionelles induitent par les hormones thyroïdiennes et leurs récepteurs
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit avoir de solides connaissances en biologie cellulaire, moléculaire et/ou en biologie animale. Une expérience de travail sur des modèles animaux (études in vivo) et/ou en culture cellulaire (études in vitro) sera appréciée. Enfin, le candidat devra faire preuve de motivation quand à l'utilisation d'outils bioinformatiques afin de réaliser des études comparatives.
Extrait du descriptif :
Nous étudions le rôle de la fonction thyroïdienne dans le développement du cerveau des vertébrés. D'une part, nous étudions le rôle de la signalisation médiée par les hormones thyroidiennes (HT) dans la neurogenèse et la physiologie des cellules souches neurales (CSN) au sein de la Zone Sous-Ventriculaire (SVZ) chez la souris adulte. D'autre part, nous étudions la perturbation de la signalisation thyroïdienne par les polluants environnementaux chez le xénope. Nous avons mis en évidence des résultats clefs dans les deux domaines. En ce qui concerne la neurogenèse, nous avons montré que les HT favorisent l'engagement des CSN vers un destin neuronal (Lopez-Juarez, 2012 ; Remaud et al, en révision). Récemment, nous avons montré in vivo que la génération des futurs oligodendrocytes, qui forment la gaine de myéline autour des neurones, à partir des CSN implique une fenêtre temporelle sans HT (Remaud et al, en révision). Ainsi, une réponse différentielle des CSN à la signalisation thyroïd...

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Structure (UMR) :
UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins
Directeur de thèse :
Yves Desdevises, PR UPMC
Sujet :
Déterminants de la spécificité des ectoparasites de téléostéens méditerranéens : rôle du microbiote externe
Equipe :
Interactions marines - Evolution et aDaptation (INTERMED) Yves Desdevises PR UPMC Sophie Sanchez, MCF UPMC Elodie Magnanou, IR CNRS, HDR Il s'agit d'une nouvelle équipe, tout juste créée au sein de l'UMR 7232 BIOM. Nous étudions les interactions biotiques en milieu marin, pour aborder des questions liées à la biologie de l'évolution des partenaires qui composent ces associations symbiotiques (au sens originel, qui englobe les situations de parasitisme, mutualisme, commensalisme). En particulier, nous nous focalisons sur les patrons évolutifs et coévolutifs dans les associations, afin de mettre en évidence les adaptations (et/ou phénomènes de plasticité phénotypique) liées au mode de vie en interaction. Ces adaptations sont explorées à différents niveaux : morphologiques, moléculaires, comportementaux, ... Nous comparons aussi les symbiontes spécialistes (à un seul hôte) et généralistes (à plusieurs hôtes), permettant ainsi de mieux comprendre les déterminants de la spécificité.
Profil du candidat recherché :
Nous cherchons un(e) candidat(e) ayant un intérêt et une connaissance des interactions biotiques. Il est aussi nécessaire qu'il/elle possède une connaissance des approches moléculaires d'analyse de la diversité et l'évolution. Le(a) doctorant(e) devra aussi avoir un goût prononcé pour le travail de terrain, et pour l'analyse bioinformatique et statistique des données. Une expérience en parasitologie des poissons est un atout, mais la durée de la thèse permet de l'acquérir. Le(a) doctorant(e) devra avoir le gout du travail en équipe, pour interagir de avec plusieurs groupes de recherche (INTERMED, Microbiologie, Services de l'OOB, UPVD), et surtout posséder un bon degré d'autonomie afin de rapidement faire de ce travail de thèse son propre projet et d'être capable de décider des thématiques qu'il/elle désirera approfondir.
Extrait du descriptif :
Toutes les espèces sont impliquées dans des associations symbiotiques, ou interactions durables (Combes 1995), primordiales pour le fonctionnement des écosystèmes (Lafferty et al. 2008). Les symbiontes (au sens initial : parasites, mutualistes, commensaux) sont impliqués dans une relation très intime avec leur(s) hôte(s), ce qui en fait des cibles de choix pour identifier et étudier des adaptations à leur environnement (l'hôte). En outre, l'environnement-hôte évolue d'une façon qu'il est possible de retracer d'une manière assez précise. Ce projet concerne une association constituée de poissons téléostéens du Golfe du Lion et de leurs ectoparasites plathelminthes monogènes. Ces ectoparasites ont un cycle direct et ne dépendent que de leur hôte pour lequel ils sont généralement très spécifiques. Les larves de ces parasites repèrent leurs hôtes grâce à des stimuli chimiques liés au mucus externe de ces hôtes. Ainsi, l'attractivité chimique des larves de monogènes par le mucus de leurs hô...

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Structure (UMR) :
UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins
Directeur de thèse :
Gwenaël PIGANEAU
Sujet :
Signatures génétiques et métabolomiques de l'immunité antivirale dans les microalgues du phytoplancton
Equipe :
GENOPHY : Génomique Evolutive et Environnementale du Phytoplancton (3 HDR)
Profil du candidat recherché :
Un candidat avec de l expérience en biologie et/ou en chimie organique avec un intérêt pour les statistiques et l analyse de données, ou un candidat avec de l expérience en mathématiques appliquées à la biologie avec un fort intérêt pour la microbiologie.
Extrait du descriptif :
Le phytoplancton eucaryote est à la base de la chaine alimentaire dans la plupart des écosystèmes côtiers. Ces populations de microalgues entretiennent des populations virales, qui peuvent avoir un fort impact sur la structure et la dynamique des communautés phytoplanctoniques. Nous avons récemment mis en au point un système expérimental permettant de suivre l évolution de la résistance aux virus dans le système Mamiellophyceae- prasinovirus(1). L acquisition de la résistance virale est associée à une modification importante de la transcription de 2% des gènes du génome de la microalgue O. tauri. Nous avons également séquencé les génomes de microalgues ayant des profils immunitaires variables, de susceptible à résistant aux prasinovirus isolés dans le même milieu naturel(2). La fonction de la majorité des gènes dont l expression ou la diversité génétique peuvent être associée à la résistance virale est inconnue, ce qui limite fortement notre compréhension des mécanismes moléculaires im...

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Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
Isabelle Domart-Coulon (MC MNHN)
Sujet :
Echanges trophiques dans l'holobionte Démosponge photosymbiotique.
Equipe :
Equipe Molécules de Défense et de Communication dans les Ecosystèmes Microbiens (MDCEM)
Profil du candidat recherché :
Biologiste - Microscopiste, avec formation en chimie analytique (méthodes d'extraction et purification de pigments, d'acides gras, et de petites molécules à spectre de polarité large). Goût pour les statistiques. Aptitude aux expérimentations en aquarium.
Extrait du descriptif :
Les endosymbioses bactériennes à partenaires multiples sont caractéristiques de nombreuses Démosponges, notamment parmi les Haplosclérides marines. Si les analyses taxonomiques de la diversité des microbiomes associés sont en plein essor, le fonctionnement de ces holobiontes reste un domaine sous-exploré, en particulier en ce qui concerne le rôle potentiel de leurs cyanobactéries symbiotiques dans l'assimilation photosynthétique du carbone et son transfert à l'hôte animal. Il a été récemment établi que les éponges ont un rôle important dans le recyclage de la matière organique dissoute des écosytèmes récifaux oligotrophiques, mais leur rôle dans la fixation directe du carbone inorganique reste à éclaircir. Les interactions trophiques dans l'holobionte sont difficiles à établir par les méthodes traditionnelles de fractionnement et d'analyse chimique qui sont limitées par la biomasse disponible et les contaminations possibles entre types cellulaires. De nouvelles approches analytiques ...

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Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
Coralie MARTIN
Sujet :
Rôle de MIF (Macrophage Migration Inhibitory Factor) dans l'adaptation des filaires à leur hôte vertébré
Equipe :
Equipe Biodiversité et Adaptation des Microorganismes Eucaryotes à leur Environnement (BAMEE)
Profil du candidat recherché :
Le candidat aura des connaissances en interactions hôte-parasite (nématodes) et des compétences techniques en biologie moléculaire et cellulaire
Extrait du descriptif :
Les filaires sont des nématodes parasites tissulaires et vasculaires de nombreux vertébrés terrestres. Actuellement, plus de 150 millions de personnes sont atteintes de filarioses (filariose lymphatique, onchocercose, loase) dans les régions tropicales et subtropicales. En 2015, le prix Nobel de médecine a été décerné à W. Campbell et S. Omura pour leur découverte de l'ivermectine, le médicament antifilarien utilisé dans les programmes de traitement de masse. Malgré ce traitement de masses, le contrôle et l'éradication de ces maladies n'ont pas été réalisés. Le cycle biologique du parasite nécessite le passage par un arthropode vecteur hématophage. La transmission à l'hôte définitif s'effectue par pénétration transcutanée du stade L3. Les L3 atteignent le stade adulte, mâle et femelle, en effectuant 2 mues. Les filaires s'accouplent pour donner naissance à de nouvelles larves appelées microfilaires (ou L1). Les L1 sont récupérées par le vecteur lors de son repas sanguin. Deux mues se ...

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Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
Caroline Kunz
Sujet :
Rôles de polycétides fongiques issus des PKS-NRPS de l'endophyte Acremonium zeae dans un modèle d'interaction tripartite endophyte-plante-pathogène
Equipe :
Chimie des Produits Naturels Fongiques
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra justifier d'un Master en biochimie, ou en microbiologie. Une expérience en chimie analytique (spectrométrie de masse) serait appréciée.
Extrait du descriptif :
Contexte scientifique Le champignon filamenteux Acremonium zeae, un endophyte du maïs, possède une activité inhibitrice contre les pathogènes de cette plante [1]. Son rôle protecteur pour la plante serait notamment dû à sa capacité à produire les pyrrocidines, des molécules antifongiques [2]. L'association de trois organismes : champignon endophyte (A. zeae) ' plante hôte (maïs) ' pathogène fongique (Fusarium verticillioides), constitue un modèle tripartite de choix pour l'étude de la communication chimique mediée par les pyrrocidines. Afin d'appréhender le rôle joué par les pyrrocidines dans cette interaction, il est primordiale d'identifier les gènes de biosynthèse codant pour les enzymes impliquées dans la biosynthèse des pyrrocidines. La structure des pyrrocidines permet de suggérer que ce sont des mégaenzymes de type polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase (PKS-NRPS). Des études menées sur certaines PKS-NRPS hybrides ont par ailleurs montré que ces mégasynthases pou...

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Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
Pr. Isabelle Florent, UMR7245 CNRS-MNHN, Equipe BAMEE
Sujet :
Interaction Giardia/Lactobacilles : action des Bile-Salt-Hydrolases de Lactobacilles sur le parasite Giardia duodenalis
Equipe :
BAMEE, Biodiversité et Adaptation des Microorganismes Eucaryotes à leur Environnement. Eq BAMEE : Pr. Philippe Grellier, Soraya Chaouch (IE-cytométrie en flux et Q-PCR), Amandine Labat (T), Cyril Willig (IE, Microscopies), Dr. M. Gèze (Microscopies), Lisy Raveendran (AT), Dr. Elisabeth Mouray (AI). En collaboration : Dr. Luis Bermudez et coll. Equipe ProbiHôte (Micalis, INRA), lactobacilles probiotiques ; Dr. Bruno Polack et coll. Equipe PARALIM (UMR BIPAR, ENVA, Anses, INRA), modèles in vivo de la giardiose.
Profil du candidat recherché :
M2 en biologie cellulaire / biologie moléculaire / biochimie / parasitologie / microbiologie.
Extrait du descriptif :
Giardia duodenalis (syn. G. lamblia, G. intestinalis) est un protozoaire parasite responsable de la giardiose, une pathologie intestinale qui peut être mortelle. Présent dans les environnements sous forme de kystes, Giardia infecte les humains et les animaux dans les pays en développement et les pays développés. La forme trophozoite, proliférative et responsable des effets pathogènes, se développe dans les intestins des hôtes où elle cohabite avec le microbiote intestinal. La littérature récente documente que ce microbiote et/ou certaines souches probiotiques, protègent les hôtes contre des infections par Giardia, mais les mécanismes protecteurs sont très mal connus. Au laboratoire, nous avons ces dernière années cherché à comprendre comment les surnageants de la bactérie probiotique Lactobacillus johnsonii La1 (LjLa1) bloquent la prolifération du parasite in vitro et in vivo, résultats décrits dans la littérature (Pérez et al., 2001 ; Humen et al., 2005). En combinant des approc...

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Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
COMTE Katia
Sujet :
Epibionte microbien aérophytique de mousses en région tempérée. Diversité et interactions symbiotiques.
Equipe :
CCE (cyanobacteries, cyanotoxines et environnement)
Profil du candidat recherché :
Le(a) candidat(e) devra avoir de solides connaissances en écologie microbienne et en biologie des organismes et notamment symbiotiques. Une connaissance des méthodes analytiques de pointe (LC/MS) ou en génomique environnementale (NGS) sera privilégiée.
Extrait du descriptif :
En l'absence de système racinaire, les Bryophytes (mousses terrestres) absorbent sur toute leur surface les nutriments issus des dépôts atmosphériques secs et humides, et sont ainsi capables de capter efficacement les macro et oligo-éléments indispensables à leur croissance, tout en retenant simultanément, un grand nombre de composés non essentiels (i.e. métaux lourds). En raison de cette captation effective d'éléments atmosphériques, celles-ci sont couramment utilisées en biosurveillance de la qualité de l'air, en tant que bioaccumulateurs d'éléments métalliques traces (Ininbergs et al., 2011) et de composés azotés. De nombreuses études dont le dispositif BRAMM (Biosurveillance des Retombées Atmosphériques Métalliques par les Mousses) réalisé au MNHN (Leblond-service SPN) ont montré l'adéquation des mousses avec la cartographie des dépôts élémentaires à l'échelle régionale et internationale, et la localisation des sources de métaux. Bien que des études récentes (Harmens et al., 2014...

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Structure (UMR) :
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim
Directeur de thèse :
François Guyot
Sujet :
Biominéralisation par les microorganismes hyperthermophiles
Equipe :
Géobiologie
Profil du candidat recherché :
Chimiste, microbiologiste, minéralogiste ou géologue désireux de se former à l'interdisciplinarité requise par les études de biominéralisation
Extrait du descriptif :
Biosignatures des archaea hyperthermophiles dans les cheminées hydrothermales Dir : François Guyot Les organismes ayant leur optimum de vie à des températures de plus de 80°C (hyperthermophiles) sont une composante encore très mal connue de la biodiversité dont le rôle écologique et géochimique reste largement à déterminer. Les candidats les plus hyperthermophiles connus à ce jour ont été découverts dans les fonds océaniques au plus près des évents de fluides hydrothermaux chauds. Certains ont pu être cultivés en laboratoire jusqu'à 113°C (Pyrolobus Fumarii) ce qui constitue la limite thermique actuellement la mieux reconnue du vivant (quelques indications de vie active existent jusqu'à 122°C mais sont encore controversées). Cette température limite observée en laboratoire ne traduit d'ailleurs pas nécessairement la température effective optimale de ces archaea dans leur milieu naturel. Le but de ce travail de thèse est de déterminer par une approche expérimentale ainsi que pa...

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Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
Mathieu Molet
Sujet :
Mise en évidence et implication du continuum reine-ouvrière dans l'adaptation et l'évolution des fourmis face aux changements environnementaux.
Equipe :
Interactions Sociales dans l'Evolution
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit être titulaire d'un Master 2 en écologie et disposer de solides connaissances en évolution. Il doit justifier d'une expérience pratique au travers de stages en écologie. Aucune expérience particulière sur le modèle insectes sociaux n'est demandée. Un bon niveau en anglais rédactionnel est apprécié ainsi qu'un intérêt pour les analyses statistiques.
Extrait du descriptif :
Face aux changements environnementaux, les populations peuvent se déplacer vers un habitat favorable ou s'adapter par plasticité phénotypique et/ou par adaptation génétique. La plasticité phénotypique est très forte chez les fourmis. Leurs colonies voient typiquement coexister une reine et des ouvrières. Ces deux castes sont considérées comme un des meilleurs exemples de polyphénisme, c'est-à-dire de réponse plastique discrète du développement à des variations environnementales continues. Les phénotypes très divergents et complémentaires de ces castes permettent une division des tâches efficace, clé du succès écologique des fourmis. Une autre caractéristique des fourmis est leur impressionnante biodiversité. Les 14000 espèces décrites occupent des habitats et traits très variés et ont des traits d'histoire de vie tout aussi divers, notamment en termes de régime alimentaire. Ceci est lié à des évolutions multiples et indépendantes de nouvelles castes telles que reines sans ailes ou sold...

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Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
Jean-François Le Galliard, CNRS
Sujet :
Hétérogénéité individuelle de la croissance corporelle et dynamique des populations structurées par la taille
Equipe :
Variabilité phénotypique et adaptation (VPA), Directeur: Tom van Dooren (CNRS) http://ieesparis.ufr918.upmc.fr/spip.php?article273&lang=en
Profil du candidat recherché :
Le (la) candidat(e) recherché(e) devra avoir de solides connaissances en démographie, analyses numériques, et méthodes statistiques, et des bonnes connaissances en écologie évolutive et écologie animale. Une très bonne maîtrise des approches mathématique de biologie des populations et la maîtrise des outils statistiques (modèles mixtes) sont demandés du fait des modèles et des analyses complexes qui seront développés au cours du projet. L'étudiant(e) devra participer au suivi annuel des populations afin de contribuer à la constitution des bases de données à long terme (environ 2 semaines à 1 mois par an).
Extrait du descriptif :
La variabilité phénotypique dans les populations naturelles s'exprime par des différences de performances physiologiques, de comportements et de stratégies démographiques. En biologie des populations, il est classique de traiter cette variation comme un bruit aléatoire autour d'une moyenne. Des travaux récents rompent cependant avec cette vision et s'attachent à comprendre les effets écologiques de l'hétérogénéité individuelle. Ce projet s'inscrit dans la continuité de ce récent changement de regard en considérant les rétroactions entre la variabilité interindividuelle de taille corporelle et la dynamique de population. La taille corporelle est un déterminant majeur de l'histoire de vie des plantes et des animaux (1). Variable dès la naissance, la taille d'un organisme croit généralement au cours de la vie selon des modes très différents entre espèces (2). La plupart des organismes à croissance continue sont capables d'atteindre au laboratoire des taux de croissance supérieurs à ceu...

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Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
Jacques Gignoux
Sujet :
Modélisation de la dynamique du couvert arboré en savane : impact du feu sur la séquestration du carbone et la stabilité de la savane à long terme
Equipe :
Ecologie intégrative: des mécanismes aux services écosystémiques
Profil du candidat recherché :
Ecologie végétale, modélisation mathématique et informatique
Extrait du descriptif :
Les savanes sont caractérisées par la coexistence stable d'herbes et d'arbres. La dominance relative de ces deux formes de plantes est contrôlée par la compétition pour les ressources (eau, lumière, nutriments), l'herbivorie, les feux de brousse. Suivant les régions du globe, l'un ou l'autre de ces facteurs peut apparaître comme dominant, mais dans la plupart des cas plusieurs sont en interaction, ce qui rend très difficile l'analyse de la stabilité des savanes. Par exemple, W. Bond a identifié en Afrique australe trois principaux régimes de fonctionnement, qu'il a qualifiés de « vert », « brun » et « noir », correspondant à une dominance de la compétition pour la lumière (milieu dominé par les arbres, donc vert), de l'herbivorie (milieu dominé par les grands mammifères, donc brun) et par le feu (noir). Ces trois régimes ont des flores différentes et il se produit régulièrement des basculements de l'un à l'autre en fonction des fluctuations du climat, des populations d'herbivores et de...

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Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
Barny Marie-Anne
Sujet :
Présence dispersion et diversité des entérobactéries phytopathogènes pectinolytiques dans l'environnement, impact sur l'émergence des épidémies et sur l'évolution des souches pathogènes
Equipe :
L'équipe Communautés microbiennes dans les écosystèmes continentaux (CoMIC) est une des équipes de l'Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris) qui réunit 6 chercheurs et enseignant-chercheurs dont les objets d'étude sont les communautés microbiennes des écosystèmes continentaux. Les travaux de cette équipe sont développés avec la volonté 1) D'inscrire ses travaux dans un cadre théorique et conceptuel solide 2) De prendre en compte diverses échelles d'étude, allant par exemple, du gène à l'étude du fonctionnement des écosystèmes 3) De s'intéresser à l'ensemble des systèmes continentaux (terrestres et aquatiques) 4) De s'appuyer à la fois sur des approches de terrain et sur des expérimentations en milieux contrôlés 5) D'utiliser les outils de la biologie moléculaire, en particulier les nouvelles approches de séquençage à haut débit et la PCR quantitative.
Profil du candidat recherché :
Compétences recherchées en microbiologie/bactériologie, analyse statistique. Les compétences en analyses phylogénétique et analyse comparative de génomes seraient un plus. Intérêt pour la recherche de terrain et en laboratoire, capacité à présenter ses résultats de manière synthétique, goût pour le travail en équipe.
Extrait du descriptif :
Les entérobactéries pectinolytiques (EBP) appartenant aux genres Dickeya et Pectobacterium sont des bactéries phytopathogènes à large spectre d'hôte attaquant la majorité des familles botaniques, incluant des plantes d'intérêt agronomique comme la pomme de terre ou l'endive. Les EPB utilisent un cocktail d'enzymes impliquées dans la dégradation de la paroi cellulaire végétale comme principal facteur de virulence expliquant les symptômes de pourriture observés sur les plantes. Il existe une large communauté scientifique s'intéressant aux EBP pathogènes sur plantes, de nombreux génomes de souches pathogènes sont séquencés et l'émergence de nouvelles souches épidémiques est régulièrement observée. Les mécanismes conduisant à l'émergence des ces souches épidémiques sont mal compris et nous faisons l'hypothèse que les réservoirs environnementaux non hôtes sont des éléments clés du processus d'émergence. Afin d'appréhender les processus d'émergence, nous cherchons au sein de l'équipe CoMic ...

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Structure (UMR) :
UMR 8227 Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins
Directeur de thèse :
Catherine LEBLANC (CR CNRS, HdR)
Sujet :
Rôle biologique et structure/fonction des enzymes du métabolisme halogéné dans les interactions algues-bactéries
Equipe :
Biologie des algues et interactions avec l environnement, Responsable C. Leblanc
Profil du candidat recherché :
Master 2 biochimie et/ou biologie structurale des protéines Bases solides en biologie moléculaire, expression hétérologue bactérienne et biochimie/enzymologie. Des connaissances dans l'un ou plusieurs domaines suivants seront appréciées : génétique bactérienne, phylogénie, transcriptomique, métabolomique, cristallographie.
Extrait du descriptif :
Dans leur environnement marin, les grandes algues marines utilisent les halogénures, tels que le bromure et l'iodure naturellement présents dans l'eau de mer, pour la production d'une large variété de composés halogénés, qui contribuent aux processus de défense et de signalisation. L'halogénation permet d'augmenter les activités biologiques des molécules. Chez les algues brunes, les laminaires présentent un métabolisme de l'iode unique dans le monde vivant, qui leur permet de se défendre très efficacement contre les agressions biotiques et de contrôler le biofilm bactérien à leur surface [1]. Certains organismes épiphytes peuvent tolérer ces conditions de vie très particulières, comme la flavobactérie marine Zobellia galactanivorans, capable de dégrader la paroi des macroalgues brunes. Nous avons ainsi découvert qu'elle possédait des haloperoxydases à vanadium (vHPO) spécifiques de l'oxydation de l'iode, tout comme l'algue brune Laminaria digitata à laquelle cette bactérie est inféodée...

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Structure (UMR) :
UMR 9191 Evolution, Génomes, Comportement et Ecologie
Directeur de thèse :
Olivier Dangles
Sujet :
Impact de la diversité des paysages agricoles sur les services écosystémiques assurés par l'entomofaune: le modèle Lupinus mutabilis dans les Andes équatoriennes
Equipe :
Diversité, Ecologie et Evolution des Insectes Tropicaux
Profil du candidat recherché :
Le candidat recherché possèdera un Master en écologie ou agronomie, une expérience en programmation et statistiques avec R, ainsi que de bonnes connaissances en SIG (QGIS, ArcGIS, ...) et en entomologie. Le candidat portera un intérêt pour les approches scientifiques à l'interface écologie-sociétés et sera formé à la valorisation dans des publications internationales. C'est pourquoi le candidat devra posséder une maîtrise de l'anglais, ainsi que de l'espagnol et une bonne aptitude au travail en équipe et dans les pays du sud (Andes).
Extrait du descriptif :
Le développement d'agroécosystèmes durables et résilients est une nécessité pour nourrir une population humaine en croissance. Cependant, le modèle d'agriculture conventionnelle ne considère que peu les services écosystémiques rendus par les paysages agricoles pour se focaliser principalement sur la productivité. La prédominance du modèle conventionnel s'accompagne d'une simplification du paysage à l'échelle globale, engendrant une réduction importante de l'agrobiodiversité et des services écosystémiques associés à l'agriculture (contrôle de ravageurs, pollinisation, etc.). Récemment, un nombre croissant d'études se sont intéressées à la compréhension des relations entre l'entomofaune associée aux agroécosystèmes et la structure du paysage, mais une absence de consensus persiste au sein de la communauté scientifique. Ceci est dû en partie au fait que la majorité des études aient été menées dans des agroécosystèmes tempérés présentant un paysage généralement simple, composé d'une divers...

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Structure (UMR) :
USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation
Directeur de thèse :
Michel Sablier - USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation
Sujet :
Caractérisation des cires de lutage présentes dans les collections en fluides du Muséum National d'Histoire Naturelle
Equipe :
Centre de Recherche sur la Conservation (CRC) USR 3224 « Nouveaux développements en analyse structurale appliqués aux biens culturels »
Profil du candidat recherché :
Le(la) candidat(e) aura de préférence une formation spécialisée en chimie analytique avec de bonnes notions en méthodes séparatives et en spectrométrie de masse. La connaissance des problématiques liées à la conservation des matériaux du patrimoine sera appréciée.
Extrait du descriptif :
L'objectif de la thèse sera de développer un protocole permettant le typage des cires utilisées pour le lutage des collections en fluide du MNHN en utilisant des méthodes modernes de séparation chromatographique et de détection par spectrométrie de masse. L'intérêt de leur description exhaustive en conservation se justifie par la diversité de l'utilisation des cires qui embrasse de nombreux domaines historiques, archéologiques ou techniques, par la diversité de leur origine : insectes, plantes, sebum ou spermaceti, et par la nécessité de comprendre les phénomènes prévalant lors de leur vieillissement. En effet, si les cires, animales ou végétales, ont été largement étudiées depuis l'avènement des méthodes séparatives, leur caractérisation n'en consiste pas moins un challenge analytique. La difficulté inhérente à leur analyse tient à la diversité de leurs familles de composants : alcanes, alcènes, diènes, acides, alcools, esters longues chaînes éventuellement hydroxylés, polyesters. De...

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Structure (UMR) :
USR 3579 Laboratoire de bioDiversité et biotechnologies microbiennes
Directeur de thèse :
Lebaron Philippe
Sujet :
Réponse fonctionnelle des communautés bactériennes à l'impact des radiations UV et des filtres solaires
Equipe :
Biodiversité et Biotechnologies microbiennes
Profil du candidat recherché :
candidat issu d'une formation générale en biologie moléculaire et microbiologie avec des compétences en bioinformatique et un excellent niveau d'anglais (IELTS, score 6/9 obligatoire pour inscription a Stirling) ou meme un anglophone, car l'inscription a Stirling est obligatoire.
Extrait du descriptif :
Au cours des 20 dernières années, la consommation individuelle de produits de santé n'a cessée d'augmenter (savons, shampoings, dentifrices, lotions de lavage, répulsifs, filtres solaires,..), ce qui a pour conséquence des rejets de plus en plus importants de ces produits dans l'environnement. Ils peuvent être rejetés par le biais des eaux usées ou par le rejet direct dans l'environnement. Les filtres solaires font partie des produits qui sont rejetés via les eaux grises et les stations d'épuration mais aussi et surtout via la baignade. Ils représentent une large diversité de molécules qui adsorbent tout ou partie des rayons UV et qui sont souvent présentes sous forme de mélanges. Leur impact sur les écosystèmes marins, sur la vie aquatique, sur les bactéries et/ou les mammifères est très mal connu. Une étude préalable réalisée durant l'été 2016 dans la baie de Banyuls/mer à permis d'identifier 3 molécules dominantes en période estivale. L'objectif de ce travail sera d'étudier la répo...

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Structure (UMR) :
USR 3579 Laboratoire de bioDiversité et biotechnologies microbiennes
Directeur de thèse :
Didier Stien
Sujet :
L'infection de termites par le champignon Pseudallescheria sp. est-elle une symbiose mutualiste pérenne ?
Equipe :
LBBM, Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-mer
Profil du candidat recherché :
Ce sujet de thèse est largement interdisciplinaire, à l'interface entre chimie analytique/produits naturels et l'ecologie microbienne/génomique. L'un ou l'autre des profils, une grande ouverture d'esprit et un intérêt pour les outils informatiques d'analyse de données (pipeline d'analyse génomique, analyse métabolomique) sont recherchés.
Extrait du descriptif :
Au-delà des symbioses trophobiotiques, les interactions entre termites et micro-organismes semblent diverses et multifonctionnelles, bien que peu de travaux aient été menés sur les termites par rapport aux fourmis, par exemple.[1-3] Dans un travail préliminaire, nous avons isolé 6 souches identifiées comme Pseudallescheria sp. provenant de 3 espèces de termites différentes, soit en collectant des morceaux de nid ou des termites ouvriers.[2] Or à ce moment-là nous n'avions effectué aucune analyse de communauté microbienne, et les sites de collecte avaient été sélectionnés au hasard. S'il était surprenant d'isoler 6 souches de Pseudallescheria sp. de 3 nids, nous avons étudié plus spécifiquement ces souches car la plupart d'entre elles présentaient des propriétés antifongiques marquées. Nous avons démontré qu'elles produisent un antifongique puissant, la tyroschérine,[2] ainsi que de l'ovalicine et de nombreux analogues de ces deux métabolites (non publié). Toutes ces données, bien qu...