Concours ED 227 (2018)

Déposer votre candidature

Début des candidatures, le 04/04/2018
Fin des candidatures, le 21/05/2018

Liste des sujets
Structure (UMR) :Sujet :
UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae Combining population genomic and experimental studies to understand habitat shift of red seaweeds under the impact of human pressure and global change
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance La gestion des communs maritimes. Territoire, organisation et gouvernance aux Marquises
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance Appropriations rivales des espaces et des ressources. Pêches artisanales et planification spatiale maritime au Maroc
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance SAVOIRS LOCAUX ET INDICATEURS ENVIRONNEMENTAUX : L'AGRICULTURE DES CAIÇARAS (MATA ATLANTICA, ETAT DE SÃO PAULO, BRESIL) FACE AUX CHANGEMENTS GLOBAUX
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Impact des variables climatiques sur les successions saisonnières du plancton en Manche occidentale (série temporelle SOMLIT-Astan, Roscoff)
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Rôle du fer dans la différentiation écotypique et la structure des communautés de cyanobactéries marines du genre Synechococcus (FITNESS)
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Diversité et fonctionnement des communautés de substrats durs en milieu portuaire : rôle des espèces introduites dans un contexte de changement climatique (PorDiFo)
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin Caractérisation des relations génotype/phénotype chez l'huître plate Ostrea edulis dans un contexte de sélection génétique
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Cycle de vie des éléphants de mer austraux (Mirounga leonina) : contraintes énergétiques et stratégies individuelles au cours de la mue
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Biomécanique comparative des os longs chez les Rhinocerotoïdea modernes et fossiles
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Influence des forces mécaniques dans l'évolution : des premiers stades de développement aux traits d'histoire de vie, le cas du cou des oiseaux
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV Diversifications altitudinales et origines biogéographiques de l'entomofaune des montagnes du nord de la Thaïlande
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV «OUTLYER (OiseaU Tiques LYmE Risque) : Amélioration de la compréhension du rôle des oiseaux dans la circulation de la maladie de Lyme en France »
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Évolution du cours de la Loire au Pléistocène et relation avec la géodynamique et les peuplements anciens du sud du bassin de Paris
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Régimes alimentaires et évolution des capacités cognitives liées à la recherche de nourriture chez les primates actuels et les hominines fossiles
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Préhistoire ancienne de l'Afrique occidentale : les sites côtiers de Dungo en Angola (2-0,4 Ma)
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique Invariants et innovations des comportements de subsistance chez les Néanderthaliens et les Homo sapiens dans le bassin carpatique : taphonomie des vestiges fauniques et interface os/lithique
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes Etude des mécanismes évolutifs et des fonctions associés aux séquences centromériques de primates
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Migration et spéciation de deux oiseaux co-distribués dans le Paléarctique
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO Réforme des institutions et efficacité des politiques de conservation de la biodiversité en France
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO L'utilisation des pollinisateurs en agriculture. Ethnographie du service de pollinisation en France.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Les corallines face au changement global, quel futur ? Analyse de leurs dynamiques de diversification et démographique
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Apport de l'ADN ancien dans l'étude de l'émergence et de l'évolution des bactéries pathogènes des cultures.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Confronter les théories sur l'origine de la biodiversité dans un hotspot : biogéographie et dynamique de diversification d'insectes polynéoptères en Nouvelle-Calédonie
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Changements phénotypiques en synurbanisation chez les crocidures géantes d'Afrique
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Interactions mycorhiziennes des orchidées : approche fonctionnelle et évolutive
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Les traits de vie comme marqueurs phénotypiques chez un grand prédateur
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Quand une lignée de serpents a carte blanche' La radiation évolutive des Pseudoxyrhophiinae à Madagascar (Squamata: Serpentes).
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Sujet Etude phylogénétique des Cirripèdes Rhizocéphales parasites.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Limites d'espèces, différenciation écologique et adaptations morpho-anatomiques dans un jeune groupe de légumineuses endémiques néocalédoniennes (Arthroclianthus Baill., Nephrodesmus Schindl.).
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Evolution et Homologie des Ailes chez les Insectes
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Alignements contraints et architecture moléculaire: procédure automatisée d'alignements multiples et de recodage des caractères en phylogénétique. Application au modèle des insectes Hémiptères.
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Perspectives structurales de la co-évolution entre acides aminés
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité Evolution morphologique des rongeurs endémiques de Madagascar et 6ème extinction
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Histoire des métissages génétiques liés à la traite esclavagiste et la colonisation européenne depuis le 15e siècle
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie Trépanations crâniennes préhistoriques : de l'identification à l'interprétation
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Chronologie de la diversification des anoures
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Morphologie fonctionnelle et adaptations des mâchoires des céphalopodes actuels : implications chez les céphalopodes fossiles.
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Impact du volcanisme des Caraïbes sur l'écosystème marin et sur la biocalcification des foraminifères planctoniques
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Les thylacocéphales (Arthropoda, Thylacocephala) : origine, diversification et évolution d'une lignée arthropodienne disparue
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements Cavités encéphaliques et longirostrie chez les crocodyliformes: signal phylogénétique et paléoécologique
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Métabolisme des lipides membranaires et modulation homéo-visqueuse en fonction de la pression hydrostatique, chez les crevettes profondes et littorales.
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Décrire le système olfactif chez la seiche Sepia officinalis : approches développementales, moléculaires et fonctionnelles
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Synergie entre matière organique d'origine phytoplanctonique et communautés microbiennes libres et attachées.
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Etude des réponses de l'écosystème pélagique de l'océan Austral aux changements climatiques par une approche multi-échelles
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) Biogéographie des traits d'histoires de vie, zone de ponte et transport larvaire des anguillidés de l'Atlantique: l'apport de l'analyse des éléments traces et isotopiques à l'aide de la NanoSims.
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Etude archéo-histologique des cochons domestiques (Sus scrofa domesticus) aux périodes antique et médiévale en France : pour de nouveaux indicateurs de l'intensification des pratiques de l'élevage.
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Anthropisation des milieux, pratiques agricoles et élevage au Néolithique : quels impacts sur la biodiversité entomologique ?
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Processus de domestication des camélidés au Pérou : approche archéozoologique multicritère
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements Agrobiodiversité du territoire de Mouweis (Soudan central), cité méroïtique du 4e s. av. J.-C. au 4e s. ap. J.-C. et l'essor de la culture coton - Innovations agricoles en Afrique et Arabie.
UMR 7221 Evolution des régulations endocriniennes Rôles de la signalisation thyroïdienne dans la plasticité des cellules souches neurales et impact de sa perturbation au cours du développement chez la souris et le Xénope.
UMR 7221 Evolution des régulations endocriniennes Bases génétiques du comportement animal : implications de Dlx5/6 pour l'adaptation à l'environnement
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Rôles de polycétides fongiques issus des PKS-NRPS de l'endophyte Acremonium zeae dans un modèle d'interaction tripartite endophyte-plante-pathogène
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Caractérisation du génome et du protéome de Grégarines, modèles d'étude pour comprendre la diversification des apicomplexes et l'adaptation à la vie parasitaire
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Interactions entre proliférations de cyanobactéries et microbiote des poissons téléostéens d'eau douce
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM) Protéines de couche S des procaryotes : glycosylation et rôle dans les interactions minéral / vivant
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim Lithothèque d'analogues Martiens et de météorites caractérisées par spectrométrie LIBS-RAMAN-IR (Instrument SuperCam à bord du robot martien MSL2020)
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim Les « Diamens de la Couronne » au MNHN au 18e siècle : minéralogie, savoir-faire lapidaires et usages.
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Conflits entre balance hydrique et thermique pendant la reproduction: une base de la vulnérabilité climatique chez un reptile vivipare?
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Effets de l'urbanisation sur la communication acoustique, le stress physiologique et le succès reproducteur des mésanges bleues et charbonnières. Implications pour la biodiversité avienne en ville.
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Prédation intraguilde entre prédateurs et parasitoïdes : conséquences sur l'efficacité du contrôle des ravageurs
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Étude du trade-off entre la survie dans l'environnement et le pouvoir pathogène chez les bactéries du genre Pectobacterium
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement Fondation indépendante ou fission : étude éco-évolutive des stratégies de dispersion des fourmis en environnements variables
UMR 8197 Institut de biologie de l'ENS Modélisation de la propagation de la dengue au Cambodge : Rôle des écoles en zone rurale
UMR 8197 Institut de biologie de l'ENS The eco-evolutionary dynamics of aggregative multicellularity: From phenotypic heterogeneity to division of labour in D. discoideum.
UMR 8227 Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins Etudes des interactions hôte-microbiome chez l'algue brune Saccharina latissima
UPR 2301 Institut de Chimie des Substances Naturelles ICS, CNRS, Gif-sur-Yvette Exploration des endophytes d'Euphorbiaceae pour la recherche et la production de diterpènes
USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation Caractérisation des cires de lutage présentes dans les collections en fluides du Muséum National d'Histoire Naturelle


Haut de la page

Structure (UMR) :
UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae
Directeur de thèse :
Destombe
Sujet :
Combining population genomic and experimental studies to understand habitat shift of red seaweeds under the impact of human pressure and global change
Equipe :
Unité Mixte Internationale (France-Chili) UMI 3614 Evolutionary Biology and Ecology of Algae CNRS, Sorbonne Université, Université Australe du Chili, Université Catholique du Chili
Profil du candidat recherché :
The candidate should have solid theoretical foundations in both evolution and population genetics (or even population genomics, if possible). Experience in oceanography or algae ecology will be a great advantage. The student must be prepared to display a strong ability to work and learn independently and as part of the UMI and FONDECYT-GRACILARIA teams. Part of the work will occur in France, Chile and in NZ, so the candidate will be expected to work in multilingual teams (French and English although speaking Spanish is not a requirement). Candidates with extensive experience in the field or lab experimentation with living marine organisms in common garden will be favored.
Extrait du descriptif :
Species of Gracilaria are of considerable economic importance, combining the production of the valuable polysaccharide agar with vegetative reproduction favoring their cultivation. Moreover, the genus Gracilaria is recognized as one of the major invasive genera of marine organisms. The capacity of Gracilaria species to shift between sexual and asexual reproduction, their high stress tolerance and herbivore resistance have been postulated to be the cause of their ecological success both as invasive species and cultivated ones. Gracilaria chilensis, common in the Pacific, is developed as a model species used to understand, between other, evolutionary pathways in one of the very few algae domesticated in the world. As for other Gracilaria, floating and attached populations can be observed as close by neighbors living in two contrasting habitats and waves of range expansion in the Pacific (i.e. from New Zealand to the Chatham Islands and to Chile) seem to have begun with the establishm...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance
Directeur de thèse :
Chlous
Sujet :
La gestion des communs maritimes. Territoire, organisation et gouvernance aux Marquises
Equipe :
Axe 1 Territoires et stratégies (quinquennal 2014-2018) Axe 2 Sociétés globalisées et environnement (Quinquennal 2019-2024)
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra être titulaire d'un Master en anthropologie ou ethnoécologie. Il devra faire preuve d'un intérêt réel pour la recherche de terrain, dans le cadre d'un partenariat, mais aussi avoir des capacités de synthèse, de réflexion, d'analyse et d'écriture significatives. Le candidat devra avoir montré lors de son mémoire de M2 ses capacités à construire une problématique, un méthodologie, le recueil de données et leur analyse. Il devra également savoir organiser les missions de terrain. La connaissance des questions de gestion communautaire ou de participation est souhaitée. Ce candidat devra avoir des connaissances sur les spécificités du milieu maritime et avoir une connaissance de terrains situés dans le pacifique sud.
Extrait du descriptif :
Contexte Depuis les années 80, la participation des populations locales aux décisions relatives à leur environnement, à sa gestion, est mise en avant. Des formes d'auto-organisation et d'auto-gouvernance par des habitants sont encouragées. Il s'agit d'une remise en cause de la prééminence des acteurs institutionnels de la conservation (Etat et ses représentants, experts, etc.) dont les résultats ' en terme de retombées sociales aussi bien qu'écologiques ' ne sont pas toujours jugés convaincants (Agrawal & Gibson, 1999 ; Brosius et al., 1998). Une des premières appellations est la Community-Based Conservation ' aujourd'hui fragmentée en une multitude de désignations se référant tantôt au local, tantôt à l'autochtone, tantôt à la communauté ' principalement théorisée dans le milieu anglo-saxon, et s'inspirant notamment des travaux sur la gestion des Communs de l'économiste Elinor Ostrom. Un commun est défini comme toute « ressource partagée par un groupe de gens » (Hess et Ostrom, 2007)...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance
Directeur de thèse :
dahou
Sujet :
Appropriations rivales des espaces et des ressources. Pêches artisanales et planification spatiale maritime au Maroc
Equipe :
Axe de recherche, Sociétés globalisées et environnement, porte sur les formes d'action collective qui s'agencent aujourd'hui autour de la globalisation d'un ensemble de discours, pratiques et instruments qui font du marché une norme (mécanismes REDD, certifications environnementales, compensations ...), au sens de modèle d'action de plus en plus largement partagé. Les mutations contemporaines des modes d'accès/d'usage des espaces et des ressources et les façons dont elles reconfigurent les relations sociales locales et le rapport aux non-humains ainsi que les processus sociaux et politiques qui produisent et hiérarchisent les normes et les valeurs seront au cœur des travaux.
Profil du candidat recherché :
Le profil recherché privilégiera un socio anthropologue ayant idéalement déjà travaillé sur des questions maritimes et d'aménagement en milieu côtier, mais pourrait aussi accueillir un géographe spécialiste de la géographie humaine et du maritime. Une expérience dans les recherches sur la pêche maritime serait un plus non négligeable pour l'accomplissement de ce travail.
Extrait du descriptif :
Environnement international L'attribution croissante par l'Etat de concessions à des fins de conservation, d'exploration ou d'exploitation de ressources naturelles en mer, suscite des appropriations rivales de ressources et d'espaces dont les impacts locaux gagnent à être mieux étudiés. La création au niveau international d'aires marines protégées (AMP) laisse en suspens la question de leur appropriation et leur adaptation aux socio-écosystèmes locaux. Elles modifient les pratiques de pêche artisanale à différents niveaux. Il s'agit d'étudier les changements de pratiques et les résistances des pêcheurs lors de la mise en place et la gestion de ces AMP. Elles confrontent des visions des territoires côtiers et des méthodes d'aménagement différentes depuis les organisations internationales de la conservation, les pouvoirs publics, et les collectivités décentralisées. Contexte Trois AMP ont été créées au Maroc depuis 2013. Elles visent une augmentation de la productivité de la pêche ar...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 208 PALOC patrimoines locaux et gouvernance
Directeur de thèse :
Emperaire
Sujet :
SAVOIRS LOCAUX ET INDICATEURS ENVIRONNEMENTAUX : L'AGRICULTURE DES CAIÇARAS (MATA ATLANTICA, ETAT DE SÃO PAULO, BRESIL) FACE AUX CHANGEMENTS GLOBAUX
Equipe :
' unité mono-équipe avec 3 axes ' Mandat actuel, axe 2 Diversité biologique et diversité culturelle (jusqu'au 31/12/2018) L'axe, à la croisée des sciences naturalistes et humaines, aborde les pratiques, normes, concepts et savoirs locaux sur la biodiversité et les met en dialogue avec les instruments internationaux et les politiques publiques. Le chantier « Biodiversité, pratiques, savoirs et régimes de droit » aborde plus spécifiquement les rapports société ' biodiversité, de la ressource génétique aux conventions internationales, et selon les différentes perspectives des acteurs impliqués. ' Mandat 2019, axe 1, Émergence, appropriations et usages des patrimoines. Cet axe, dans la continuité du précédent, regroupe nos compétences en ethnobiologie. Il reprend pro parte les problématiques antérieures en mettant davantage l'accent sur les objets patrimoniaux naturels et/ou culturels (aires protégées, biodiversité, sites remarquables, ...) selon la perspective des populations locales.
Profil du candidat recherché :
Candidat/e de Master 2 ou équivalent avec une formation en agronomie et sciences de l'environnement témoignant d'un fort intérêt pour les sciences sociales. Des connaissances et une première expérience dans le domaine des savoirs écologiques locaux sont requises. Une connaissance du fonctionnement des institutions internationales et de leurs enjeux dans le domaine de la biodiversité sera appréciée. Le ou la candidate devra être capable de s'intégrer à la fois dans l'équipe française et dans l'équipe brésilienne ainsi que dans des communautés locales. Une bonne maîtrise de l'anglais (oral et écrit) est indispensable pour les premiers échanges scientifiques. Il sera demandé au/ à la candidat/e d'acquérir au plus tôt au cours de l'année 2018 des bases en brésilien pour entamer les contacts au 1° semestre 2019 et les travaux de terrain.
Extrait du descriptif :
L¿enjeu de cette thèse est de comprendre les référentiels biologiques ou écologiques mobilisés par un groupe culturel, en l¿occurrence des agriculteurs ¿traditionnels¿ du littoral de l¿état de São Paulo, pour rendre compte de modifications environnementales liées aux changements globaux (climat, déforestation, urbanisation, nouveaux instruments légaux ¿). Plus spécifiquement, il s¿agit d¿identifier les référentiels ou indicateurs qui anticipent ou traduisent la variabilité du fonctionnement d¿un système agricole. La proposition se situe dans le champ de l¿ethnoécologie et des politiques environnementales en interrogeant les formes de reconnaissance des savoirs locaux dans ces politiques et leurs possibles hybridations, ou conflits, avec les indicateurs scientifiques. La proposition s¿intègre dans un projet interdisciplinaire mené depuis 2013 par la USP (resp. C. Adams) et l¿Association des Caiçaras, population d¿agriculteurs-pêcheurs de la Mata Atlântica. Le projet a pour objectif g...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
SIMON
Sujet :
Impact des variables climatiques sur les successions saisonnières du plancton en Manche occidentale (série temporelle SOMLIT-Astan, Roscoff)
Equipe :
Diversité et interactions au sein du plancton océanique - DIPO Laboratoire : Adaptation et Diversité en Milieu Marin - UMR 7144 Léquipe DIPO (composée de 15 personnes dont 5 chercheurs et 3 ingénieurs) étudie la diversité du plancton marin et les mécanismes qui contrôlent sa dynamique à différentes échelles de temps et d'espace par des approches classiques et innovantes (cultures, microscopie, cytométrie, génomique).
Profil du candidat recherché :
Idéalement, le ou la candidat(e) possédera une formation initiale en écologie complétée par des acquis sur le fonctionnement des écosystèmes marins. Il ou elle possèdera par ailleurs des compétences solides et un intérêt marqué pour l'analyse de données et la bioinformatique.
Extrait du descriptif :
Les blooms saisonniers et successions annuelles d'espèces planctoniques sont des patrons emblématiques des écosystèmes pélagiques. Ils ont un rôle essentiel dans le fonctionnement des réseaux trophiques marins et influent sur la qualité et la quantité des ressources marines exploitables, ainsi que sur les grands cycles biogéochimiques et le climat. Depuis plus d'un siècle, les pressions anthropiques, combinées aux changements climatiques altèrent ces patrons réguliers, affectant les chaînes trophiques marines et les services procurés (Beaugrand et al. 2003). La compréhension du comportement des écosystèmes face à ces changements est nécessaire pour envisager des actions de surveillance, mettre en place des actions de conservation et évaluer la performance de ces actions. Plusieurs décennies de recherche ont mis en avant le rôle majeur des facteurs hydro-climatiques et de la prédation pour expliquer ces patrons (Sommer et al. 2012). D'autres processus de structuration interne à la comm...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
Garczarek
Sujet :
Rôle du fer dans la différentiation écotypique et la structure des communautés de cyanobactéries marines du genre Synechococcus (FITNESS)
Equipe :
Procaryotes phototrophes marins (MaPP)
Profil du candidat recherché :
Le ou la candidate devra mettre en place les expériences de physiologie pour mieux comprendre la réponse des cyanobactéries marines aux variations de température et/ou de disponibilité en fer et sera impliqué(e) dans les analyses de transcriptomique et de génomique comparative ainsi que dans la génération et la caractérisation des mutants de gènes identifiés dans le cadre du projet FITNESS. Il(elle) devra avoir des compétences en microbiologie et en biologie moléculaire (extraction d'ARN, PCR en temps réel, analyses RNA-Seq). Des connaissances en analyse de données bio-informatique et/ou statistiques seraient également appréciées mais pourront être acquises sur place.
Extrait du descriptif :
Le fer constitue une ressource limitante pour le phytoplancton dans de larges régions océaniques, nécessitant la mise en place de stratégies adaptatives encore mal connues. Les cyanobactéries marines du genre Synechococcus, le second organisme photosynthétique le plus abondant des océans, constituent un modèle d'étude particulièrement pertinent pour étudier cette question. Ce genre de cyanobactéries est présent dans la partie éclairée de la plupart des environnements marins, avec 5 groupes génétiques majeurs dominant les communautés naturelles de Synechococcus : Alors que les membres des clades I et IV sont limités aux eaux froides et riches en nutriments, les clades II et III se trouvent principalement dans les eaux chaudes pauvres en nitrate et en phosphore, respectivement. Récemment, l'analyse par l'équipe d'accueil des métagénomes collectés lors de l'expédition Tara Oceans a révélé l'importance d'un cinquième clade (CRD1), colonisant spécifiquement les régions océaniques pauvres en...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
DAVOULT
Sujet :
Diversité et fonctionnement des communautés de substrats durs en milieu portuaire : rôle des espèces introduites dans un contexte de changement climatique (PorDiFo)
Equipe :
EFEB (Ecogéochimie et Fonctionnement des Ecosystèmes Benthiques)
Profil du candidat recherché :
Titulaire d'un master d'écologie marine ou équivalent (océanologie biologique), connaissance et intérêt pour la taxonomie, des connaissances sur le fonctionnement des écosystèmes côtiers et sur l'analyse des données. Des bases en biologie moléculaire (barcoding, transcriptomique) seraient appréciées. La plongée (classe 1B) serait un plus mais n'est pas indispensable
Extrait du descriptif :
Comprendre l'adaptation au changement global requiert de connaître la façon dont les unités écologiques répondent aux perturbations. Les études environnementales ont plus porté sur la résilience (c.-à-d. rebondir vers un état antérieur stable) que la résistance des systèmes (c.-à-d. tenir sans changements majeurs), seul phénomène à considérer pour des perturbations intenses et persistantes. Or les menaces sur la biodiversité, globales (ex. changement climatique CC) ou locales (ex. artificialisation littorale, espèces exotiques envahissantes EEE), sont des perturbations persistantes dont l'intensité croissante et l'action croisée vont réduire la capacité de résistance des communautés. Identifier les facteurs déterminant la résistance à des perturbations persistantes est indispensable pour appréhender le devenir des unités écologiques, leur conservation et leur gestion. Les zones littorales, avec une biodiversité élevée et des services écosystémiques majeurs (>12000.109 $/an), sont au ...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin
Directeur de thèse :
LALLIER
Sujet :
Caractérisation des relations génotype/phénotype chez l'huître plate Ostrea edulis dans un contexte de sélection génétique
Equipe :
ABICE Adaptation et Biologie des Invertébrés en Conditions Extrêmes
Profil du candidat recherché :
Formation Master en Ecophysiologie, ou Physiologie, ou Bioinformatique. Le/a doctorant/e devra participer aux échantillonages des huîtres et à la mise en oeuvre d'expérimentations en laboratoire. Des connaissances minimales sur la physiologie des mollusques sont souhaitées. Le/a doctorant/e devra surtout avoir des compétences en analyse de données de type RADSeq et en manipulation de données génomiques haut-débit. Une maitrise des outils PCR quantitative et des protocoles standard en biologie moléculaire est également recommandée.
Extrait du descriptif :
Au cours des trois dernières décennies, les problèmes de mortalité liés à la présence de parasites chez de nombreuses espèces d'intérêt aquacole ont considérablement augmenté. En parallèle un effort important a été consacré à la recherche des processus moléculaires impliqués dans la réponse des organismes au parasite mais également à l'évaluation des effets de l'environnement et du fond génétique dans les phénomènes de résistance aux parasites (revue dans 1). Les facteurs environnementaux (température, salinité, polluants,') impliqués dans les phénomènes de mortalité due aux parasites agissent notamment en modulant la virulence de ces parasites mais aussi en modifiant la réponse des hôtes. Leur intégration dans les études est particulièrement importante afin de mieux appréhender la relation complexe entre hôte, parasite et environnement. En revanche, la composante génétique reste souvent le parent pauvre de ces études. Chez les espèces d'intérêt aquacole, de très nombreuses études se s...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Gilbert
Sujet :
Cycle de vie des éléphants de mer austraux (Mirounga leonina) : contraintes énergétiques et stratégies individuelles au cours de la mue
Equipe :
Equipe Bioadapt, UMR 7179, laboratoire MECADEV
Profil du candidat recherché :
Formation en biologie animale, écophysiologie animale, physiologie, éthologie, analyses statistiques des données; formation en expérimentation animale (à prévoir au cours de la thèse). Des expérimentations sur le terrain sont prévues, une bonne condition physique est requise. Etre vétérinaire pourrait être un plus.
Extrait du descriptif :
Les changements climatiques et environnementaux influencent la dynamique et la structure des écosystèmes marins, affectant la distribution et l'abondance des espèces marines. Alternant des périodes de recherche alimentaire en mer avec des périodes de jeûne à terre, les éléphants de mer austraux (Mirounga leonina) peuvent être particulièrement affectés par cette variabilité spatiale et temporelle. Nous avons montré que les adaptations comportementales et physiologiques liées aux agrégations plus ou moins denses (i.e. thermorégulation sociale, une stratégie d'économie d'énergie largement utilisée par les mammifères et les oiseaux) des éléphants de mer au cours de leur mue sont influencées par leur condition corporelle et les contraintes climatiques. Dans la continuité de ces études, ce travail vise 1) à lier les conditions environnementales et les contraintes énergétiques d'un prédateur marin au cours de son cycle de vie, en particulier au cours de la mue, et 2) à déterminer si les stra...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Houssaye
Sujet :
Biomécanique comparative des os longs chez les Rhinocerotoïdea modernes et fossiles
Equipe :
UMR 7179 MECADEV CNRS/MNHN Equipe Funevol ' Fonction et Evolution University of Hull, Angleterre.
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir une formation en biologie évolutive et avoir une connaissance de base en morphologie fonctionnelle, microanatomie osseuse et paléontologie, et si possible en biomécanique. Il devra montrer une curiosité pour une approche pluridisciplinaire et la modélisation 3D. De plus, un très bon niveau en anglais est primordial dans le cadre de cette thèse co-dirigée par un anglophone.
Extrait du descriptif :
Les vertébrés massifs sont apparus indépendamment dans de nombreux groupes. Leur squelette, notamment leurs membres, présente de nombreuses convergences, ce qui reflète l'impact majeur des contraintes biomécaniques associées. Cependant, ces caractéristiques n'ont jamais été analysées en détail. L'os est une structure très dynamique et vivante qui montre un signal mécanique fort. La question ici est de comprendre comment l'os réagit aux contraintes biomécaniques imposées par un poids massif, et ce chez des taxons avec des morphologies et des capacités locomotrices différentes. Cette thèse se concentrera sur l'adaptation de l'os dans son ensemble, i.e. ses structures externe et interne. Si seuls quelques organismes existants sont des formes lourdes, le registre fossile est beaucoup plus riche en taxons de ce genre. Cependant, plusieurs formes sont aussi semi-aquatiques et il semble y avoir des convergences dans la structure interne (distribution 3D du tissu osseux dans l'os) des adap...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
Abourachid
Sujet :
Influence des forces mécaniques dans l'évolution : des premiers stades de développement aux traits d'histoire de vie, le cas du cou des oiseaux
Equipe :
Funevol
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir une formation en biologie évolutive et de bonnes connaissances en morphologie. Un bagage minimal en sciences est requis dont les modules de physique et de mathématiques usuels en premier cycle.
Extrait du descriptif :
La spécialisation au vol contraint la forme du corps des 10000 espèces d'oiseaux dont le squelette axial est toujours rigide, à l'exception du cou. Ce dernier est long et flexible, et comporte en moyenne 13 vertèbres, mais leur nombre varie de 10 à 26. Une analyse comparative sur plus de cent espèces ( Projet ANR Avineck) montre que le cou est composé de trois régions, dont les vertèbres se distinguent morphologiquement en fonction des espèces mais surtout de leur place dans la colonne. Des différences très prononcées de la musculature semblent quant à elle être corrélées aux comportements des espèces. Étant donnés ces résultats préliminaires, nous suspectons que des processus développementaux différents sont à l'œuvre sur les différents tissus (os- muscles). En effet, la variabilité interspécifique du nombre de vertèbres cervicales devrait intervenir très tôt dans le développement, pendant la somitogénèse puisque le nombre somites détermine le nombre de vertèbres. Les différentiation...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
guilbert
Sujet :
Diversifications altitudinales et origines biogéographiques de l'entomofaune des montagnes du nord de la Thaïlande
Equipe :
ECOTROP (Ecologie Tropicale, resp. E. Guilbert)
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir des compétences dans le domaine de la systématique et de la phylogénie, du traitement des données moléculaires et des analyses statistiques liées à la phylogénie des communautés. Une connaissance de la systématique des insectes sera une plus-value.
Extrait du descriptif :
Les hautes montagnes des régions tropicales sont de véritables réservoirs de la biodiversité : elles se caractérisent par une richesse spécifique exceptionnelle - encore largement méconnue - associée à un fort endémisme, mais l'origine et l'évolution de cette diversité unique restent mal comprises. De nombreuses études montrent un maximum de diversité aux altitudes moyennes, mais d'autres patrons majeurs ont été identifiés (e.g. diminution de la diversité avec l'altitude). Quatre facteurs principaux rendent compte de ces patrons : 1) le climat (température, précipitations), 2) l'espace disponible (corrélation richesse/superficie), 3) les facteurs biotiques (compétition interspécifique, hétérogénéité des habitats), 4) les contraintes historiques des taxons (spéciation, extinction, âge des clades, conservatisme de niche). Les contraintes historiques des taxons sont sans doute le facteur le moins étudié, principalement pour trois raisons : 1) par manque de phylogénies au niveau spécifiq...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7179 Mécanismes Adaptatifs et Evolution MECADEV
Directeur de thèse :
HENRY
Sujet :
«OUTLYER (OiseaU Tiques LYmE Risque) : Amélioration de la compréhension du rôle des oiseaux dans la circulation de la maladie de Lyme en France »
Equipe :
Equipe Biologie Intégrative de l'Adaptation Et Centre de Biologie des Populations d'Oiseaux (CRBPO / CESCO UMR 7204)
Profil du candidat recherché :
Le(la) candidat(e) doit être titulaire ou suivre cette année un Master 2 dans des disciplines relevant des Sciences de la Vie : Ecologie, Biologie évolutive, Biométrie ou autres disciplines pertinentes comme l'épidémiologie. Le(la) candidat(e) doit posséder les compétences suivantes : - Bonne connaissance des méthodes d'analyses de données issues de programmes de captures - Maîtrise des outils d'analyses statistiques et cartographiques usuels (R, SIG, ...) - Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit et oral) - Compétences en communication écrite et orale - Notions d'ornithologie appréciées
Extrait du descriptif :
Malgré de nombreuses études sur l'écologie et l'épidémiologie de la maladie de Lyme en Europe, de fortes incertitudes existent sur les déterminants des variations spatiales et temporelles à la fois concernant le risque d'infection par Borrelia et l'incidence humaine, qui conditionnent une prévention et un contrôle efficaces pour limiter et enrayer l'augmentation de l'incidence de la maladie en Europe. L'éco-épidémiologie de la maladie de Lyme est complexe (plusieurs espèces de bactéries, très large spectre d'hôtes des tiques vectrices). La plupart des études portant sur la contribution des hôtes à la circulation de la maladie de Lyme se sont focalisées sur les mammifères, considérés comme les principaux producteurs de tiques infectées au sein des écosystèmes terrestres. Cependant, les oiseaux participeraient de manière significative à la maintenance des populations de Borrelia, mais aussi à leur dispersion à plus large échelle. Déterminer les patrons écologiques et phylogénétiques infl...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
BAHAIN
Sujet :
Évolution du cours de la Loire au Pléistocène et relation avec la géodynamique et les peuplements anciens du sud du bassin de Paris
Equipe :
Equipe "PhAsM" - Paysages, Hommes, Archives sédimentaires, Matériaux de la Préhistoire"
Profil du candidat recherché :
Le ou la candidat(e) sera idéalement issu(e) d'un Master de Géologie ou de Quaternaire. Il ou elle devra attester de connaissance en géologie des formations alluviales et si possible en datations paléodosimétriques et plus particulièrement en ESR sur quartz.
Extrait du descriptif :
Dans la partie sud du Bassin parisien, c'est lors de la transition plio-quaternaire il y a environ 2,5 millions d'années que les cours d'eau tels que nous les connaissons aujourd'hui semblent s'être mis en place, se substituant aux grands épandages qui dominaient précédemment. L'installation et l'évolution des réseaux hydrographiques de la région sont ensuite liées à l'action conjuguée de la cyclicité climatique glaciaire/interglaciaire quaternaire et de la géodynamique. Dans ce contexte, la Loire, qui prend sa source dans le Massif Central, a vu son cours contraint par les éléments géomorphologiques et géologiques qu'elle traverse successivement (Massif Central, cuvette de la Sologne, Plateau de Beauce et couloir ligérien). Elle s'écoule vers le nord en amont d'Orléans puis effectue dans son cours moyen une inflexion vers l'ouest afin d'emprunter le drain fossile de la mer des faluns pour se jeter dans l'Océan Atlantique. Cette situation ne semble pas avoir existé tout le Quaternai...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
Prat
Sujet :
Régimes alimentaires et évolution des capacités cognitives liées à la recherche de nourriture chez les primates actuels et les hominines fossiles
Equipe :
Equipe 1 « Dynamique des peuplements humains » Co-financement
Profil du candidat recherché :
Maîtrise des méthodes et des outils utilisés en reconstruction virtuelle et en imagerie 3D. Très bonnes connaissances en paléoanthropologie, en anatomie dentaire et crânienne des primates. Bonnes connaissances en écologie, neuroanatomie, neurosciences cognitives et comportementales. Le/La candidat(e) devra montrer un vif intérêt pour les questions évolutives et la pluridisciplinarité.
Extrait du descriptif :
Les découvertes et développements méthodologiques en évolution humaine de ces 20 dernières années ont mis en évidence une diversité importante des hominines plio-pléistocènes (3-1,5 Ma). Des différences en termes d écologie alimentaire expliqueraient cette diversité taxinomique, tout particulièrement entre les Paranthropes, les Australopithèques et les premiers Hommes. De nombreuses études montrent en effet un élargissement du spectre alimentaire et d importantes capacités d adaptation aux changements de ressources au cours de l évolution de la lignée humaine. Les premiers représentants du genre Homo ont longtemps été considérés comme étant les seuls à avoir eu une alimentation omnivore contrairement aux Australopithèques, leurs prédécesseurs, ou à leurs contemporains les Paranthropes. Il est souvent avancé que les Paranthropes, du fait de leur morphologie faciale et des dimensions importantes de leur dentition postérieure étaient strictement végétariens, spécialisés dans des alimen...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
Forestier
Sujet :
Préhistoire ancienne de l'Afrique occidentale : les sites côtiers de Dungo en Angola (2-0,4 Ma)
Equipe :
Equipe 1 « Dynamique des premiers peuplements » (resp. F. Sémah & M.-H. Moncel)
Profil du candidat recherché :
Étudiant(e) ayant déjà voyagé en Afrique, familiarisé(e) avec la préhistoire ancienne de ce continent et ayant acquis une solide formation concernant les problématiques et les méthodes d'étude des industries lithiques paléolithiques. Un bon niveau linguistique (Anglais) et un apprentissage au Portugais sont recommandés.
Extrait du descriptif :
La préhistoire ancienne de la façade atlantique africaine est encore mal connue. Cependant, ces dernières années, la région de Baia Farta (Province de Benguela, Angola) a livré de nombreux sites aux données paléontologiques et préhistoriques exceptionnelles dans le cadre de la mission franco-angolaise, codirigée par M. Gutierrez. En particulier, les sites côtiers de Dungo témoignent d'occupations datées entre 2 et 0,4 Ma et à ce titre représentent une opportunité unique d'appréhender l'histoire et les dynamiques des premiers peuplements humains en Afrique occidentale. La situation des sites en fait une aire naturelle de subsistance privilégiée où dès le Pléistocène ancien, les hommes sont venus profiter des ressources marines, notamment carnées de cétacés échoués suite à des phénomènes climato-océaniques encore observables. En outre, ils sont parmi les très rares sites africains en stratigraphie qui documentent de manière diachronique les occupations du Paléolithique inférieur. Leur ét...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
Directeur de thèse :
Patou-Mathis
Sujet :
Invariants et innovations des comportements de subsistance chez les Néanderthaliens et les Homo sapiens dans le bassin carpatique : taphonomie des vestiges fauniques et interface os/lithique
Equipe :
Comportements des Néandertaliens et des Hommes anatomiquement modernes replacés dans leur contexte paléoécologique (Equipe 2), dir. M. Patou-Mathis et P. Paillet
Profil du candidat recherché :
Maîtrise des méthodes utilisées en archéozoologie : détermination anatomique et taxinomique, étude taphonomique macro- et microscopique. Connaissance du cadre d'étude des comportements de subsistance au Pléistocène supérieur en Europe. Pratique des outils statistiques.
Extrait du descriptif :
La disparition des Néanderthaliens et l'arrivée concomitante des premiers Homo sapiens (ou « Hommes anatomiquement modernes ») en Europe, il y a environ 45 000 ans, dans un cadre paléo-écosystémique disparu, la steppe à mammouth, font l'objet de nombreux débats. Les territoires d'Europe centrale, qui présentent des témoignages archéologiques datant de cette période transitoire, entre les traditions culturelles du Paléolithique moyen et du Paléolithique supérieur, sont stratégiques pour y apporter des éléments de réponse. En particulier, le Bassin des Carpates, en Hongrie, a livré un corpus de sites riches en matériels osseux et lithiques, principalement des outils et des armes de chasse. Cette aire géographique rend également compte des variations paléoécologiques pléistocènes, notamment des différentes oscillations climatiques au cours de l'interstade tempéré MIS 3 et du stade froid MIS 2, entre environ 60 000 et 12 000 ans BP. Le projet vise à identifier les modalités d'exploitatio...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7196 Structure et Instabilité des Génomes
Directeur de thèse :
Escudé
Sujet :
Etude des mécanismes évolutifs et des fonctions associés aux séquences centromériques de primates
Equipe :
ADN Répété, Chromatine, Evolution
Profil du candidat recherché :
Le/la doctorant(e) devra posséder : - de solides connaissances fondamentales en génomique, en évolution (moléculaire), en bioinformatique (alignement, phylogénie, ') et en statistiques -de fortes compétences en programmation en Python, en Shell et en R. Si il/elle le souhaite, il/elle aura la possibilité de réaliser également un travail expérimental en complément du travail bioinformatique (PCR, expériences d'hybridation de fluorescence in situ, etc).
Extrait du descriptif :
Le centromère est un locus chromosomique particulier sur lequel se fait l'assemblage d'une structure protéique, le kinétochore, et qui permet ainsi la bonne ségrégation des chromatides soeurs lors de la division des cellules eucaryotes. Paradoxalement, alors que la fonction du centromère et les protéines impliquées sont relativement bien conservées au cours de l'évolution, l'ADN centromérique sous-jacent, généralement constitué de séquences répétées en tandem, présente une très grande diversité d'un groupe taxonomique à un autre. Chez la plupart des primates, on trouve sur chaque centromère plusieurs milliers de répétitions d'un motif d'environ 171 paires de bases. Ces répétitions constituent une grande famille de séquences appelées alpha-satellites pour laquelle de nombreuses sous-familles ont pu être identifiées. Les monomères d'alpha-satellite de ces différentes sous-familles possèdent une organisation spatiale complexe à l'intérieur et au voisinage des centromères. Bien...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO
Directeur de thèse :
JIGUET
Sujet :
Migration et spéciation de deux oiseaux co-distribués dans le Paléarctique
Equipe :
Conservation et Restauration des Populations (CORPO)
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit avoir un fort intérêt pour les questions touchant l'évolution de la biodiversité et de bonnes compétences en génétique des populations et si possible dans les méthodes de traitement et d'analyse de données génomiques. Une bonne capacité à utiliser divers outils statistiques (logiciel R) est indispensable. Un intérêt pour l'ornithologie et la collecte des données sur le terrain constitue un atout supplémentaire.
Extrait du descriptif :
La spéciation, le processus qui aboutit à la mise en place de l¿isolement reproducteur entre deux lignées, est au cœur de l¿émergence et du maintien de la diversité biologique. Notre projet cherche à déterminer quels sont les mécanismes d¿isolement reproducteur à l¿œuvre dans le cas de deux espèces de passereaux migrateurs trans-sahariens (Muscicapa striata et Acrocephalus scirpaceus) non directement apparentés mais dont la structure phylogéographique présente des points de convergence. Il existe chez ces deux passereaux une lignée Ibéro-nord-africaine et une lignée européenne (Olsson et al. 2016 Mol Phy Evo 102, 30-44 ; Pons et al. 2016 J Avi Biol 47, 386-398) dont on pense qu¿elles rentrent en contact dans la région catalane- pyrénéenne. Il existe de plus au sein de M. striata, une lignée endémique aux îles de l¿ouest de la Méditerranée fortement différenciée des lignées continentales (Pons et al. 2016). Les données disponibles à ce jour pour les deux espèces concernant la biométrie...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO
Directeur de thèse :
Mermet
Sujet :
Réforme des institutions et efficacité des politiques de conservation de la biodiversité en France
Equipe :
PAC-Biodiv (Politiques publiques, action collective et biodiversité)
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit avoir une bonne connaissance des champs de l'action et de l'environnement en sciences sociales, ainsi que des méthodes de recherche qualitative. Il devra avoir un fort intérêt pour le champ de l'organisation, et devra connaître également la sociologie de l'action collective et publique, la stratégie, la sociologie des sciences. Pour répondre au caractère interdisciplinaire des questionnements relatifs à la protection de la nature, les profils montrant une double formation en écologie et en sciences sociales seront privilégiés.
Extrait du descriptif :
Ce projet de thèse interroge l'évolution de la mise en œuvre de la protection de la biodiversité dans le contexte français en se centrant sur la tension entre la conception des politiques publiques et les moyens organisationnels disponibles pour leur mise en œuvre. L'hypothèse est qu'une conception juridique et technique même pertinente des politiques environnementales, basée sur les connaissances en écologie, peut être inefficace et génératrice d'effets pervers si les aspects organisationnels (qui met en œuvre ? avec quels moyens ?) sont négligés. La recherche visera à décrire l'évolution de l'action publique de conservation de la biodiversité en évaluant si ses mutations vont dans le sens d'un renforcement ou d'un affaiblissement en termes de résultats écologiques, en profitant de la situation quasi-expérimentale qu'offre la profonde réorganisation des administrations concernées. L'organisation du secteur de la conservation de la nature évolue sous l'influence de réformes amorcées de...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7204 Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation, CESCO
Directeur de thèse :
Couvet
Sujet :
L'utilisation des pollinisateurs en agriculture. Ethnographie du service de pollinisation en France.
Equipe :
TEEN (Transition écologique et expériences de nature)
Profil du candidat recherché :
Nous recherchons un.e candidat.e formé en anthropologie sociale, possédant une ouverture à la sociologie des sciences et ayant une bonne connaissance de la littérature anglophone en anthropologie environnementale, sur l'écologie de la production, l'ethnographie multi-espèces (Tsing, Paxson, etc.). La connaissance préalable du milieu agricole ou des problématiques liées à la pollinisation sera appréciée, mais n'est pas indispensable. Une bonne maîtrise de l'anglais est vivement souhaitée (lecture de la littérature anglophone, écriture en anglais, participation à des événements scientifiques internationaux).
Extrait du descriptif :
Contexte Les preuves scientifiques d¿un déclin des populations de pollinisateurs ont généré une prise de conscience sur l¿importance de la pollinisation pour un ensemble de cultures agricoles clés telles que l¿arboriculture, la production de semences ou de baies. Ce déclin fortement médiatisé ne concerne pas uniquement les abeilles domestiques mais un ensemble d¿insectes participant à la pollinisation des cultures (Garibaldi et al., 2013). Politiques publiques, instituts techniques, syndicats d¿agriculteurs et d¿apiculteurs, agronomes et écologues, se sont efforcés de concilier protection des pollinisateurs et optimisation de leur utilisation agricole. Leurs efforts sont passés par la reconnaissance du service écosystémique de pollinisation (IPBES, 2017), conjointement à l¿intensification de l'usage de leurs fonctions écologiques (Chabert, 2015), et à la réduction de l¿impact négatif de certaines cultures, nécessitant ou non des pollinisateurs. Problématique générale Les pollini...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Le Gall
Sujet :
Les corallines face au changement global, quel futur ? Analyse de leurs dynamiques de diversification et démographique
Equipe :
L'étudiant sera accueilli dans l'équipe Espèce, Exploration, Evolution (Dir. S. Samadi) dont l'une des principales thématiques est de valoriser les données de systématique afin de fournir des cadres évolutifs robustes pour comprendre l'origine et le devenir des organismes et des communautés et, ainsi, répondre à des enjeux sociétaux liés au changement global. Le présent projet de thèse s'inscrit parfaitement dans cette thématique. Physiquement, l'étudiant aura un bureau au sein du bâtiment de Cryptogamie à proximité des deux encadrantes et des collections d'algues. Les manipulations seront réalisées au sein du Service de Systématique Moléculaire (UMS2700) et les analyses de démographie seront menées avec le soutien de l'atelier de bioinformatique (Dir. G. Achaz). Ces deux entités ont un savoir faire internationalement reconnu sur les techniques de biologie moléculaire et le traitement bioinformatique de ce type de données.
Profil du candidat recherché :
Le ou la candidat(e) aura un solide socle de connaissance en écologie et évolution. La maitrise des concepts et méthodes en génétique des populations est essentielle. De bonnes aptitudes à mettre en œuvre divers logiciels d'analyses de données seront nécessaires pour réaliser cette thèse. Un goût pour le terrain tout comme des expériences en milieu marin seront appréciés ; des connaissances sur les algues ne sont pas nécessaires mais seront considérées comme un atout.
Extrait du descriptif :
Les corallines sont des algues rouges qui se caractérisent par la présence de calcite imprègnant leur paroi. Ces algues se retrouvent sur toutes les côtes depuis les tropiques jusqu'aux pôles où elles constituent un élément important tant à l'échelle du paysage que des communautés (e.g. consolidation des récifs coralliens, banc de maërl, récifs coralligènes, trois habitats constituant des hotspots de biodiversité). Avec un peu plus de 600 espèces actuellement reconnues, les corallines constituent l'un des groupes d'algues rouges les plus divers. Toutefois, ces algues devraient être particulièrement sensibles au réchauffement et à l'acidification de l'océan en raison de leur nécessité de fixer le carbonate de calcium ; le changement global devrait constituer donc une menace forte pour leur pérennité. Lorsqu'un environnement se modifie, la survie des organismes dépend de leur capacité à migrer pour rester dans leur niche écologique et/ou à s'adapter aux nouvelles conditions. Cependant,...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
BECKER
Sujet :
Apport de l'ADN ancien dans l'étude de l'émergence et de l'évolution des bactéries pathogènes des cultures.
Equipe :
Ce projet s'inscrit dans les thèmes de deux équipes. L'encadrant principal N.Becker (NB) appartient à la première, "Diversité périspécifique, spéciation, interactions, invasions", UMR ISyEB. NB y assurera le lien de la thèse avec le MNHN (herbier, séminaires, comité de thèse, formation doctorale). La deuxième équipe, au sein de laquelle les analyses seront principalement menées, fait partie de l'UMR Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical (U.Réunion/CIRAD) et s'intéresse à l'épidémiologie des agents pathogènes émergents via des outils de génomique des populations. Cette équipe accueille NB dans le cadre de son affectation à La Réunion (directrice d'antenne du MNHN) et Adrien Rieux (AR, co-encadrant de la these). AR est un généticien des populations s'intéréssant à l'évolution, la diffusion et la gestion des maladies infectieuses. AR est le porteur principal du projet ANR MUSEOBACT dans lequel s'insère le présent sujet de thèse ainsi que son demi-financement.
Profil du candidat recherché :
Le/la candidat(e) devra montrer de l'intérêt et disposer de compétences en lien avec au moins l'un des 3 axes suivants : Axe 1: Extraction et préparation des échantillons d'ADN à partir d'échantillons d'herbiers (techniques adaptées de biochimie et biologie moléculaire pour la mise au point de l'extraction à partir d'échantillons anciens, préparation de librairies avant envoi pour séquençage de nouvelle génération) Axe 2: Analyse bioinformatique des séquences d'ADN ancien obtenues Axe 3: Analyses de type génomique comparative / génétique des populations des jeux de données combinant individus modernes & historiques Pour chacun des axes, un encadrant référent spécifique compétent prendra en charge la formation et l'encadrement de l'étudiant(e).
Extrait du descriptif :
Contexte général La lutte contre les bioagresseurs dans les agrosystèmes est un enjeu majeur pour la sécurité alimentaire mondiale, notamment dans les pays du Sud où les pertes estimées excèdent fortement celles des pays développés (1). Afin de mieux contrôler les maladies actuelles des cultures et prévenir les épidémies futures, il est indispensable de mieux comprendre les facteurs contrôlant l'émergence, l'adaptation et la diffusion des agents pathogènes (2). Dans ce contexte, de récents développements méthodologiques dans le domaine de l'épidémiologie moléculaire permettent désormais de reconstruire les dynamiques spatio-temporelles des maladies avec une précision accrue (3). Cependant, alors que la quasi-totalité des études précédemment réalisées se sont entièrement appuyées sur l'échantillonnage au terrain d'individus contemporains (couvrant une période de 30 ans au maximum), de récents progrès dans les technologies de séquençage permettent désormais de reconstruire les génom...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
LEGENDRE
Sujet :
Confronter les théories sur l'origine de la biodiversité dans un hotspot : biogéographie et dynamique de diversification d'insectes polynéoptères en Nouvelle-Calédonie
Equipe :
Equipe Evolution fonctionnelle et Systématique (EvoFonc - responsable: F. Legendre)
Profil du candidat recherché :
Compétences indispensables : Phylogénétique, méthodes probabilistes, Master en biologie de l'évolution ou en écologie Compétences souhaitées : analyse biogéographique, systématique, analyse de datation moléculaire
Extrait du descriptif :
L'origine de la biodiversité en Nouvelle-Calédonie a souvent été replacée dans le contexte de la fragmentation du Gondwana (e.g. Chazeau, 1993 ; Jaffré, 1992), par vicariance, ce qui implique une origine très ancienne (>80 Ma, i.e. lors de la séparation de la Nouvelle-Calédonie et du Nord-Est de l'Australie). Cette théorie de biote ancien est connue sous le nom de 'modèle museum'. Pourtant, des données géologiques montrent que la Nouvelle-Calédonie aurait été intégralement submergée jusqu'à il y a environ 37 millions d'années (Cluzel et al., 2001 ; Paris, 1981 ; Pelletier, 2006), rajeunissant considérablement l'âge maximum des peuplements de l'archipel. La théorie d'island hopping a alors été avancée pour réconcilier ces vues : des lignées anciennes, potentiellement relictes, auraient survécu sur des îles aujourd'hui disparues avant de coloniser la Nouvelle-Calédonie, par des dispersions courtes, suite à sa dernière émergence. De plus en plus d'études de phylogénie et de datations mol...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Cornette (HDR juin 2018)
Sujet :
Changements phénotypiques en synurbanisation chez les crocidures géantes d'Afrique
Equipe :
Évolution et Développement des Variations Phénotypiques
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra connaitre les approches de morphologie fonctionnelle (morphométrie géométrique) et éventuellement des notions d'analyses génétiques. De bonnes connaissances en systématique et en biogéographie sur le sujet d'étude, les musaraignes africaines sont recherchées.
Extrait du descriptif :
Depuis quelques décennies, l'urbanisation est en très forte augmentation tout autour de la planète. L'Afrique Sub-Saharienne est actuellement la zone géographique avec l'urbanisation la plus rapide. Les villes s'y agrandissent rapidement en empiétant sur les espaces naturels ou en les absorbant. Ce milieu urbain est le fruit de modifications profondes des facteurs biotiques et abiotiques. Certaines espèces se sont très bien adaptées à ces changements drastiques d'environnement : on parle alors de synurbanisation (Luniak 2004). Ces espèces montrent des caractéristiques comportementales et parfois morphologiques très particulières. Les villes constituent donc des interfaces privilégiées entre des populations humaines et des populations animales commensales toutes deux présentes en fortes densités (Parker & Nilon 2012). Le Bénin n'échappe pas à la règle, le pays est effectivement situé au cœur du corridor littoral ouest-africain Abidjan-Lagos qui devrait devenir l'une des plus grandes c...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
SELOSSE
Sujet :
Interactions mycorhiziennes des orchidées : approche fonctionnelle et évolutive
Equipe :
Interactions et Evolution Végétale et Fongique (INEVEF). L'évolution des organismes est profondément influencée par leurs interactions avec l'environnement biotique (interactions interspécifiques). De telles interactions se déclinent à différents niveaux : niveau de l'organisme, niveau des populations et des espèces qu'elles constituent, et niveau des assemblages interspécifiques (symbioses en particulier). Par l'étude de ces différents niveaux d'interactions, notre équipe s'intéresse à la diversité et à l'histoire évolutive des Embryophytes (plantes terrestres) et des Eumycètes (champignons " vrais "). Elle s'intéresse aussi aux interactions qui relient ces deux groupes, notamment les mycorhizes, des symbioses nutritives apparues à de multiples reprises entre les racines des plantes et des champignons du sol. Parmi nos modèles, nous avons une longue tradition de recherche sur les orchidées et leurs mycorhizes, dans les écosystèmes tempérés et tropicaux.
Profil du candidat recherché :
Le (la) candidat(e) doit montrer une curiosité et une connaissance générale en biologie évolutive, sur les modèles végétaux et l'écologie des interactions. Au niveau technique, un savoir-faire en biologie moléculaire validé par l'expérience de mastère est attendu. Un goût pour les analyses in silico et une connaissance en mycologie et écologie des champignons seront appréciés. Le candidat doit avoir un intérêt pour les herbiers et le travail en équipe. Il doit aussi avoir une approche naturaliste, et être capable d'aller sur le terrain pour les collectes. Quel que soit le candidat, la diversité des outils de la thèse (moléculaires, isotopiques, informatiques) nécessitera une formation que nous assurerons : l'objectif est de donner au candidat un savoir-faire varié, au-delà du sujet même.
Extrait du descriptif :
Les orchidées ont une diversité d'espèces et d'habitats inégalée(1). Elles interagissent avec des champignons à 2 étapes : à la germination des graines dépourvues de réserves, des champignons procurent des sucres, puis dans les racines adultes, ils apportent eau et sels minéraux. L'organe mixte alors formé est appelé mycorhize. Ces champignons appartient à 3 lignées (Cératobasidiacées, Sérendipitacées et Tulasnellacées(2)) dont l'écologie et les ressources en sucre et en minéraux restent mal connues, ce qui limite les actions de conservation. Ces champignons sont des saprophytes du sol et, selon des travaux récents, aussi des endophytes de plantes non-orchidées(3,4). Un endophyte colonise les tissus de façon diffuse et inorganisée, sans lésion ni mycorhize. L'écologie des Tulasnellacées reste la moins connue, malgré un endophytisme probable(5) et bien qu'elles soient les partenaires les plus fréquents, parfois exclusifs, des orchidées. Leur diversité reste aussi peu connue. Les partic...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Veron
Sujet :
Les traits de vie comme marqueurs phénotypiques chez un grand prédateur
Equipe :
Biogéographie, Phylogéographie, Systématique et Conservation, UMR 7205 ISYEB, direction: Géraldine Veron
Profil du candidat recherché :
Le candidat aura une expérience de terrain avec les loups et des connaissances en morphologie fonctionnelle et en morphologie du loup. Il devra connaitre cette espèce et la littérature et problématique associée. Il devra avoir des bases en analyse de morphométrie géométrique.
Extrait du descriptif :
Contexte: Le loup, Canis lupus, est un animal à la fois symbolique et polémique dans de nombreux pays. Il dispose de fortes capacités d'adaptation à des environnements très divers, ainsi qu'un système social complexe. De nombreuses études éthologiques, écologiques, génomiques et paléontologiques ont été menées pour démêler l'histoire évolutive de l'espèce, et particulièrement son lien avec le chien. Cependant, une partie importante de la variation phénotypique des loups à travers le temps et l'espace reste encore inexplorée, notamment la morphologie des membres de l'animal en lien avec son milieu et ses comportements. En effet, plusieurs études morphologiques de Canis lupus ont été effectuées, mais la quasi-totalité porte sur le crâne et non sur la variabilité morphologique postcrânienne. Pourtant, une étude préliminaire que nous menons tend à démontrer qu'il existe une variabilité morphologique intraspécifique assez importante des membres des loups provenant d'environnements var...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Lecointre
Sujet :
Quand une lignée de serpents a carte blanche' La radiation évolutive des Pseudoxyrhophiinae à Madagascar (Squamata: Serpentes).
Equipe :
Phylogénomique et anatomie comparée
Profil du candidat recherché :
Le candidat sélectionné devra disposer de solides connaissances théoriques en évolution et en phylogénétique. Plus spécifiquement, il devra être familiarisé avec les méthodes d'analyses comparatives phylogénétiques (ex. R packages tels que APE) : Reconstruction des états de caractères ancestraux, Méthode des contrastes indépendants, Méthodes des moindre carrés généralisés (PGLS), Analyse de convergence des formes (phylomorphospaces), etc' Des connaissances de base dans le traitement et l'analyses des images tomographiques, en anatomie comparée et dans le domaine de l'herpétologie (systématique, écologie) seront également appréciées.
Extrait du descriptif :
Contexte général : La sous-famille des couleuvres Pseudoxyrhophiinae représente une des lignées majeures de vertébrés ayant colonisé Madagascar (Oligocène). Elle s'est rapidement diversifiée en 22 genres et environ 90 espèces reconnus à l'heure actuelle. Si l'on fait abstraction de quelques espèces comoriennes et d'un genre monotypique de Socotra, elle constitue un compartiment emblématique de l'endémisme malgache. Dans un contexte de quasi-monopole écologique (les potentiels compétiteurs tels que les élapidés, viperidés et autres `colubridés' n'ayant jamais atteint l'île), les Pseudoxyrhophiinae ont colonisé avec succès l'ensemble des écosystèmes malgaches au fur et à mesure que s'épanouissait un remarquable éventail d'adaptations écologiques et morphologiques. Celles-ci semblent autant être liées à la diversité des biomes (forêts pluviales de la côte Est, savanes xérophytes du Sud-Ouest, haut plateaux rocheux du centre) ou des micro-habitats conquis (formes arboricoles, fouisse...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
DELGADO
Sujet :
Sujet Etude phylogénétique des Cirripèdes Rhizocéphales parasites.
Equipe :
Evolution et développement du squelette (UMR 7138, Evolution Paris Seine)
Profil du candidat recherché :
Nous recherchons une ou un candidat intéressé (e) par les processus évolutifs, très rigoureux et motivé. L'aspect « collection » n'est pas à négliger, en effet, cela est la base d'un bon début de thèse et le candidat ou la candidate devra faire preuve d'une certaine autonomie et d'un esprit d'équipe. Le ou la candidat(e) devra avoir de bonnes connaissances en systématique, en morphologie ainsi qu'en bio-informatique (à la fois pour maitriser le logiciel Xper3 et les méthodes d'analyses).
Extrait du descriptif :
Les Rhizocéphales sont des animaux fascinants, issu de nombreuses modifications profondes, qui ont eu lieu au cours de l'évolution. Le plus frappant est sans doute l'originalité morpho-anatomique de la femelle adulte qui envahit son hôte, un malacostracé, en formant de profondes racines qui pénètrent tout le corps de l¿animal, jusqu¿aux extrémités de ses appendices articulés. Les Rhizocéphales sont des Cirripèdes (Pancrustacés) parasites d¿autres Pancrustacés tels que les crabes, les crevettes ou les bernard-l¿hermite. Ils sont assez courants et largement distribués dans le monde mais, leur systématique et leur taxonomie sont très confuses en raison de la rareté des caractères morphologiques utilisables. En effet, aujourd'hui les 130 espèces du genre Sacculina sont définies selon quelques caractères parfois morphologiques (hauteur du pédoncule de l¿externa, position de ce pédoncule, forme de l¿ostiole), parfois arbitraires comme par exemple leur distribution et ou l¿espèce d¿hôte qu¿el...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Jabbour
Sujet :
Limites d'espèces, différenciation écologique et adaptations morpho-anatomiques dans un jeune groupe de légumineuses endémiques néocalédoniennes (Arthroclianthus Baill., Nephrodesmus Schindl.).
Equipe :
MADP (Morpho-Anatomie et Développement des Plantes)
Profil du candidat recherché :
Le candidat recherché devra s'intéresser à la botanique évolutive et être capable de réaliser au moins une mission de terrain. Nous cherchons un-e doctorant-e dynamique, volontaire, enthousiaste, qui est force de proposition et capable d'interagir avec de nombreux collaborateurs et collègues francophones ou non. L'aptitude à écrire des articles scientifiques en anglais est requise.
Extrait du descriptif :
Les Fabaceae (ou légumineuses) sont une des plus grandes familles de plantes à fleurs en terme de nombre d'espèces (quasiment 20000). Beaucoup sont utilisées en pharmacologie et en nutrition humaine et animale. Cette famille, apparue au Crétacé, est cosmopolite, et certains groupes emblématiques, tels les lupins andins et les acacias africains et australiens, ont fait l'objet de nombreuses études en botanique évolutive. Dans ce domaine précis, l'étude des phénomènes de spéciation, de différenciation écologique et d'adaptation morpho-anatomique s'opère de manière optimale dans des groupes jeunes et de taille relativement petite (en nombre d'espèces), et si possible confinés en milieu insulaire. La Nouvelle-Calédonie est une île du Pacifique dont l'âge et les caractéristiques environnementales en font un véritable laboratoire pour l'étude de la biogéographie de la région, de la biodiversité et de son évolution (Grandcolas 2017 ; Nattier et al. 2017). Ce sujet de thèse est organisé auto...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Nel
Sujet :
Evolution et Homologie des Ailes chez les Insectes
Equipe :
ISYEB, UMR 7205 CNRS MNHN UMPC EPHE Equipe Evolution Fonctionnelle et Systématique
Profil du candidat recherché :
Le candidat sera ou acceptera de se former pour devenir autonome pour la reconstitution des coupes de segmentation 3D. Il devra également avoir une connaissance approfondie des concepts de l'analyse phylogénétique et l'habitude d'observer des arthropodes
Extrait du descriptif :
Est-il nécessaire de préciser que seuls les insectes, les chauves-souris et les oiseaux possèdent des ailes ? Le vol apporte la mobilité nécessaire pour utiliser des ressources nouvelles ou inégalement réparties et fuir les prédateurs. Chez les insectes, les ailes sont aussi impliquées dans des fonctions clés telles la communication, le mimétisme, ou la protection. Leur histoire évolutive semble complexe, impliquant convergences et parallélismes structuraux et fonctionnels. La limitation première des hypothèses évolutives proposées sur les ailes des insectes concerne la faiblesse des homologies des caractères alaires. Six modèles différents de nervation coexistent, empêchant d'exploiter le jeu pourtant très riche des caractères observables sur les ailes des différents ordres dans un cadre phylogénétique : il est actuellement impossible de faire des hypothèses robustes sur les structures et les nervures identiques entre les différents ordres. La nécessaire intégration des données fossi...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Bourgoin
Sujet :
Alignements contraints et architecture moléculaire: procédure automatisée d'alignements multiples et de recodage des caractères en phylogénétique. Application au modèle des insectes Hémiptères.
Equipe :
Equipe LIS (Laboratoire Informatique & Systématique)
Profil du candidat recherché :
Le (la) candidat(e) aura un diplôme de master 2 dans le domaine de l'évolution et/ou de la bioinformatique. Il (elle) manipulera avec aisance les concepts de caractères et d'homologie en matière d'analyse phylogénétique dont il (elle) aura une très bonne connaissance des méthodes par une pratique attestée durant son stage de master. Il (elle) devra posséder au moins les bases d'un langage de programmation. Des notions d'algorithmique seront les bienvenues. Rigueur, capacité à formaliser, et plaisir d'aborder également biologie et bioinformatique seront nécessaires. Il (elle) travaillera au sein de 2 équipes de l'UMR 7205 suivi par des encadrants ayant déjà formés plusieurs d'autres étudiants dans ces domaines (systématique/phylogénie et bioinformatique) qui constituent leur expertise.
Extrait du descriptif :
La masse des données moléculaires a littéralement explosé ces dernières années. Aujourd'hui, la plupart des méthodes phylogénétiques traitent des séquences de manière linéaire et statistique, délivrent un alignement multiple préalable variant avec l'échantillonnage, et analysent après avoir éliminé d'emblée les zones où l'alignement est problématique. On observe ainsi une situation paradoxale : des techniques de séquençage de plus en plus performantes donnent accès à une diversité moléculaire phénoménale source d'indications de relations de parenté, mais seuls les caractères les mieux conservés sont retenus pour que les méthodes qui les analysent assurent une certaine reproductibilité des résultats et restent raisonnables dans leur temps de traitement (alignements et formulation des phylogénies). Largement utilisés, le cas des gènes non-codants est un bon exemple de ces d'approches où de nombreuses régions (particulièrement dans les ARNs ribosomiques) ne sont pas incorporées à l'ana...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Achaz
Sujet :
Perspectives structurales de la co-évolution entre acides aminés
Equipe :
Atelier de Bioinformatique
Profil du candidat recherché :
Le candidat idéal aura une bonne formation en bioinformatique (programmation et algorithmique) et en évolution moléculaire. Il portera aussi un intérêt certain à la structure 3D des protéines
Extrait du descriptif :
Les acides aminés d'une protéine sont souvent considérés comme indépendants les uns des autres, par exemple dans les méthodes d'alignement multiples de séquences ou dans les méthodes de reconstruction de phylogénies moléculaires. Pourtant, la covariation des acides aminés dans les séquences protéiques est connue et est de plus en plus étudiée à mesure que le nombre de séquences augmente. Plusieurs méthodes ont été développées pour détecter la co-évolution des résidus à partir d'alignements multiples de séquences, avec ou sans cadre phylogénétique. L'une d'entre elles a été développée récemment à l'Atelier de Bioinformatique dans le cadre d'une thèse et d'un projet ANR [1, Bedhenna et al. in prep]. La détection de coévolution a déjà été largement exploitée et avec beaucoup de succès dans de nombreux cas comme la prédiction des contacts entre acides aminés dans la structure 3D des protéines, la prédiction de complexes protéine-protéine, l'identification de partenaires d'interactions spéc...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7205 Institut de Systématique et Evolution de la Biodiversité
Directeur de thèse :
Denys
Sujet :
Evolution morphologique des rongeurs endémiques de Madagascar et 6ème extinction
Equipe :
EVEE: Evolution, Variabilité, Environnement, Extinction (UMR7205)
Profil du candidat recherché :
Le / la candidat doit avoir une expérience dans l'étude de la systématique des Rongeurs (Celle des endémiques malgaches est un plus). Il ou elle devra maîtriser les techniques d'analyse phylogénétique et de morphométrie géométrique ainsi que les logiciles d'acquisition et de traitement des données morphométriques sous R.
Extrait du descriptif :
Madagascar est une des plus grandes îles océaniques. Séparée du continent africain par le canal du Mozambique, elle abrite une biodiversité mammalienne mal connue remarquable par son endémisme et son origine. Ainsi les rongeurs endémiques Nesomyinae comprennent 9 genres et 23 espèces dont la plupart sont inféodées aux forêts de plaine et de montagne. Les forêts de Madagascar sont soumises depuis l'arrivée de l'homme sur l'île il y a plus de 2500 ans BP à de fortes pressions anthropiques (feu de brousse, défrichement, augmentation des pâturages) et climatiques (augmentation de l'aridité) et sont en régression drastique (Goodman & Jungers (2013)). Cette fragmentation a des conséquences fortes sur le maintien de la biodiversité des espèces endémiques. De plus, les rongeurs natifs ont subi de plein fouet l'arrivée des invasifs que sont le rat et la souris domestique. Les impacts de la déforestation et de la compétition entre espèces/genre sont assez mal connus. En effet, des travaux molé...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie
Directeur de thèse :
Toupance
Sujet :
Histoire des métissages génétiques liés à la traite esclavagiste et la colonisation européenne depuis le 15e siècle
Equipe :
Anthropologie Evolutive
Profil du candidat recherché :
Formation niveau M2 en génétique des populations, génétique évolutive, bio-statistiques, bio-informatique. Intérêt prononcé pour l'anthropologie biologique et culturelle Langages informatiques: C, Python, R : très bonne maitrise Anglais écrit et oral: bon niveau
Extrait du descriptif :
Les métissages génétiques entre populations font partie des mécanismes fondamentaux de l'évolution biologique d'Homo sapiens. La génétique des populations permet, par l'étude de la diversité génétique actuelle, de reconstruire l'histoire passée des migrations et métissages dans notre espèce (Malick et al. Science 2016). En particulier, les migrations entre l'Europe, l'Afrique et les Amériques depuis le 15e siècle, dans le contexte de l'expansion coloniale européenne et de la traite esclavagiste, font l'objet d'un nombre croissant d'études (Patin et al. Science 2017). Ces dernières ont permis d'identifier les origines géographiques continentales africaines, américaines et européennes, souvent inconnues, des populations issues de l'esclavage. Elles ont en outre mis en évidence des processus complexes de métissages asymétriques selon le sexe entre des femmes esclaves d'origine africaine et des hommes d'origine européenne (Fortes-Lima et al. AJHG 2017). Le Cap-Vert est un modèle d'étude...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7206 Éco-anthropologie et Ethnobiologie
Directeur de thèse :
Chambon
Sujet :
Trépanations crâniennes préhistoriques : de l'identification à l'interprétation
Equipe :
Anthropologie évolutive
Profil du candidat recherché :
bioanthropologue; des notions en paléopathologie constitueraient un plus une expérience en archéologie est hautement souhaitable, de préférence dans le domaine funéraire Maitrise de l'outils CT-scan
Extrait du descriptif :
Dès la fin du XIXe siècle, la communauté scientifique s'accorde à reconnaitre l'origine préhistorique de la trépanation crânienne. Cette opération, visant à ouvrir la voûte du crâne in vivo sans léser les structures cérébrales sous-jacentes, est en effet très tôt attestée par la multiplication des découvertes. D'après ces données, c'est à partir du Néolithique que la trépanation crânienne est pratiquée avec une grande maitrise technique. Au début du XXe siècle, alors que l'archéologie se constitue progressivement en discipline scientifique, l'attention est avant tout portée sur l'objet lui-même, qu'il s'agisse du crâne ou du volet osseux extrait lors de l'opération. Les scientifiques de l'époque portent encore peu d'attention à la préservation des restes infra-crâniens ou aux contextes de découverte. L'héritage de cette période de profusion exploratoire est aujourd'hui représenté d'un côté par la richesse d'une collection de crânes trépanés et de volets osseux, conservée en grande par...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Laurin
Sujet :
Chronologie de la diversification des anoures
Equipe :
PDM (Phylogénie et Diversification des Métazoaires), Michel Laurin
Profil du candidat recherché :
Le doctorant aura de bonnes connaissances en ostéologie (pour l'étude des spécimens et codage de matrices de caractères) et des notions de systématique. Il saura utiliser des logiciels d'analyse phylogénétique (PAUP ou TNT) et d'imagerie. Il sera familier avec l'échelle des temps géologiques et aura des notions de géochronologie et de biostratigraphie.
Extrait du descriptif :
Les Salientia (amphibiens anoures plus des taxons souche du Trias et Jurassique), dont plus de 7000 espèces actuelles sont reconnues, forment une composante importante des faunes continentales de vertébrés. Le groupe apical (Anura) daterait d'environ 250 Ma selon les études moléculaires, alors que les premiers fossiles de ce groupe datent de moins de 170 Ma, et que plusieurs fossiles d'anoures-souches sont connus entre 250 et 170 Ma. Outre les lacunes du registre fossile, cette discordance pourrait refléter des erreurs taxonomiques concernant les fossiles, ou des âges moléculaires erronés (trop anciens). La thèse visera à étudier cette question en collectant de nouvelles données anatomiques (en partie par microtomographie) sur des anoures mésozoïques et cénozoïques, puis en les incorporant à une matrice pour analyse phylogénétique. Après ajout de données stratigraphiques, de nouvelles méthodes de datation paléontologiques en développement (Didier et al., 2017 et travail en cours), fond...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
ROUGET
Sujet :
Morphologie fonctionnelle et adaptations des mâchoires des céphalopodes actuels : implications chez les céphalopodes fossiles.
Equipe :
Equipe 2 : Phylogénie et diversification des métazoaires Les travaux de l'équipe s'appuient largement sur les données fournies par les structures fossilisées, ainsi que sur la biodiversité actuelle, qui est la meilleure base pour l'interprétation fonctionnelle des structures fossilisées. L'équipe aborde la question de l'origine de divers taxons, ainsi que les patrons de diversification taxonomiques et phénotypiques, ce qui permet de mieux comprendre l'origine des faunes actuelles.
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir une formation en biologie marine ou en paléontologie. Il devra être familiarisé avec l'analyse de la forme et avoir des connaissances en statistique. Une expérience d'acquisition de données 3D (photogrammétrie ou scan surfacique) associée à une connaissance de logiciels de traitement d'image (Meshlab, Photoscan) et d'analyse de données (logiciel R) sera une vraie plus-value pour réaliser le sujet.
Extrait du descriptif :
Les céphalopodes sont les seuls mollusques qui possèdent des mâchoires squelettiques. Composées d'un élément inférieur et supérieur, les becs de céphalopodes sont entièrement chitineux chez les coléoïdés et associés à un renforcement calcitique chez les nautiles. L'étude des céphalopodes fossiles montre que leurs mâchoires existent depuis au moins 400 Ma et la grande variété des formes soulève des questions sur leur potentiels avantages sélectifs. Résoudre s'il existe des adaptations de ces formes à des régimes alimentaires permettrait d'apporter des informations essentielles pour comprendre l'histoire évolutive des céphalopodes et leur rôle dans les écosystèmes anciens. L'objectif ce cette thèse est de proposer une analyse morpho-fonctionnelle des mâchoires de céphalopodes actuels pour proposer et tester des hypothèses d'adaptations transposables sur les fossiles. Quatre phases de travail sont envisagées pour réaliser ce projet : (1) une analyse de la variabilité morphologiques des ...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Bartolini
Sujet :
Impact du volcanisme des Caraïbes sur l'écosystème marin et sur la biocalcification des foraminifères planctoniques
Equipe :
Cette étude s'intègre dans le projet BIOCRI de l'équipe PACE qui a, parmi ses thématiques de recherche, la compréhension de mécanismes des crises de biocalcification lors d'extinctions en masse liées à des événements volcaniques (ex., volcanisme du Deccan et crise du K/Pg). Les éruptions volcaniques récentes (4 derniers millions d'années) dans la région des Caraïbes peuvent être considérées comme des « analogues naturels » permettant de mieux comprendre l'impact de la pollution volcanique (Soufre, métaux) sur la biocalcification des foraminifères, grands producteurs de carbonate de calcium de la planète.
Profil du candidat recherché :
Ce sujet de thèse nécessite une approche multidisciplinaire, le/la candidat/e devra avoir des connaissances de micropaléontologie des foraminifères et de géochimie.
Extrait du descriptif :
L'arc volcanique des Petites Antilles constitue un cadre unique où l'activité volcanique depuis le milieu de l'Oligocène a entraîné la construction de nombreux édifices volcaniques. Plus de 12 de ces édifices ont été actifs au cours des 10000 dernières années. Généralement, le volcanisme le long de l'arc est caractérisé par une diversité exceptionnelle de la composition magmatique, du taux de production et du style éruptif, ainsi que la fréquence et le style des effondrements des flancs (Le Friant et al. 2015). Les éruptions de volcans d'arc sont généralement de type explosif et accompagnées de nuées ardentes et/ou de panaches pouvant atteindre la stratosphère (ex. Montagne Pelée 1902, Roseau Tuff en Dominique 24-61 ka). Ce projet s'intéresse à l'impact des retombées de cendres sur l'écosystème marin et sur la biocalcification des foraminifères planctoniques. Les cendres dans les panaches éruptifs peuvent piéger et adsorber à leur surface des aérosols acides et métalliques et ainsi, u...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Charbonnier
Sujet :
Les thylacocéphales (Arthropoda, Thylacocephala) : origine, diversification et évolution d'une lignée arthropodienne disparue
Equipe :
PACE : Paléoécosystèmes : Analyse, Compréhension, Evolution
Profil du candidat recherché :
Ayant suivi un cursus de sciences de la terre et de la vie, le candidat aura des connaissances suffisantes sur l'anatomie des arthropodes marins (en particulier les crustacés) et la systématique des arthropodes marins. Il aura également des connaissances sur l'échelle des temps géologiques et les grands traits de l'histoire du Phanérozoïque, le sujet concernant un groupe connu du Cambrien à la fin du Crétacé. Il s'impliquera dans le processus d'acquisition et de traitement de l'imagerie 3D.
Extrait du descriptif :
Les thylacocéphales (Euarthropoda, Thylacocephala) sont des arthropodes marins énigmatiques, appartenant à une lignée éteinte aujourd'hui. Ils possédaient une carapace bivalve, de redoutables appendices préhensibles et très souvent des yeux énormes. Les premiers fossiles identifiés comme des thylacocéphales remontent potentiellement au Cambrien (-515 millions d'années) et plus sûrement au Silurien (-420 millions d'années). Les derniers représentants sont signalés au Crétacé supérieur (Santonien : -85 millions d'années) où la lignée semble s'éteindre. Le registre fossile des thylacocéphales est très lacunaire et comme les crustacés décapodes, ils sont généralement récoltés dans les Konservat-Lagerstätten ou gisements à préservation exceptionnelle. Leur distribution paléogéographique est toutefois mondiale à l'exception de l'Amérique du Sud et de l'Antarctique. L'anatomie, le(s) mode(s) de vie et les affinités systématiques des thylacocéphales sont depuis toujours largement inconnus e...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7207 Centre de recherche sur la PaléobioDiversité et les Paléoenvironnements
Directeur de thèse :
Bardet
Sujet :
Cavités encéphaliques et longirostrie chez les crocodyliformes: signal phylogénétique et paléoécologique
Equipe :
Formes et Fonctions (Dir. N Bardet)
Profil du candidat recherché :
Paléontologue, familiarisé avec l'anatomie des reptiles actuels ou fossiles.
Extrait du descriptif :
Les crocodyliformes ont occupé différents milieux au cours de leur histoire. Si les adaptations de leur morphologie externe ont été largement étudiées, ce n'est pas le cas pour leurs structures endocrâniennes, liées aux tissus mous et nécessitants l'utilisation du CT Scan, comme l'encéphale, les sinus ou l'oreille interne. Or, de nombreuses modifications de ces structures ont été observées chez les formes aquatiques comparées aux formes terrestres, que ce soit chez les reptiles ou les mammifères. Le doctorant étudiera donc la morphologie interne des crocodyliformes actuels et fossiles, et en particulier les formes longirostres, afin d'en extraire des informations paléoécologiques, mais aussi phylogénétiques. Deux principaux groupes de crocodyliformes longirostres existent encore actuellement, les gavialoïdes et les tomistominés. L'exploration des morphologies internes chez des espèces actuelles, gavial et faux gavial, servira de référentiel pour l'étude de formes phylogénétiquement élo...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
SHILLITO
Sujet :
Métabolisme des lipides membranaires et modulation homéo-visqueuse en fonction de la pression hydrostatique, chez les crevettes profondes et littorales.
Equipe :
Adaptations aux Milieux EXtrêmes (AMEX, équipe 3). Equipe composée de 3 enseignants-chercheurs, 1 ingénieur en mécanique, 1 technicienne en biologie moléculaire.
Profil du candidat recherché :
Bonnes connaissances en Biochimie et métabolisme des lipides. Bonne connaissance des approches statistiques multi-variées.
Extrait du descriptif :
Les membranes biologiques sont des assemblages complexes de lipides, de protéines et de polysaccharides. Elles peuvent être définies d'un point de vue biophysique par un certain nombre de propriétés mécaniques et notamment la fluidité membranaire, un élément crucial pour le fonctionnement cellulaire. Le comportement dynamique des membranes dépend directement de variables environnementales telles que la température et la pression, mais également de leur composition moléculaire, en particulier la composition en lipides (1, 2). La théorie homéo-visqueuse propose que chaque organisme ajuste la composition moléculaire de ses membranes, en fonction des paramètres environnementaux, afin de maintenir une fluidité "universelle" garante de leur bon fonctionnement (3). Ainsi on observe chez les ectothermes des milieux froids une augmentation des proportions de chaines insaturées dans les phospholipides, pour compenser la rigidification des membranes par le froid (4). Si ce phénomène d'adaptati...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
BARATTE
Sujet :
Décrire le système olfactif chez la seiche Sepia officinalis : approches développementales, moléculaires et fonctionnelles
Equipe :
Equipe 2 - Neurogenèse des Céphalopodes (L. Bonnaud-Ponticelli)
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra posséder de bonnes connaissances en Biologie animale (dont Biologie Marine), en Evolution et Phylogénie ainsi qu'une bonne maîtrise des outils de Biologie Moléculaire classiques (PCR, clonage, hybridation in situ).
Extrait du descriptif :
> Problématique Depuis quelques années, l'équipe de recherche développe le modèle Seiche (Sepia officinalis) comme modèle Mollusque d'étude de la neurogenèse, pour mieux comprendre l'évolution de la famille des Céphalopodes d'une part, mais également comprendre l'évolution des systèmes nerveux plus largement au sein des Métazoaires. Au sein des Mollusques, les céphalopodes sont particulièrement intéressants car ils présentent un système nerveux complexe et hiérarchisé, analogue à celui des Vertébrés, bien que présentant une architecture nerveuse complètement différente. Les voies sensorielles, visuelles et olfactives, y sont particulièrement développées chez ces prédateurs mais peu d'études se sont encore intéressées à leur description tant au niveau histologique, moléculaire que fonctionnel. > Objectifs du travail de thèse Trois approches ont été définies pour étudier l'appareil olfactif de la seiche commune. Elles s'appuieront, pour leur réalisation, sur les compétences de l'é...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Meziane
Sujet :
Synergie entre matière organique d'origine phytoplanctonique et communautés microbiennes libres et attachées.
Equipe :
Equipe 6 de l'UMR BOREA : souRcE et tranSfert de la matière organique en milieu AQUAtique - RESAQUA. Responsable d'Equipe Pr. Tarik Meziane , 5 HDR dans l'équipe.
Profil du candidat recherché :
Le/la candidat(e) possédera un master en écologie et/ou microbiologie, aura des connaissances en écologie microbienne en milieu aquatique, sera autonome avec un bon esprit d'équipe, des qualités rédactionnelles et orales. Des compétences en chromatographie et/ou en biologie moléculaire (hybridation in situ, séquençage, ...) seront un plus.
Extrait du descriptif :
De par leur grande diversité métabolique, les microorganismes planctoniques (bactéries et archées) constituent un maillon fondamental dans le transfert de la matière organique (MO) aquatique (dissoute et particulaire) au sein des réseaux trophiques planctoniques et conditionnent en partie son transfert vers le compartiment benthique. En effet, les multiples activités enzymatiques des populations hétérotrophes au sein de la communauté microbienne, soutenues et potentiellement coordonnées par l'existence de mécanismes de communication cellulaire (ou quorum-sensing), permettent la minéralisation des différents pools de MO et ainsi régulent leur accumulation et leur exportation. Ces activités et ces interactions cellulaires vont varier selon le mode de vie des microorganismes, libres dans la colonne d'eau ou attachés principalement aux fractions particulaires de la MO (agrégats). Les micro-organismes attachés sont généralement plus abondants et plus actifs que ceux libres dans la colonne d...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Koubbi
Sujet :
Etude des réponses de l'écosystème pélagique de l'océan Austral aux changements climatiques par une approche multi-échelles
Equipe :
Equipe 4 : Dispersion larvaire et organisation des communautés en milieu austral et insulaire tropical
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit être titulaire d'un master en sciences de la mer (océanographie, écologie ou environnement marins) avec : - des connaissances souhaitées en taxonomie du plancton et ou des poissons, - des connaissances et une pratique des analyses numériques en écologie, - des compétences dans l'utilisation de R, d'ArcGIS et des bases de données - des connaissances en recherches bibliographiques, - des capacités rédactionnelles et de communication orale en français et en anglais - une aptitude souhaitée au travail en mer.
Extrait du descriptif :
Les écosystèmes de l'Océan Austral sont particulièrement sensibles aux changements climatiques (Constable et al. 2014), avec des changements observés à des degrés divers au niveau des zones frontales polaire et subantarctique. Pourtant, ces changements et leurs impacts sur les communautés demeurent mal documentés, notamment parce que les connaissances sur les distributions des espèces et communautés et leurs liens avec le climat sont fragmentaires. Plusieurs travaux ont tenté de définir des écorégions qui se distinguent les unes des autres en fonction de leurs caractéristiques abiotiques, hydrologiques ou géographiques et par les différences d'assemblages d'espèces y vivant (Koubbi et al., 2011). Malgré ces efforts, il existe de nombreux secteurs inexplorés en zone océanique et dans les grandes profondeurs qui nécessitent d'être étudiés afin de développer les modèles d'habitats des espèces et de tester les scénarios liés aux changements climatiques sur la diversité pélagique. Ce proje...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7208 Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Directeur de thèse :
Feunteun
Sujet :
Biogéographie des traits d'histoires de vie, zone de ponte et transport larvaire des anguillidés de l'Atlantique: l'apport de l'analyse des éléments traces et isotopiques à l'aide de la NanoSims.
Equipe :
Le doctorant sera placé au sein de l'équipe 5 dirigée par E. Feunteun et P Claquin. Il disposera ainsi d'un environnement scientifique de qualité en s'inscrivant dans les travaux du volet 3 de l'équipe: migration et dispersion chez les poissons. C'est un axe fort de l'équipe ayant permis la publication de nombreux articles. Il sera également épaulé par plusieurs collègues (T Trancart, A Acou), particulièrement compétents en statistique et spécialistes de la biologie de l'anguille.
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra posséder de solides aptitudes au travail de précision en laboratoire (préparation, inclusion des otolithes), une connaissance et une volonté de travailler avec des outils analytiques de haute technologie et enfin une maitrise des outils statistiques (logiciel R notamment) pour modéliser les liens entre microchimie des otolithes et conditions environnementales. Le candidat aura à réaliser des expérimentations animales (maintien et élevage de civelles d'anguilles européennes à des températures connues). Par ailleurs, une connaissance des modèles étudiés serait appréciée et une maitrise des principales notions en océanographie physique et chimique serait un plus.
Extrait du descriptif :
Cette thèse vise à revisiter les hypothèses relatives aux zones de ponte et au transport larvaire des anguillidés de l'Atlantique. Elle s'appuiera sur l'analyse de la variabilité des traits de vie larvaire déduite de l'analyse microchimique et microstructurale des otolithes de civelles d'anguilles européennes et américaines, capturées à l'issue de leur migration transocéanique dans des cours d'eau distribués du nord au sud de l'aire de distribution de chacune des espèces. Les 16 espèces d'anguilles sont réparties dans tous les océans et tous les continents (hormis l'Antarctique). Apparues voici environ 100 millions d'années, dans l'actuelle région de l'Indonésie, elles ont lentement évolué à la faveur de la dérive des continents et des changements océanographiques. Il y a environ 25 à 30 millions d'années des évènements tectoniques ont séparé les lignées indo-pacifiques de la lignée atlantique. A partir d'un ancêtre commun, les deux espèces de l'Atlantique se sont progressiveme...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
Lepetz
Sujet :
Etude archéo-histologique des cochons domestiques (Sus scrofa domesticus) aux périodes antique et médiévale en France : pour de nouveaux indicateurs de l'intensification des pratiques de l'élevage.
Equipe :
Sociétés protohistoriques et historiques, Europe & Méditerranée » (SPH - dir. S. Lepetz), UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements
Profil du candidat recherché :
Le candidat aura une bonne expérience en histologie osseuse (travaux de Master) et sera intéressé par une étude interdisciplinaire incluant les approches archéologiques et historiques.
Extrait du descriptif :
L'histoire des systèmes agropastoraux en France entre la période gauloise et le Moyen Âge a profité grandement de l'étude archéologique et archéozoologique des structures de production (fermes, agglomérations rurales, villages). Les changements socioéconomiques liés à l'émergence des villes au IIIe siècle avant notre ère, puis à la Romanisation de la Gaule du nord à partir du règne d'Auguste, ont entraîné de nombreuses et profondes modifications de l'élevage. La taille des animaux domestiques a bondi, sans doute sous les effets conjugués d'une meilleure alimentation et de modes de soin nouveaux. On perçoit en outre une importante augmentation des rendements agricoles, que nécessitaient d'une part les concentrations urbaines et d'autre part l'alimentation en flux tendu des frontières de l'Empire, laissées sous la garde des légions de Rome. La fin de l'Empire, l'entrée dans le Moyen Âge, avec d'autres logiques économiques, a eu comme conséquence un abandon des pratiques antiques et une d...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
Balasse
Sujet :
Anthropisation des milieux, pratiques agricoles et élevage au Néolithique : quels impacts sur la biodiversité entomologique ?
Equipe :
"Biodiversités, anthropisation des écosystèmes et sociétés du Tardiglaciaire à l'Holocène" (BEASTH) L'équipe "BEASTH " regroupe des chercheurs travaillant entre autres sujets sur les derniers chasseurs-collecteurs et les premiers paysans dans les régions où l'agriculture et l'élevage ont été acquis par contact avec des sociétés déjà néolithiques. L'équipe BEASTH s'intéresse aux processus de diffusion et d'adaptation à de nouveaux environnements des taxons domestiques et des cortèges qui les accompagnent, ainsi qu'à la transformation de leurs techniques d'exploitation. Elle a pour objet les déclinaisons biologiques et techno-culturelles des civilisations néolithiques jusqu'aux marges de leur diffusion. En lien avec cette ligne directrice initiale, l'équipe a récemment enrichi ses thématiques de recherche en s'engageant notamment avec force sur la reconstitution des dynamiques d'exploitation et de transformation des milieux naturels au cours du Néolithique européen.
Profil du candidat recherché :
En vertu du corpus étudié (fragments d'insectes), le candidat devra posséder une connaissance approfondie de l'anatomie, de la systématique, de la biologie, de l'écologie et de la biogéographie historique des groupes d'arthropodes les plus fréquemment conservés en contexte archéologique (coléoptères et diptères notamment). Ces connaissances serviront à répondre à des problématiques ayant trait à l'histoire des interactions naturelles et culturelles entre les arthropodes et les sociétés humaines (anthropophilie, commensalisme, parasitisme). Enfin, le candidat devra être en mesure de faire la synthèse des résultats archéoentomologiques, les traduire en termes archéologiques, paléoécologiques, paléoclimatiques et d'évolution de la biodiversité et des cortèges de faune.
Extrait du descriptif :
L'archéoentomologie, qui étudie les assemblages d'insectes de contextes anthropisés, fournit de précieuses informations sur le mode de vie de nos ancêtres, l'évolution des modes alimentaires, les pratiques agro-pastorales, l'état sanitaire des populations passées, l'impact des activités humaines sur les paléo-milieux ou encore les pratiques funéraires (Huchet 2014, 2015, 2017). Bien qu'encore marginale et peu développée en France, l'archéoentomologie se révèle comme une approche heuristique novatrice pouvant contribuer de façon particulièrement efficiente aux problématiques archéologiques et bioarchéologiques. La possibilité d'étudier les cortèges entomofauniques anciens est directement liée à l'un des principaux constituants de l'exosquelette des arthropodes, la chitine, particulièrement résistante à la décomposition. À cet égard, les milieux hyper-humides anaérobies (sédiments lacustres, tourbes) constituent des conservatoires privilégiés des vestiges entomologiques. Étroitement spé...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
Lefèvre
Sujet :
Processus de domestication des camélidés au Pérou : approche archéozoologique multicritère
Equipe :
Milieux littoraux et ressources aquatiques
Profil du candidat recherché :
Formation requise aux méthodes et outils de l'archéozoologie avec solides compétences en 1) anatomie ostéologique crânienne, dentaire et post-crânienne, 2) biogéochimie isotopique, 3) morphométrie géométrique.
Extrait du descriptif :
Les lamas [Lama glama (Linnaeus, 1758)] et les alpagas [Vicugna pacos (Linnaeus, 1758)] ont été domestiqués il y a 4000 ans à partir de deux espèces sauvages : les guanacos [Lama guanicoe (Müller, 1776)] et les vigognes [Vicugna vicugna (Molina, 1782)]. Ce sont les seuls grands mammifères domestiqués sur le continent américain et ils ont joué un rôle économique et symbolique majeur dans l'évolution des sociétés préhispaniques, notamment à travers le développement du pastoralisme andin, moteur des échanges entre les différents étages écologiques des Andes. Jusqu'à une période récente, ce dernier permettait aux populations humaines d'accéder aux ressources et matières premières essentielles. Les récents travaux archéozoologiques et génétiques montrent qu'il existerait deux centres indépendants de domestication des camélidés andins : le centre des Andes (Pérou) et l'aire centre-sud des Andes (sud Pérou, nord Chili, Bolivie, nord-ouest de l'Argentine). Ce processus aurait eu lieu entre 60...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7209 Archéozoologie, Archéobotanique, Sociétés, Pratiques, Environnements
Directeur de thèse :
RUAS
Sujet :
Agrobiodiversité du territoire de Mouweis (Soudan central), cité méroïtique du 4e s. av. J.-C. au 4e s. ap. J.-C. et l'essor de la culture coton - Innovations agricoles en Afrique et Arabie.
Equipe :
SAPAA - Sociétés, Animaux et Plantes en Asie et en Afrique
Profil du candidat recherché :
Formation requise aux outils et méthodologie de laboratoire en carpologie (tri, diagnose, interprétation) Expérience en archéologie de terrain (échantillonnage, prélèvements, lecture stratigraphique et des contextes) Formation requise aux outils et méthodologie en morphométrie géométrique
Extrait du descriptif :
À partir de la fin du 1er millénaire av. n. ère, les systèmes agraires antiques du nord-est africain et d'Arabie sont marqués par l'acclimatation de nouvelles plantes annuelles et pérennes, communément appelées « cultures d'été », comme le coton (Gossypium sp.) de chaque côté de la mer Rouge, ou le sorgho (Sorghum bicolor) et le mil à chandelle (Pennisetum glaucum) au Soudan et en Egypte. Ces cultures sont originaires des régions sub-tropicales et tropicales africaines ou indiennes, dont la croissance, généralement rapide, demande des températures et un taux d'ensoleillement élevées et un apport substantiel en eau. Le projet de thèse vise à étudier les dynamiques d'acclimatation de ces nouvelles plantes au sein des systèmes agraires pré-existants et les composantes socio-techniques et environnementales qui leur sont associées à l'aide d'une approche archéobotanique qui comprend deux directions. Le premier volet est l'étude carpologique (étude des assemblages de graines, fruits et des é...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7221 Evolution des régulations endocriniennes
Directeur de thèse :
Demeneix
Sujet :
Rôles de la signalisation thyroïdienne dans la plasticité des cellules souches neurales et impact de sa perturbation au cours du développement chez la souris et le Xénope.
Equipe :
Intégration des réponses transcriptionelles induites par les hormones thyroïdiennes et leurs récepteurs
Profil du candidat recherché :
Le candidat doit avoir de solides connaissances en biologie cellulaire et/ou moléculaire et en biologie animale. Une expérience de travail sur des modèles animaux (études in vivo) et/ou en culture cellulaire (études in vitro) sera appréciée. Enfin, le candidat devra faire preuve de motivation quant à l'utilisation d'outils bioinformatiques afin de réaliser des études comparatives.
Extrait du descriptif :
Les hormones thyroïdiennes (HTs) sont essentielles au développement, à la maturation et à la plasticité du cerveau des vertébrés. Nous avons montré récemment chez la souris adulte que les HTs affectent différemment le destin des cellules souches neurales (CSNs) selon qu'elles s'engagent vers un neurone ou vers un oligodendrocyte, cellule gliale du système nerveux central qui génère la gaine de myéline autour des neurones. Les HTs favorisent le destin neural des CSNs (Lopez-Juarez et al, 2012), notamment via l'activation du métabolisme mitochondrial (Gothié et al, 2017). En revanche, une fenêtre temporelle sans HTs favorise la génération de nouveaux oligodendrocytes à partir des CSNs adultes (Remaud et al, 2017). Cependant, le rôle des HTs dans la génération des neurones et des glies au cours du développement post-natal chez la souris est peu connu. Notre hypothèse est que le pic précoce en HTs - deux semaines après la naissance (post natal day, PND 15) (Hadj-Sahraoui et al, 2000) - ...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7221 Evolution des régulations endocriniennes
Directeur de thèse :
Levi
Sujet :
Bases génétiques du comportement animal : implications de Dlx5/6 pour l'adaptation à l'environnement
Equipe :
L'objectif général de l'équipe " Régulations lors de la morphogénèse " est de comprendre comment le génome détermine les grandes fonctions de l'organisme et leur capacité d'adaptation à l'environnement. Par des approches de génétique sur la souris nous visons à comprendre l'implication des facteurs de transcription Dlx5/6 dans la mise en place et le maintien de structures anatomiques permettant la survie des vertébrés. Nos recherches récentes ont montré les rôles de ces gènes dans le développement des structures faciales permettant la prédation, du système nerveux central et du système reproducteur. Notre intégration au sein du Muséum et la présence dans l'équipe d'un expert du comportement des animaux sauvages et d'un clinicien nous donne un point de vue privilégié sur la relation organisme/environnement et sur la compréhension de certaines pathologies humaines. L'équipe est composée de quatre chercheurs, deux techniciennes, une étudiante en thèse (2e année) et un étudiant M2.
Profil du candidat recherché :
L'étudiant ou l'étudiante devra être titulaire d'un master de recherche en biologie et posséder une solide formation en génétique, un fort intérêt pour les processus adaptatifs et une bonne maitrise de l'anglais. Il/elle devra être animé/e d'un réel désir de découverte. Des notions de base en neurosciences seront appréciées. Il est indispensable que le/a candidat/e soit en mesure de travailler avec des souris.
Extrait du descriptif :
Ce projet de thèse abordera la question des mécanismes génétiques contrôlant les interactions d'un animal avec son environnement. Il s'agit d'un paramètre essentiel pour sa survie et indirectement celle de son espèce : l'exploration d'un nouveau territoire, non-sûr, peut permettre de découvrir des conditions de vie plus favorables et de nouvelles ressources alimentaires. Réciproquement, ne jamais explorer de nouveau territoire comporte aussi des risques liés à l'épuisement des ressources et de l'espace vital. Il s'agit donc là d'une décision importante comportant risques (prédateurs, conditions défavorables) et bénéfices (colonisation, ressources). Certains facteurs, comme la faim ou l'impulsivité promeuvent ce comportement exploratoire, tandis que d'autres, comme le stress ou l'anxiété, l'inhibent. Les prises de décision de ce type, nécessitant d'évaluer les balances bénéfices/risques reposent sur des réseaux neuronaux mettant en jeu plusieurs structures cérébrales spécialisées, imp...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
Kunz
Sujet :
Rôles de polycétides fongiques issus des PKS-NRPS de l'endophyte Acremonium zeae dans un modèle d'interaction tripartite endophyte-plante-pathogène
Equipe :
Chimie des Produits Naturels Fongiques
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra justifier d'un Master en biochimie, ou en microbiologie. Une expérience en chimie analytique (spectrométrie de masse) serait appréciée.
Extrait du descriptif :
Contexte scientifique Le champignon filamenteux Acremonium zeae, un endophyte du maïs, possède une activité inhibitrice contre les pathogènes de cette plante [1]. Son rôle protecteur pour la plante serait notamment dû à sa capacité à produire les pyrrocidines, des molécules antifongiques [2]. L'association de trois organismes : champignon endophyte (A. zeae) ' plante hôte (maïs) ' pathogène fongique (Fusarium verticillioides), constitue un modèle tripartite de choix pour l'étude de la communication chimique médiée par les pyrrocidines. Afin d'appréhender le rôle joué par les pyrrocidines dans cette interaction, il est primordiale d'identifier les gènes de biosynthèse codant pour les enzymes impliquées dans la biosynthèse des pyrrocidines. La structure des pyrrocidines permet de suggérer que ce sont des mégaenzymes de type polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase (PKS-NRPS). Des études menées sur certaines PKS-NRPS hybrides ont par ailleurs montré que ces mégasynthases pou...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
FLORENT
Sujet :
Caractérisation du génome et du protéome de Grégarines, modèles d'étude pour comprendre la diversification des apicomplexes et l'adaptation à la vie parasitaire
Equipe :
Biodiversité et Adaptation des Microorganismes Eucaryotes à leur Environnement, UMR7245 CNRS-MNHN, Molécules de Communication et Adaptations des Microorganismes, MNHN
Profil du candidat recherché :
Une formation solide est requise en biologie des organismes dont les microorganismes eucaryotes, comprenant la maîtrise de la littérature en histoire évolutive des microorganismes eucaryotes, des compétences dans les approches in silico de fouille et d'analyse de données, ainsi que des compétences en biologie cellulaire eucaryote, biologie moléculaire et imagerie.
Extrait du descriptif :
Les Apicomplexa, eucaryotes unicellulaires représentant collectivement ~6.000 espèces, ont tous adopté un mode de vie parasitaire strict [1]. Ils comprennent des parasites intracellulaires de vertébrés se développant dans un à plusieurs hôtes, responsables de pathologies graves (Paludisme, Toxoplamose, Cryptosporidioses). Leurs génomes ont été séquencés (EupathDB) et font office de références majeures pour la génomique comparative et la reconstruction de l'histoire évolutive des apicomplexes. Cependant, ces espèces ne représentent que la partie émergée de l'iceberg, les apicomplexes comprenant aussi les grégarines, ~40% de la biodiversité des Apicomplexa [1,2], méconnues sur le plan génomique en raison de l'impossibilité actuelle de les cultiver. Les grégarines sont des parasites principalement extracellulaires, monoxènes et non pathogènes, d'une grande diversité d'hôtes non-vertébrés (polychètes, crustacés, insectes, ...). Récemment, deux protoapicomplexes photoautotrophes asso...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
Duperron
Sujet :
Interactions entre proliférations de cyanobactéries et microbiote des poissons téléostéens d'eau douce
Equipe :
Cyanobactéries, Cyanotoxines et Environnement, 12 rue Buffon, 75005 Paris, (responsable : C. Bernard) L'équipe Cyanobactéries, Cyanotoxines et Environnement s'intéresse à l'écotoxicologie, l'écologie microbienne et l'écologie chimique des écosystèmes aquatiques continentaux et tout particulièrement à la diversité taxonomique, au rôle fonctionnel ainsi qu'aux impacts écotoxicologiques des cyanobactéries.
Profil du candidat recherché :
Le/la candidat(e) possédera de solides connaissances en écologie microbienne, allant si possible de la production des données (extractions d'ADN, PCR, séquençage, analyse chimique) à leur analyse à l'aide d'outils informatiques (logiciels d'analyse de données type QIIME, R'). Des connaissances concernant les microbiotes et les cyanobactéries seront appréciées, de même qu'une expérience en expérimentation animale. Il/elle devra être capable de faire preuve d'autonomie dans la gestion de son projet, d'esprit d'initiative, et de rigueur scientifique. Des qualités de communication sont attendues. Enfin, un bon niveau d'anglais (lu, écrit, parlé) est indispensable.
Extrait du descriptif :
Une question émergente en écologie concerne l'importance des interactions entre les organismes et le microbiote qu'ils hébergent (1). L'individu est désormais considéré comme un holobionte dont la physiologie résulte de leurs interactions. Localisé à l'interface entre l'hôte et son environnement, le microbiote influence de nombreux processus (nutrition, développement, résistance aux stress, comportement). Bien qu'il s'agisse d'un maillon important des écosystèmes, ce microbiote reste encore souvent peu pris en compte lorsqu'on aborde des questions environnementales. En milieu lacustre, les efflorescences de cyanobactéries sont des événements naturels fréquents et récurrents, favorisés par l'eutrophisation des eaux. Elles modifient la structure des communautés microbiennes. Souvent favorisées par les apports anthropiques en nutriments, elles posent des problèmes environnementaux et de santé publique. Elles peuvent provoquer des mortalités massives, en particulier chez l'ichtyofaune,...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7245 Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)
Directeur de thèse :
ZIRAH
Sujet :
Protéines de couche S des procaryotes : glycosylation et rôle dans les interactions minéral / vivant
Equipe :
MDCEM (Molécules de Défense et de Communication dans les Ecosystèmes Microbiens)
Profil du candidat recherché :
Master Chimie analytique, Biochimie ou Microbiologie avec expérience en spectrométrie de masse.
Extrait du descriptif :
Largement répandues chez les procaryotes, les couches S forment une matrice paracristalline rigide à la surface cellulaire et jouent un rôle important dans l'intégrité de la paroi cellulaire, la protection face aux pressions environnementales et les interactions biotiques et abiotiques [1]. Elles sont constituées d'un auto-assemblage régulier de protéines de masse moléculaire > 120 kDa qui arborent de nombreuses modifications post-traductionnelles, et en particulier la glycosylation [2]. La glycosylation des protéines de couche S montre une diversité remarquable et contribue largement à la fonction des couches S en modifiant la solubilité, la stabilité et les propriétés physico-chimiques des protéines de couche S. Les protéines de couche S d'archées portent le plus souvent des N-glycosylations. Chez l'archée halophile Haloferax volcanii, la concentration saline a révélé une incidence sur la nature et la localisation des N-glycosylations, suggérant un rôle de la glycosylation dans l'ada...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim
Directeur de thèse :
SAUTTER
Sujet :
Lithothèque d'analogues Martiens et de météorites caractérisées par spectrométrie LIBS-RAMAN-IR (Instrument SuperCam à bord du robot martien MSL2020)
Equipe :
UMR 7590 (IMPMC) équipe ROCKS (6/7 chercheurs basés MNHN). La thèse se fera à cheval sur les deux sites de l'IMPMC: le MNHN détenteur des plus grandes collections françaises de roches (350 000 échantillons) et de météorites (4000 échantillons uniques 3ème rang mondial) ; l'université de Paris VI dotée d'une plateforme d'analyse en spectroscopie RAMAN (Raman continu conventionnel & cartographie, Raman résolu en temps avec analyse en chambre martienne) et Infra-rouge (en réflectance diffuse dans la gamme spectrale de SuperCam) dédiée à l'analyse des roches terrestres et extraterrestres. Seules les analyses LIBS se feront à l'IRAP à Toulouse. L'étudiant(e) choisi(e) sera intégré(e) dans l'équipe ChemCam et participera donc aux opérations pilotées à Toulouse par le CNES. Le CNES prendra aussi en charge les déplacements Paris Toulouse et la participation aux conférences internationales. La demi bourse demandée au CNES est conditionnée par l'obtention d'un financement de l'ED.
Profil du candidat recherché :
Master Planétologie Bonnes connaissances en pétrologie , géochimie et spectroscopie Connaissance de la géologie martienne
Extrait du descriptif :
Le but de cette thèse est de créer une nouvelle lithothèque d'analogues martiens au sein des collections de roches endogènes et de météorites du MNHN qui sera caractérisé en combinant plusieurs techniques spectroscopiques spatiales actuellement ou prochainement déployées à la surface de Mars à bord des robots Curiosity et MSL2020. Il s'agit de : (1) déterminer la vraie nature chimique et minéralogique de la croûte martienne la plus ancienne d'âge noachien (plus de 4.2 Ga) potentiel berceau d'une vie primitive ; (2) quantifier l'apport de matériel météoritique notamment celui des chondrites carbonées à la surface de Mars, qui pourrait être à l'origine de la matière organique détectée par SAM sur Curiosity ; (3) réinterpréter les résultats des missions en cours et préparer les missions MSL2020 et de retour d'échantillons martiens. Contexte Cette thèse s'inscrit dans le contexte de l'exploration robotisée de Mars à travers deux missions MSL/Curiosity et MSL2020 accueillant des instrume...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7590 IMPMC Institut de Minéralogie de Physique des Matériaux et de Cosmochim
Directeur de thèse :
Farges
Sujet :
Les « Diamens de la Couronne » au MNHN au 18e siècle : minéralogie, savoir-faire lapidaires et usages.
Equipe :
IMPMC, Institut de minéralogie, physique des matériaux et cosmochimie, UMR CNRS 7590 (site Buffon) 61 rue Buffon 75005 Paris
Profil du candidat recherché :
A la fois expert en histoire de l'art (dont paléographie) et analyse minéralogique. Licence Histoire (dont histoire de l'art) et Master archéométrie/minéralogie/géochimie (ou l'inverse).
Extrait du descriptif :
De par leur rareté géologique et prétendue désirabilité, les joyaux sont les instruments de pouvoir parmi les plus efficients pour caractériser diverses évolutions stylistiques ayant eu cours sous l'Ancien Régime mais aussi sous les gouvernements qui suivirent au 19e siècle. Ces pierreries restent, curieusement, très peu étudiées car ce domaine n'est pas autant considéré en France par les historiens de l'art que la peinture ou même l'orfèvrerie. De plus, la très grande majorité des pierreries du fond des Diamens de la Couronne a été malheureusement dispersée en 1792 et 1887, interdisant toute étude extensive de ce corpus avec les méthodologies actuelles de minéralogie et d'histoire de l'art. Le MNHN possède certaines de ces gemmes extraordinaires, données soit en 1794 soit en 1887. Mais les quelques monographies disponibles (Morel, 1988) révèlent quantité de postulats voire d'erreurs souvent reprises de nos jours : le Grand Saphir des nos collection (inv. A.67) était prétendument dé...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
Le Galliard
Sujet :
Conflits entre balance hydrique et thermique pendant la reproduction: une base de la vulnérabilité climatique chez un reptile vivipare?
Equipe :
Variabilité phénotypique et adaptation (VPA), Directeur: Tom van Dooren (CNRS) http://ieesparis.ufr918.upmc.fr/spip.php?article273&lang=fr
Profil du candidat recherché :
Le (la) candidat(e) recherché(e) devra avoir de solides connaissances en zoologie et écophysiologie animale, méthodes expérimentales, analyses statistiques, et des bonnes connaissances en écologie évolutive et écologie animale. Un goût pour le travail de terrain, du sérieux et la rigueur pour la conduite de protocoles expérimentaux et une capacité de travail autonome seront appréciés. L'étudiant(e) devra contribuer aux activités communes du laboratoire et être mobile entre les différents sites du projet.
Extrait du descriptif :
L'étude des effets écologiques combinés de la température et de la disponibilité en eau chez les ectothermes terrestres est nécessaire pour mieux comprendre et atténuer les impacts du changement climatique sur la biodiversité. Un grand nombre de travaux ont examiné l'impact du stress thermique sur les ectothermes terrestres, tandis que quelques autres se sont concentrés sur les contraintes hydriques. Cependant, le réchauffement climatique implique des changements simultanés de la disponibilité en eau et des conditions thermiques et les réponses écologiques à ces "cocktails climatiques" sont difficiles à prédire à partir d'études monofactorielles. Les effets des changements climatiques sont déterminés par les réponses individuelles aux étapes critiques de la vie qui contribuent le plus à la dynamique de la population et sont les plus sensibles, comme la gestation chez les espèces vivipares. Ce projet de thèse vise à construire une compréhension claire des interactions entre l'hydroré...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
VIGNAL
Sujet :
Effets de l'urbanisation sur la communication acoustique, le stress physiologique et le succès reproducteur des mésanges bleues et charbonnières. Implications pour la biodiversité avienne en ville.
Equipe :
Equipe Ecophysiologie Evolutive
Profil du candidat recherché :
Le (la) candidat(e) recherché(e) devra avoir de solides connaissances en écologie évolutive et comportementales, écophysiologie, analyses statistiques, et très une bonne capacité rédactionnelle (anglais et français). Une forte motivation pour le travail de terrain, du sérieux et de la rigueur pour la conduite de protocoles expérimentaux et une capacité de travail autonome seront indispensables. L'étudiant(e) devra contribuer aux activités communes du laboratoire et être mobile entre les différents sites de terrain du projet (le permis de conduire sera indispensable).
Extrait du descriptif :
Les changements globaux actuels induisent des variations rapides de l'environnement auxquelles les individus doivent s'adapter sur une échelle de temps réduite. En particulier, avec l'urbanisation rapide de ces dix dernières années, la ville est devenue un environnement original avec de nouvelles pressions évolutives : biologiques (parasites, prédateurs), abiotiques (pollutions sonores, lumineuses, chimiques) mais également sociopolitiques (régulations des populations, nourrissage). L'objectif de ce projet est de décrire et de comprendre les effets directs et indirects de l'urbanisation sur les individus, puis ses conséquences sur les populations. La compréhension des rôles de la sélection naturelle et sexuelle sur le fonctionnement des populations en zone urbaine est un enjeu crucial pour gérer les conflits Homme-nature, pourtant peu d'études existent actuellement sur cette question. Ce projet se focalise donc sur les réponses comportementales et physiologiques à l'urbanisation, ainsi...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
Thebault
Sujet :
Prédation intraguilde entre prédateurs et parasitoïdes : conséquences sur l'efficacité du contrôle des ravageurs
Equipe :
Ecologie et Evolution des Réseaux d'Interactions (iEES Paris) (Elisa Thébault et Thierry Spataro) Evolution, Adaptation et Comportement (LBBE) (Isabelle Amat)
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir un M2 en écologie. Un intérêt pour la modélisation et les approches théoriques est nécessaire mais le candidat devra également être disposé à s'investir dans la partie expérimentale. Une expérience dans la manipulation d'insectes sera un plus mais n'est pas indispensable.
Extrait du descriptif :
Les mesures favorisant la diversité des ennemis naturels des ravageurs sont souvent au cœur des programmes de lutte biologique par conservation. Toutefois, à cause des interactions directes ou indirectes qui peuvent s'établir au sein même du cortège des ennemis naturels, son enrichissement n'entraine pas systématiquement une meilleure régulation des ravageurs. Ainsi l'arrivée d'un prédateur d'un ravageur qui est déjà la cible d'un parasitoïde peut, selon les cas, conduire à une amélioration (e.g. Cardinale et al. 2003, Gontijo et al. 2015) ou à une dégradation du contrôle (e.g. Snyder & Ives 2001, Traugott et al. 2010). Cette dégradation peut s'expliquer par l'action conjointe de 2 processus associés à l'arrivée du prédateur. Tout d'abord, en consommant les hôtes potentiels des parasitoïdes, le prédateur peut limiter leur reproduction. Ensuite, parce que la consommation par le prédateur d'hôtes parasités constitue une forme de prédation intraguilde puisqu'elle réduit concomitamment l...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
BARNY
Sujet :
Étude du trade-off entre la survie dans l'environnement et le pouvoir pathogène chez les bactéries du genre Pectobacterium
Equipe :
L'équipe Communautés MICrobiennes dans les écosystèmes continentaux (CoMIC) est une des équipes de l'Institut d'Écologie et des Sciences de l'Environnement de Paris (iEES Paris) qui réunit 5 chercheurs et enseignant-chercheurs dont les objets d'étude sont les communautés microbiennes des écosystèmes continentaux. Les travaux de cette équipe sont développés avec la volonté 1) D'inscrire ces travaux dans un cadre théorique et conceptuel solide 2) De prendre en compte diverses échelles d'étude, allant par exemple, du gène au fonctionnement des écosystèmes 3) De s'intéresser à l'ensemble des systèmes continentaux (terrestres et aquatiques) 4) De s'appuyer à la fois sur des approches de terrain et sur des expérimentations en milieux contrôlés 5) D'utiliser les outils de la biologie moléculaire et de la bioinformatique, en particulier les nouvelles approches de séquençage à haut débit et la PCR quantitative.
Profil du candidat recherché :
Compétences recherchées en bioinformatique-évolution des génomes/microbiologie/bactériologie. Ce projet nécessitera une bonne connaissance bibliographique sur les trade-off en écologie/les méthodes d'exploration des génomes bactérien/la virulence bactérienne/les mécanismes de survie chez les bactéries. En conséquence, une curiosité marquée et une appétence pour la bibliographie seront nécessaires dès le début de la thèse. La capacité à organiser ses recherches et à présenter ses résultats de manière synthétique ainsi que goût pour le travail en équipe sont également importants.
Extrait du descriptif :
Les bactéries pectinolytiques (BP) appartenant aux genres Pectobacterium et Dickeya sont des bactéries phytopathogènes à large spectre d'hôte attaquant la majorité des familles botaniques, incluant des plantes d'intérêt agronomique comme la pomme de terre ou l'endive. Il existe une large communauté scientifique s'intéressant aux BP pathogènes sur plantes et de nombreux génomes de souches pathogènes sont séquencés. Cependant, les réservoirs environnementaux hébergeant les BP ainsi que la diversité des souches associées à ces réservoirs sont mal décrits. Nous cherchons au sein de l'équipe CoMic de l'IEES à mieux comprendre 1) quels sont les réservoirs environnementaux hébergeant les BP et 2) quelle est la diversité des BP associée à ces réservoirs. Dans cette optique, nous avons échantillonné les BP, en 2016 et 2017 au niveau de 21 sites d'eau de surface répartis le long du bassin versant de la Durance et de ses affluents. Cet échantillonnage a permis d'obtenir une représentation de ...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 7618 Institut d'Ecologie et des Sciences de l'environnement
Directeur de thèse :
MONNIN
Sujet :
Fondation indépendante ou fission : étude éco-évolutive des stratégies de dispersion des fourmis en environnements variables
Equipe :
La thèse serait rattachée à l'équipe « Les espèces sociales dans leurs environnements : adaptation et évolution (ESEAE) », qui étudie divers aspects de l'écologie, de l'évolution et du fonctionnement des sociétés d'insectes, par exemple les conflits d'intérêts entre individus et leur régulation, l'évolution des castes morphologiques (reines, ouvrières, soldats), les interactions symbiotiques (fourmis champignonnistes), la communication chimique (signaux de fertilité, phéromones de pistes) et les stratégies de fondation des nouvelles colonies (dispersion, allocation des ressources, compétition). Elle utilise pour cela plusieurs espèces de fourmis comme modèles expérimentaux et combine des approches théoriques, descriptives et expérimentales, en milieu naturel, dans des dispositifs expérimentaux in situ (10 enclos en conditions naturelles contrôlées installés à Banyuls-sur-mer) et au laboratoire.
Profil du candidat recherché :
Le (la) candidat(e) devra être intéressé par les aspects théoriques et empiriques du projet. Il devra avoir des connaissances de bases en écologie générale et en écologie théorique. Des compétences en programmation seront bienvenues pour développer les modèles, ou a minima des notions de programmation. Il (elle) devra aussi avoir un intérêt pour les approches empiriques, y compris pour faire les nombreuses sorties de terrain nécessaires.
Extrait du descriptif :
Les individus font face à un compromis évolutif entre le nombre et la taille des propagules qu'ils peuvent produire, ces deux traits contraignant simultanément les capacités de colonisation et de compétition des propagules. Une stratégie colonisatrice consiste à produire de nombreuses propagules dispersant loin, tandis qu'une stratégie compétitrice consiste à produire de grosses propagules à croissance rapide. Alors que la majorité des études se focalisent sur l'allocation moyenne (p. ex. nombre moyen ou taille moyenne des propagules), certaines espèces présentent une variabilité importante dans ces stratégies. L'évolution de cette variabilité est l'objet de la thèse. L'objectif est d'étudier l'allocation des ressources aux propagules chez une espèce présentant les deux stratégies (colonisatrice et compétitrice), en prenant en compte la richesse, la fragmentation et les variations temporelles et spatiales de l'environnement qui affectent le succès de ces stratégies. La thèse combinerai...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 8197 Institut de biologie de l'ENS
Directeur de thèse :
Cazelles
Sujet :
Modélisation de la propagation de la dengue au Cambodge : Rôle des écoles en zone rurale
Equipe :
Eco-Evo Mathématique
Profil du candidat recherché :
- Maitrise de la modélisation mathématique (déterministe et/ou stochastique) - Connaissance des techniques d'inférences Bayésiennes - Programmation en C, Matlab ou R
Extrait du descriptif :
La dengue est une maladie vectorielle ubiquiste dans les zones tropicales et sub-tropicales. On estime que 50 à 100 millions de personnes chaque année souffrent de dengue et que plus de deux tiers de la population mondiale est à risque. Sa distribution géographique est en pleine expansion notamment en relation avec le changement global. A l'heure où les premiers vaccins montrent leurs limites, il est crucial, afin d'optimiser la lutte vectorielle et les futures campagnes de vaccination, de mieux comprendre quels sont les déterminants majeurs de la propagation de la dengue. On se propose d'utiliser des modèles mathématiques pour analyser les données recueillies par le projet ANR PANIC. Ce projet a pour objectif d'étudier l'effet d'un traitement vectoriel renforcé dans les écoles d'une zone rurale au Cambodge. L'objectif du travail proposé sera de poursuivre les travaux sur les dynamiques épidémiques de dengue au Cambodge en utilisant des modèles de propagation de la dengue afin de qu...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 8197 Institut de biologie de l'ENS
Directeur de thèse :
Ferrière
Sujet :
The eco-evolutionary dynamics of aggregative multicellularity: From phenotypic heterogeneity to division of labour in D. discoideum.
Equipe :
The EEM team has recently equipped a new laboratory for microbiological research. The Lab manager S. Adiba has extensive experience of Dictyostelium, which was the subject of her PhD thesis, and in particular she masters all culture and molecular procedures needed for this project. Image analysis and data treatment expertise will be ensured by S. De Monte and S. Adiba, and will take advantage of an already established collaboration with the neighboring team of Auguste Genovesio. The co-directors offer an expertise in mathematical modelling, both qualitative and quantitative. Their long experience in eco-evolutionary population dynamics will be important for bridging between cell-biology techniques and evolutionary questioning. The teams and their immediate environment, both in Paris and Germany, host several young researchers and offer a dynamical intellectual landscape where experimental and theoretical interests converge.
Profil du candidat recherché :
This project requires a broad spectrum of skills, ranging from cultures and molecular experimental techniques, to computer programming for image analysis and model development. The candidate should be competent and autonomous in at least part of those skills, and will acquire familiarity with the others during the thesis. The level of difficulty required for the project is such that this can be achieved more easily by students with a previous training in microbiology.
Extrait du descriptif :
Aggregative multicellularity emerged at least six times independently along the tree of life, but is still considered to be an evolutionary conundrum. Indeed, the potentially disruptive conflicts among cells types is predicted to lead to the loss of collective function on evolutionary timescales, unless positive assortment of cellular types is maintained. Because of its similarities to the paradox of cooperation, the evolution of multicellular or 'social' organization in microbes has been framed in terms of sociobiology, whose main conclusion is that the key ingredient for sustaining cooperation is genetic homogeneity. However, in nature, different strains commonly co-aggregate . Several alternative models have hence been proposed, which show that the evolution of cooperative behavior is facilitated, even in the absence of kinship, when more realistic features of the organism ecology are included: environmental stochasticity, cell adhesion and movement. All these models consider a dire...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UMR 8227 Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins
Directeur de thèse :
BOYEN
Sujet :
Etudes des interactions hôte-microbiome chez l'algue brune Saccharina latissima
Equipe :
Biologie des algues et interactions avec l'environnement, responsable C. Leblanc. L'équipe s'intéresse plus particulièrement aux réponses métaboliques des algues face aux stress biotiques et abiotiques, et à la défense et à la signalisation chimique des algues brunes lors des interactions avec les herbivores ou avec les endophytes. En étudiant la biologie de l'holobionte, c'est-à-dire des algues et de leur microbiome, nous cherchons également à mieux comprendre le rôle des bactéries associées dans la physiologie des algues. En parallèle, l'accès aux génomes d'algues modèles et de bactéries associées nous permet d'explorer les fonctions de certaines voies métaboliques originales, par des approches de génomique fonctionnelle. Les données génomiques sont aussi une ressource pour mieux comprendre l'évolution des voies métaboliques impliquées dans les réponses physiologiques des algues.
Profil du candidat recherché :
Master 2 en (micro)biologie, ou biologie végétale, ou écologie. Des bases solides in biologie moléculaire et microbiologie sont requises. Des connaissances dans un ou plusieurs des domaines suivants seront appréciées : Analyses de (meta)barcoding, taxonomie et culture d'algues, métabolisme, écologie microbienne.
Extrait du descriptif :
Les interactions entre les algues et leurs bactéries associées constituent une composante importante de la biologie de ces organismes. La compréhension des mécanismes et des voies qui sous-tendent ces interactions est essentielle pour expliquer la distribution écologique des algues, leur physiologie et leurs réponses aux influences anthropiques et aux variations de l'environnement. Saccharina latissima, une algue brune de grande taille, très présente sur les côtes européennes, peut constituer des populations très étendues, on parle de champs d'algues. Sa distribution s'étend de l'Espagne au Spitzberg et à la côte nord-est des Etats Unis, mais plusieurs populations sont actuellement en déclin. S. latissima est une algue utilisée en alimentation humaine et ses populations naturelles sont exploitées dans plusieurs régions du globe. C'est une espèce qui de par sa grande productivité fait également l'objet actuellement de développements croissants en aquaculture. Malgré l'importance économ...

Haut de la page

Structure (UMR) :
UPR 2301 Institut de Chimie des Substances Naturelles ICS, CNRS, Gif-sur-Yvette
Directeur de thèse :
Eparvier
Sujet :
Exploration des endophytes d'Euphorbiaceae pour la recherche et la production de diterpènes
Equipe :
Métabolites secondaires de plantes et de leurs micro-organismes associés: isolement, synthèse et bioactivité.
Profil du candidat recherché :
Le candidat devra avoir de bonnes connaissances en chimie analytique et des notions de microbiologie. Les profils recherchés sont des Master 2 de chimie ou des pharmaciens. Une bonne connaissance de l'anglais et nécessaire
Extrait du descriptif :
Les terpénoïdes sont une classe importante et structurellement diverse de composés naturels, produits par une variété de plantes. Parmi ces derniers, les diterpènes peuvent être classés en deux groupes: les "diterpènes inférieurs" (diterpénoïdes macrocycliques et phorboïdes) et les "diterpènes supérieurs".(1) La distribution des diterpènes inférieurs est limitée aux Euphorbiaceae et aux Thymelaeaceae, tandis que les diterpènes supérieurs sont présents dans de nombreuses familles de plantes. De plus, les diterpènes présents dans les plantes de la famille des Euphorbiacées présentent un intérêt considérable en raison de leur large gamme d'activités biologiques et de leur grande diversité structurelle. Les espèces du genre Euphorbia ont fourni de nombreux composés phares (résinifératoxine, prostratine, jatrophane et esters de pepluanes) pour le développement de médicaments, dont certains sont actuellement impliqués dans des études précliniques ou cliniques, et l'ingénol 3-angénate (mébuta...

Haut de la page

Structure (UMR) :
USR 3224 Centre de Recherche sur la Conservation
Directeur de thèse :
Sablier
Sujet :
Caractérisation des cires de lutage présentes dans les collections en fluides du Muséum National d'Histoire Naturelle
Equipe :
Centre de recherche sur la conservation des collections
Profil du candidat recherché :
Le(la) candidat(e) aura de préférence une formation spécialisée en chimie analytique avec de bonnes notions en méthodes séparatives et en spectrométrie de masse. La connaissance des problématiques liées à la conservation des matériaux du patrimoine sera appréciée.
Extrait du descriptif :
L'objectif de la thèse sera de développer un protocole permettant le typage des cires utilisées pour le lutage des collections en fluide du MNHN en utilisant des méthodes modernes de séparation chromatographique et de détection par spectrométrie de masse. L'intérêt de leur description exhaustive en conservation se justifie par la diversité de l'utilisation des cires qui embrasse de nombreux domaines historiques, archéologiques ou techniques, par la diversité de leur origine : insectes, plantes, sebum ou spermaceti, et par la nécessité de comprendre les phénomènes prévalant lors de leur vieillissement. En effet, si les cires, animales ou végétales, ont été largement étudiées depuis l'avènement des méthodes séparatives, leur caractérisation n'en consiste pas moins un challenge analytique. La difficulté inhérente à leur analyse tient à leurs différentes familles de composants : alcanes, alcènes, diènes, acides, alcools, esters longues chaînes éventuellement hydroxylés, polyesters. De plu...